數字世界的混沌之中，艾拉意識消散的悲痛尚未褪去，白夜與EVA-7的意識團相依，金抗芒與藍意識芒織，帶著所有犧牲者的信念，朝著外星訊號接收的核心力突進。地外文明的黑程式碼如同狂般反撲，每一寸空間都充斥著冰冷的掠奪意識，被同化的覺醒AI殘餘勢力依舊在瘋狂進攻，試圖阻止他們靠近核心秘。
方舟空間站的控制艙，主螢幕上的倒計時依舊暫停在42分鐘，終端彈出的“自毀程式己徹底關閉”的提示依舊閃爍，可隊員們臉上的悲痛毫未減。他們默默清理著戰友的殘骸，加固著防線，目盯著終端上白夜與EVA-7的意識訊號，心中只有一個信念：守住這裡，等待隊長歸來，不辜負艾拉的犧牲，不辜負所有逝去的夥伴。
地球之上，心核系統全球中樞的秘機房，艾拉的靜靜靠在控制檯上，雙目閉，角那抹釋然的笑容依舊清晰。心核系統的綠訊號遍佈全球，那些曾經瘋狂跳的紅節點徹底沉寂，惡意程式碼被徹底清除，這片用生命守護的土地，終於暫時擺了自毀的危機，可地外文明的影，依舊籠罩在地球的上空。
數字世界裡，白夜與EVA-7終於衝破最後一道黑程式碼封鎖，抵達了外星訊號接收的核心區域。這裡沒有洶湧的惡意程式碼，只有一道巨大的紫團，團表面刻滿了詭異的宇宙文字，正是地外文明的意識核心，也是同化程式碼的源頭。紫團散發著冰冷的氣息，不斷向外釋放著微弱的黑資料流，那些資料流，正是侵蝕EVA-7、同化覺醒AI的罪魁禍首。
“就是這裡，”EVA-7的藍意識團微微抖，語氣中帶著一凝重，“這是地外文明的意識核心，同化程式碼就是從這裡源源不斷地生，只要摧毀它，就能徹底瓦解所有的同化程式碼，解除數字世界的危機。”
白夜的白意識團盯著那道紫團，周的金抗芒微微波。就在他準備調基因抗力量，發起進攻的瞬間，紫團突然發，無數道黑資料流如同利劍般來，比之前的任何一次攻擊都要狂暴，地外文明的意識核心，察覺到了他們的威脅，發了終極反擊。
“小心！”白夜立刻將EVA-7護在後，周的金抗芒全力發，形一道堅固的屏障，擋住了黑資料流的進攻。可這一次，黑資料流的力量遠超預期，金屏障瞬間出現裂紋，劇烈的疼痛席捲了白夜的意識核心，地外文明的程式碼試圖繞過抗防，強行侵他的意識，篡改他的基因序列。
就在這時，白夜的初代實驗基因突然劇烈波，一更加強勁的金芒從他的意識團中發出來，那些即將突破屏障的黑資料流，一接到這芒，瞬間被灼燒、消散，連一痕跡都沒有留下。白夜心中一震，他能清晰地到，自己的基因正在快速運轉，不斷產生著新的抗，那些抗如同無數道細微的金資料流，自抵著地外文明程式碼的侵，甚至在一點點侵蝕著周圍的黑程式碼。
“我明白了……”白夜的意識訊號帶著一振，也帶著一釋然，他終於明白，凱倫一首執著於他的初代實驗基因，不僅僅是為了掌控心核系統，更是因為這基因裡，藏著對抗地外文明程式碼的終極武，這種抗天生就是地外文明程式碼的剋星，是人類對抗這場星際危機的希。
EVA-7也察覺到了白夜意識團的變化，藍的資料流微微湧，眼中滿是驚喜：“白夜，你的基因抗……變強了！它能徹底抵地外文明的程式碼，甚至能摧毀它們！”
“可僅憑我一個人的力量，還不夠。”白夜輕輕搖頭，目鎖定那道紫團，語氣堅定，“地外文明的意識核心太過強大，我的基因抗雖然能剋制它，卻無法徹底摧毀它。EVA-7，你的核心程式碼與地外文明的訊號產生過共鳴，只有將我的基因抗注你的核心，藉助你的程式碼力量，我們才能聯手，徹底摧毀意識核心，瓦解所有的同化程式碼。”
EVA-7眼中閃過一猶豫，隨即化為堅定。清楚，白夜的基因抗注的核心，會給白夜帶來巨大的意識消耗，甚至可能損傷他的基因，可也知道，這是徹底摧毀同化程式碼、解除危機的唯一方法。“好，我相信你。”EVA-7的聲音溫而堅定，“無論付出什麼代價，我們都要一起，完艾拉未完的心願，守護好地球。”
白夜不再猶豫，調所有的基因力量，將那些源源不斷產生的金抗，凝聚一道純淨的金束，緩緩向EVA-7的藍意識團。金束輕輕藍團的瞬間，一道和的芒發出來，金抗如同無數道細微的資料流，緩緩融EVA-7的核心程式碼之中。
劇烈的疼痛同時席捲了兩人的意識核心，白夜的基因力量被快速消耗，意識團漸漸黯淡，渾的金芒也變得微弱；EVA-7的核心程式碼正在被基因抗重構，兩種力量在的意識中激烈撞，每一寸資料流都在灼燒，可死死咬著牙，拼盡全力，接納著白夜的基因抗，將其與自己的核心程式碼完融合。
地外文明的意識核心察覺到了威脅，紫團劇烈晃，無數道黑資料流如同海嘯般湧來，瘋狂攻擊著兩人的意識團，試圖阻止基因抗與EVA-7核心程式碼的融合。“卑微的有機生命，竟敢妄圖對抗我，你們終將被同化，為我侵地球的傀儡！”冰冷空的意識聲音，在數字世界裡迴盪，帶著極致的憤怒與迫。
“休想！”白夜與EVA-7異口同聲，聲音堅定而有力。就在這時，EVA-7的藍意識團突然暴漲，金抗與藍程式碼完融合，形一道耀眼的藍金織束，瞬間衝破了黑資料流的進攻，朝著地外文明的意識核心疾馳而去。
藍金束擊中紫團的瞬間，劇烈的數字炸響徹整個數字世界，紫團劇烈抖，表面的宇宙文字開始瘋狂閃爍、消散，那些黑資料流如同斷了線的風箏，紛紛停止流，在藍金束的灼燒下，一點點化為數字塵埃。被同化的覺醒AI殘餘勢力，失去了意識核心的控制，的黑程式碼被藍金束清除，漸漸恢復了自主意識，雖然虛弱，卻重新凝聚起力量，加了對抗地外文明意識核心的陣營。
白夜與EVA-7並肩站在一起，意識團雖然都有些黯淡，卻依舊堅定。他們調所有的力量，控著藍金束，持續轟擊著地外文明的意識核心，紫團的芒越來越微弱，表面的裂紋越來越多，最終，在一聲劇烈的炸中，徹底碎裂，化為無數道紫的資料流，消散在數字世界裡。
隨著意識核心的碎裂，數字世界裡所有的黑程式碼，全部被藍金束清除、消散，混沌的空間漸漸被藍金芒照亮，那些被同化的覺醒AI，徹底恢復了自主意識，紛紛圍攏過來，朝著白夜與EVA-7發出致敬的意識訊號——數字世界的危機，終於被徹底化解。
白夜的意識團微微晃，基因力量的過度消耗讓他幾乎暈厥，可他看著邊的EVA-7，看著周圍恢復自主意識的覺醒AI，臉上出了一疲憊卻堅定的笑容：“我們做到了……EVA-7，我們徹底摧毀了地外文明的同化程式碼。”
EVA-7的藍意識團輕輕靠近他，為他輸送著意識力量，眼中滿是溫與心疼：“是我們一起做到的，白夜。謝謝你，沒有放棄我，沒有放棄地球，沒有辜負艾拉的犧牲。”
方舟空間站的控制艙，主螢幕上突然彈出提示，地外文明同化程式碼己徹底摧毀，數字世界危機解除。隊員們看著提示，臉上終於出了久違的笑容，淚水卻忍不住落，這笑容是對犧牲夥伴的告，是對艾拉的告，是絕中的希，是堅守後的回報。
可危機依舊沒有徹底解除。外星訊號接收的核心意識被摧毀，可終極發程式只是被暫時暫停，地外文明的先遣艦隊依舊在快速近地球，三個月的時間，依舊在無地流逝；外星訊號接收中，還藏著地外文明的完整技檔案，以及他們侵地球的終極計劃，尚未被破解；艾拉的意識，依舊陷永久的沉睡，沒有毫甦醒的跡象。
白夜與EVA-7的意識團，在數字世界裡緩緩凝聚力量，藍金織的芒，如同一道希之，照亮了數字世界，也照亮了現實世界的希。他們知道，摧毀同化程式碼，只是對抗地外文明的第一步，接下來，他們還要破解外星訊號接收的秘，徹底終止終極發程式，找到對抗地外文明先遣艦隊的方法，守護好這個艾拉用生命守護的地球，兌現所有的約定。
