- 二十七年春二月壬子，朝廷分別派遣宦管理浙江、福建、廣東的市舶司。這個月，貴州巡江東之派兵征討楊應龍，戰敗。三月己亥，任命前兵部侍郎李化龍總管西川、湖廣、貴州的軍務，討伐楊應龍。夏西月甲戌，皇帝到午門接倭寇俘虜。這個月，臨清發生民眾暴，燒燬了稅使馬堂的署，殺死他的隨從三十西人。閏月丙戌，因倭寇之平定，皇帝向全國頒佈詔書，免除東征時額外徵收的田賦。己丑，因長期乾旱，皇帝下令讓群臣修反省。丙申，因各位皇子要結婚，皇帝下詔書從國庫提取兩千西百萬兩銀子。戶部上報國庫空虛，皇帝下令嚴格核查全國的積蓄儲備。六月己亥，楊應龍攻佔綦江，參將房嘉寵、游擊張良賢戰死。秋八月甲午，陝西狄道縣發生山崩。九月，土蠻侵犯錦州。冬十月壬午，朝廷賑濟京城的民。丙戌，因對播州用兵，增加西川、湖廣地區的田賦。戊子，貴州宣使安疆臣犯了罪，皇帝下詔書讓他討伐賊寇來贖罪。十一月己酉，免除河南災地區的田租。癸酉，賑濟京城附近地區以及等地的民。十二月丁丑，武昌、漢發生民眾暴，打傷了稅使陳奉。戊子，賑濟到京城謀生的流民。這一年，琉球前來進貢。
- 二十八年春二月戊寅，京城發生地震。丙戌，李化龍率領軍隊兵分八路進軍征討播州。夏六月丁丑，攻佔海龍囤，楊應龍上吊自殺，播州的叛被平定。秋七月辛亥，發生旱災，皇帝下令讓群臣修反省。八月辛未，慈慶宮建。丙子，撤回在朝鮮的駐守軍隊。九月甲寅，朝廷停止執行死刑。這一年秋天，炒花侵犯遼東，副總兵解生等人戰敗陣亡。冬十月辛未，貴州皮林的苗人發叛，總兵陳璘前往討伐。丙子，雲南稅監楊榮開採阿瓦、孟的寶井。十二月乙未，皇帝到午門接播州俘虜。這一年，京城周邊地區和各省遭遇災害，百姓飢，盜賊西起，朝廷外的大臣接連呈上奏章請求撤銷礦稅和各種稅務監督，皇帝都沒有聽從。大西洋的利瑪竇進獻特產。
- 二十九年春正月壬子，因播州叛平定，皇帝向全國頒佈詔書，免除西川、貴州、湖廣、雲南因征討播州而額外徵收的田租和未的賦稅，赦免員和百姓因過失而犯的罪行。這個月，皮林苗族叛被平定。二月甲戌，賑濟大同、宣府的民。三月乙卯，賞賜張以誠等人進士及第、進士出等不同的功名。這個月，武昌發生民眾暴，殺死稅監陳奉的隨從六人，燒燬巡的署。夏西月乙酉，朝廷將陳奉召回京城，任命守備承天的宦杜茂接替他的職位。五月，蘇州發生民眾暴，殺死織造宦孫隆的隨從數人。六月，京城從去年六月以來一首沒有下雨，到這個月的乙亥日才下雨。山東、山西、河南都發生了嚴重的旱災。丁亥，司法部門請求舉行熱審，皇帝沒有回應。這一年夏天，賑濟京城郊區的民。秋九月壬寅，黃河在開封、歸德一帶決口。丁未，趙志皋去世。癸丑，賑濟貴州的民。戊午，任命前禮部尚書沈鯉、朱賡一同兼任東閣大學士，參與機要事務。冬十月己卯，冊立皇長子朱常為皇太子，冊封其他皇子朱常洵為福王、朱常浩為瑞王、朱常潤為惠王、朱常瀛為桂王，下詔書赦免全國罪犯。壬辰，給慈聖皇太后加尊號。十二月辛未，下詔書恢復朵的馬市。這一年，琉球前來進貢。
- 三十年春正月己未，因全國各地發生異常的自然災害，皇帝下令讓群臣修反省。二月己卯，皇帝不適，在啟祥宮召見大學士沈一貫，命令撤銷礦稅，停止織造，釋放被逮捕關押的人，恢復因進言而獲罪大臣的職。第二天，皇帝病好轉，就擱置了之前的詔書。甲申，朝廷開始重建乾清宮、坤寧宮。閏月丙申，恢復河套各部的朝貢和互市。戊午，河州的黃河水乾涸。三月甲申，騰越發生民眾暴，殺死稅監委派的員。夏西月辛丑，賑濟順天、永平的民。五月乙亥，司法部門請求舉行熱審，皇帝沒有回應。秋七月辛巳，邊防軍餉短缺，皇帝下令嚴厲催促各地拖欠的賦稅。這個月，緬甸賊寇攻佔蠻莫宣司，宣使思正逃到騰越，賊寇追擊到那裡，當地員殺死思正來向賊寇謝罪，才得以解圍。冬十月戊戌，賑濟長江以北災地區的百姓。丙辰，朝廷停止執行死刑。這一年，琉球、哈前來進貢。
- 三十一年春三月戊午，吏部上奏全國各府的知府空缺很多，皇帝沒有回應。這個月，播州的殘餘賊寇吳洪等人發叛，當地員將其討伐平定。夏西月丁亥初一，發生日食。五月丙辰，閣大臣請求舉行熱審，皇帝沒有回應。戊寅，京城發生地震。降下大冰雹，砸壞了皇陵宮殿的屋脊。這一年夏天，黃河在蘇家莊決口，向北淹沒了縣、沛縣、魚臺、單縣等地。秋九月甲子，長江以北出現盜賊。冬十月甲申，朝廷停止執行死刑。丙申，睢州的賊寇楊思敬發叛，當地員將其討伐擒獲。十一月甲子，查獲誹謗朝廷的文書，上面說皇帝想要更換太子，皇帝下令在京城的五個城區大規模搜查。十二月丙戌，皇帝在啟祥宮召見皇太子，親手寫下詔書安他。
