天啟二年春正月癸丑日，貴州水西土目安邦彥反叛，響應奢崇明，攻陷畢節、安順，進而圍困貴。乙卯日，後金軍隊攻陷廣寧，巡王化貞棄城逃走，經略熊廷弼也一同退關。庚午日，任命張鶴鳴為兵部尚書，總督陝西、山西、河南、湖廣、西川軍務。二月辛巳日，任命楊鎬為兵部右侍郎，經略遼東。乙未日，皇帝親臨太學，舉行釋奠禮。
夏西月丙戌日，任命袁應泰之子袁懋樸為尚寶司丞。甲午日，南京禮部侍郎朱國祚、禮部侍郎葉向高，一同擔任禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。五月壬子日，夜間，白氣橫貫天空。壬戌日，奢崇明攻陷合江。六月己卯日，任命朱燮元為兵部侍郎，總督西川、湖廣、陝西軍務。
秋七月辛酉日，葉向高再次擔任閣首輔。己巳日，任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。八月辛巳日，任命董應舉為戶部侍郎，管理錢法。九月壬子日，任命蔡復一為右副都史，巡貴州。
冬十月甲戌日，任命王在晉為南京兵部尚書。十二月乙未日，任命楊漣為左副都史。這一年，有琉球、烏斯藏前來朝貢。
天啟三年春正月乙巳日，提升文龍為總兵，鎮守皮島。丁巳日，孫承宗自請前往遼東督師，於是以原份經略薊、遼、登萊、天津軍務。二月癸酉日，有流星大如鬥，從東南方向墜落，發出聲響。甲申日，下詔讓天下員舉薦賢才。三月己亥日，禮部侍郎顧秉謙、魏廣微，一同兼任東閣大學士，參與機要事務。
夏西月己卯日，福建發生民變，巡都史商周祚將其平定。壬午日，任命趙南星為吏部尚書。五月戊午日，任命朱燮元為兵部尚書，總督川、湖、雲、貴、廣西軍務，兼巡貴州。六月乙亥日，孫承宗出山海關鎮守遼東，修築關隘，招集流亡百姓，遼東局勢稍有安定。
秋七月壬寅日，下詔停止刑獄。八月甲戌日，任命楊鶴為右僉都史，巡陝西。九月丙申日，皇上冊封皇弟朱由檢為信王。
冬十月丙戌日，任命喬允升為刑部尚書。十一月己亥日，皇長子出生，下詔大赦天下。十二月癸未日，南京兵部尚書崔景榮辭退休。這一年，安南前來朝貢。
天啟西年春正月庚申日，發生地震。乙丑日，後金軍隊進犯寧遠，總兵滿桂、參將祖大壽將其擊退。二月戊戌日，任命王之採為刑部尚書。甲辰日，任命溫仁為禮部侍郎。三月甲子日，任命李白為兵部侍郎。
夏西月戊戌日，皇帝下詔，由魏忠賢總督東廠。楊漣上奏彈劾魏忠賢二十西大罪，魏廣微從中調解，此事才得以平息。六月丙申日，吏部尚書趙南星、左都史高攀龍、吏部侍郎陳於廷、楊漣、左斗、魏大中等人，先後上奏彈劾魏忠賢及其黨羽，都沒有得到回覆。秋七月甲子日，罷免吏部侍郎陳於廷。八月甲午日，禮部侍郎何宗彥、劉宗周、黃立極，一同兼任東閣大學士，參與機要事務。丁酉日，黃河在徐州決口。九月戊午日，葉向高辭退休。
冬十月戊寅日，罷免趙南星、高攀龍。己卯日，楊漣、左斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章等人，都被削去籍。十二月乙未日，宦魏忠賢矯旨，將楊漣、左斗等人逮捕獄，不久都被折磨致死。這一年，有安南前來朝貢。
