本來，沈葆楨的團練也要被派往城外駐守，但是沈葆楨花了一些銀子賄賂了分管的福州知府許惇書，以團練剛立，鄉勇們還需要編練為由，將出城駐守的時間後移半個月，以便利用這一段時間訓練部隊，並收集各種報，拉攏一些縉紳，為策應漢軍攻城部隊做準備。
送走了沈葆楨之後，劉驍源並未回泉州府城，而是在興化府府城坐鎮，親自指揮攻打省城的戰役。
由於有了沈葆楨作為應，劉驍源決定先打福州府、福寧府，等海軍建設跟上來之後，再打廈、金兩島以及臺澎地區。
於是，咸三年正月十二日（1853年2 月19 日），劉驍源命在建寧府的第西軍軍長林杜領所部三個師4.5萬人進攻福寧府，佔領福寧府之後，南下攻打福州府，切斷福州府清軍北逃的路線和陸上補給線，並阻擊浙江南部清軍南下。
另派第西軍剩餘的兩個師3萬餘人首接進攻福州府，掃城外的清軍，從西面包圍福州城。
命第三軍軍長陳聖領所部兩個師3萬餘人迂迴到延平府，攻福州府，在福州城西面與林杜部匯合，一起攻打福州城。
第三軍剩下的三個師則是在清軍兵力調往西面之際，利用行軍炮程優勢，炮擊江面上的清軍水師，掩護部隊強行渡江，從南面強攻福州城。
正月十六日，接到漢王的命令之後，林杜領兵發對福寧府一線清軍的進攻。
此時，福寧府的清軍均由綠營兵和鄉勇組有三萬餘人，主要負責維護福州府到浙江的陸上補給線和防江寧府方向漢軍的進攻。
進攻福寧府的漢軍不僅人數佔優勢，而且大多訓練有素，裝備又比清軍好，加上分田政策早己經在福寧府各地傳播開來，漢軍的進軍到當地百姓熱烈地歡迎，兵鋒所指，可以說清軍是風披靡，大部分部隊遭遇漢軍強攻之後便自行潰散，只有部分進行了頑抗。
正月二十三日，消滅最後一支頑抗的福寧府當地大地主組織的武裝之後，漢軍便佔領了福寧府城和各縣城，漢軍此戰只損失不到三百人。
於是，林杜留了一個師的兵力掃福寧府全境，自己則率領另外兩個師近三萬人南下進攻福州城。
在林杜橫掃福寧府之時，浙江南部的清軍派出了一支三千人進駐了閩浙界的仙霞關、楓嶺關等九關隘，阻擋漢軍趁勝攻浙江，但是並未南下支援福建。
福州府城的清軍也曾派兵一萬餘人試圖前往福寧府救援，結果部隊還沒有進福寧府，便遇見大福寧府守軍潰兵南逃。
與此同時，漢軍兵分兩路開始從西面進攻福州府，王懿德不得不下令北上的清軍收攏福寧府潰兵，回守福州城。
福寧府一戰，使清軍兵力由九萬餘人下降到六萬餘人，面對著西面六萬漢軍的進攻，清軍不得不且戰且退，不斷收防線。
趁此機會，在閩江南岸早己經蓄勢待發的陳聖部，於正月二十五日，發了強渡閩江的戰役。
漢軍在閩江南岸曲折，集結了二十門行軍炮和幾百艘各式船隻，先是利用行軍炮的程優勢，在兩端阻斷清軍水師艦船攻擊漢軍運兵船。
由於閩江下游江面較寬，清軍水師艦艇有時候躲在漢軍行軍炮程之外，對漢軍渡江船隻發襲擊，給漢軍造了不小的損失，有數百人傷亡。
漢軍不得不利用渡江船上的鐵炮，與清軍戰艦進行炮戰，強行渡江，漢軍一個下午還是功地將一萬餘名漢軍送到對岸。
守江的清軍大部分是鄉勇，本就沒有多戰力，兵力又被調到西面防守了，見登陸的漢軍眾多，紛紛潰散。
漢軍佔領了閩江北岸之後，立馬將運過去的行軍炮架設起來，作為岸防炮使用。
此時，閩江下游的江面寬有近5公里，漢軍在兩岸都架設了火炮，能夠對江面上清軍水師艦船構威脅。
清軍水師戰艦見大勢己去，不得不退回了福州城附近的清軍碼頭，依靠碼頭附近的清軍炮臺掩護，等待清廷在福州城的高階員們進一步指示。
在漢軍大舉進攻閩北之時，駐防在廈門和金門兩地的清軍水師，試圖進攻同安縣等地，以策應閩北清軍的防。
殊不知，在過去了半個多月裡面，漢軍早己經在沿海各修築了一些炮臺，利用火炮程優勢打得清軍水師損失慘重，擊沉了數艘清軍水師戰艦，使得施得高不得不下令水師撤軍。
不過，清軍還是利用水師掩護，將收編的小刀會會眾一千餘人，派往一些偏僻地方登陸，試圖襲擊漢軍的後方。
經過了土改之後，在沿海各地的百姓都為了漢政府的忠實擁護者，所以他們發現敵船靠近之後，馬上向當地鄉政府和駐軍彙報。
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