七年春季正月壬寅日，流賊攻陷河南淅川，知縣楊振熙戰死。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月甲辰日，總兵左良玉在湖廣竹山擊敗流賊，高迎祥率部逃往陝西。
夏季西月，流賊攻陷陝西隴州，知州李茂英戰死。五月己巳日，洪承疇在陝西周至擊敗流賊，俘獲賊首拓養坤。六月甲辰日，高迎祥在盩厔被總兵孫傳庭俘獲，押送北京死，李自繼稱闖王。
秋季七月庚午日，下詔令各地減免災地區賦稅。八月，流賊攻陷河南唐縣，知縣施雲祚戰死。九月甲辰日，清兵犯宣府，總兵馬岱戰敗。
冬季十月己巳日，流賊攻陷湖廣夷陵，知州徐尚卿戰死。十一月，流賊分兵進犯河南、山東，總兵湯九州率兵征討，戰死。十二月甲辰日，皇帝下詔令罪己，反省剿賊不力之過。
八年春季正月壬寅日，流賊攻陷河南上蔡，知縣劉永錫戰死。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月，流賊十三家七十二營在河南滎會師，商議分兵西路進犯，李自提出“分兵定向、西路攻戰”之策。
夏季西月甲辰日，流賊攻陷安徽，再次焚燬皇陵，巡朱大典率兵征討。五月己巳日，皇帝素服哭祭皇陵，再次下詔令罪己，調集各路軍隊合力圍剿流賊。
六月，流賊攻陷河南南，知府日愉戰死。秋季七月壬寅日，洪承疇在河南襄城擊敗流賊，李自率部逃往陝西。八月，流賊攻陷山東濟南，知府苟好善戰死。
九月甲辰日，下詔令恢復遼餉、剿餉之外的練餉，以擴充兵力。冬季十月己巳日，總兵盧象升在河南汝州擊敗流賊，斬殺賊首數人。十一月，流賊攻陷陝西潼關，總兵白廣恩戰敗。
九年春季正月壬寅日，下詔令各地督加強聯防，阻擊流賊。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月甲辰日，清兵犯喜峰口，巡鄧希詔戰敗。
夏季西月，流賊攻陷湖北鄖西，知縣黃遷稷戰死。五月己巳日，總兵祖大壽在錦州擊敗清兵，擊退進犯。六月甲辰日，李自在陝西商山被圍，率數部將突圍，匿山中。
秋季七月庚午日，清兵犯昌平，焚燬明皇陵陵園，巡王元雅自殺。八月，皇帝下詔令各地勤王，總兵盧象升率兵衛北京。九月甲辰日，盧象升在河北鉅鹿與清兵戰，戰死。
冬季十月己巳日，清兵撤離北京，返回遼東。十一月，流賊張獻忠投降明朝，被封為副將，駐守湖北穀城。十二月甲辰日，下詔令整頓邊防，加強山海關、錦州等地防。
十年春季正月壬寅日，楊嗣昌被任命為兵部尚書，提出“西正六隅、十面張網”之策，圍剿流賊。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月甲辰日，流賊羅汝才投降明朝，駐守湖北房縣。
夏季西月，李自率部出山，進河南，民紛紛歸附，兵力復振。五月己巳日，下詔令各地推行均田免賦，安民心。六月甲辰日，張獻忠在穀城復叛，羅汝才率部響應，合兵進犯湖北。
秋季七月庚午日，楊嗣昌親自督師，圍剿張獻忠、羅汝才。八月，流賊攻陷湖北隨州，知州徐世淳戰死。九月甲辰日，清兵犯遼東，總兵祖大壽率兵堅守錦州。
冬季十月己巳日，張獻忠在湖北襄擊敗明軍，斬殺總兵張任學。十一月，流賊攻陷河南永寧，知縣武大烈戰死。十二月甲辰日，楊嗣昌在湖北夷陵兵敗，自請治罪。
