京畿軍改制完，蕭珩並沒有就此停手。地方將領權力太大，常常擁兵自重，朝廷指揮不。
為了把全國兵權徹底收歸中央，蕭珩接著向天下頒佈一道嚴詔，明確幾條鐵律。
一、天下所有軍隊調，必須同時持有皇帝的聖旨和虎符，兩樣缺一不可，任何將領敢無符無旨私自調兵，一律按謀逆置。
二、嚴地方自建私兵，邊境大將、各州長，一律不準私自招募“牙兵”“私衛”這類只聽命於自己的親信部隊。所有士兵都歸朝廷編制，歸朝廷統轄。
三、軍餉財政徹底收歸朝廷，邊將、州牧不許以任何藉口，擅自向百姓加徵賦稅充當軍餉。軍隊糧草、俸祿、裝備，全部由戶部統一核算、統一派發。誰要是敢私下徵稅、截留錢糧，一律以謀逆重罪論。
這幾道詔令一下，等於把徵兵、調兵、養兵的權力，全部收回到了朝廷手裡。
地方將領只有帶兵打仗、駐守邊關的職責，沒有私自擴軍、籌餉、發令的權力。
遠在北疆的衛凜最先接詔，當即上表表示遵從，主按朝廷新規整頓邊軍，裁撤私屬衛隊，軍資糧草一律等候中樞調撥。有衛凜這位鎮守北疆的重臣帶頭，各地駐軍長無人敢有異議，紛紛遵照新規執行。
自此，軍權盡歸中樞，朝廷號令通行西方，大晟新朝的中央權威，真正立了起來。
兵權收攏之後，朝廷日常政務的運轉也要徹底重整。蕭珩登基之初，百廢待興，每天堆積如山的奏章與事務，僅憑他一人本無法理周全，舊朝那套效率低下、互相推諉的辦事風氣，也必須徹底改掉。
為此，蕭珩正式下詔建立閣，作為中樞理政核心。
他拜蘇懷瑾為閣首輔，總領天下日常政務；再挑選品行端正、通曉政務、資歷穩妥的大臣數人，閣擔任閣大學士，協同首輔理各類事務，分擔朝政力。
閣立之後，一套清晰高效的流程隨之確立：
全國各地上報的事務——無論員任免升降、刑事案件審理、錢糧賦稅核算，還是漕運鹽鐵排程、邊境軍急報，一律先彙總到閣，由閣大臣集商議，草擬出理意見，附在奏章之上。
再統一呈宮中，由蕭珩閱覽批示，作出最終決斷。
如此一來，政務層層分明，責任清晰，流程順暢。
舊朝各部門之間長期相互掣肘、職責不清，導致公文層層積、流轉緩慢，即便是一件微小的事務，也常因多方推諉而拖延數月不得解決，嚴重影響了朝廷的行政效率。這些深固的僚積弊，如今被徹底革除，煥然一新。閣作為核心決策機構，每日清晨便開始高效核閱各類文書，從地方奏報到中央政令，均嚴格遵循“當日事務當日清理”的原則，絕不積。這種制度化的高效運作，不僅大幅提升了朝廷的整運轉速度，還使得政令下達過程更加清晰明、執行力顯著增強，上下貫通、令行止的治理格局逐步形，為朝政清明和國家穩定奠定了堅實基礎。
蘇懷瑾本就沉穩周、有丘壑，又多年跟隨蕭珩，深知其治國理念，擔任首輔之後事公正、寬嚴有度，很快便將整個朝政梳理得井井有條。文武百各司其職，不敢懈怠拖沓，大晟新朝的中樞政務，自此步正軌。
