從江南納糧到京師倉，西級盤剝，層層吸。百姓繳了三倍糧，朝廷只收到一，中間九，全被漕、胥吏、豪強、漕軍瓜分。運河的水波，不再是盛世的漣漪，而是百姓的淚，是貪腐的濁流。
史可法督漕淮揚時，曾痛陳：“漕弊己死結，百姓多繳數倍，朝廷收不足額，貪腐之網，牢不可破！”可他一人肅貪，終究螳臂當車，漕弊愈演愈烈，大明的國脈，己被蛀得千瘡百孔。
萬曆之後，天啟、崇禎兩朝，有宦專權、黨爭不斷，外有後金境、農民起義，漕運的衰敗，己定局。河道淤塞、糧船殘破、漕軍逃亡、貪腐失控，再加上天災人禍，這條支撐大明二百年的生命線，終於走到了盡頭。
首先是河道崩裂。會通河依賴黃河水源，可明末黃河年年決口，洪水倒灌運河，泥沙淤積，山東段運河淺阻，一年通航不足半年。朝廷無錢疏浚，河工吏剋扣治河銀兩，河堤坍塌，閘口廢棄，漕船擱淺河中，寸步難行。萬曆六年，徐州至臨清段淺阻，兩百餘艘漕船滯留，三萬石糧米黴變，損失慘重。
其次是漕船殘破、漕軍逃亡。工部撥給造船銀兩，被吏層層剋扣，漕船工減料，薄木脆釘，行至中途便散架沉沒。十二萬漕軍，糧餉被剋扣，屯田被侵佔，服役如同服苦役，逃亡者十之七八，剩下的老弱病殘，無力駕船，漕運定額年年完不。萬曆三十年，漕運抵京糧米僅138萬石，不足定額的三分之一，倉場侍郎驚呼：“太倉不敷出，兩年後，六軍萬姓將待新漕舉炊，無漕則無京師！”
再者是戰切斷漕路。崇禎年間，李自、張獻忠農民起義席捲南北，河南、山東、江淮淪為戰場。崇禎十五年，李自攻佔淮安，一把火燒了漕運總督府，西大水次倉盡毀，運河沿線被起義軍控制，漕船無法南下，江南糧米徹底斷絕北上之路。
京師糧荒發，米價飛漲，從每石一兩銀，暴漲至二十兩，百姓人相食，軍無糧可吃，毫無戰力。崇禎十七年，李自兵臨北京城下，那些吃了二百年漕糧、空餉的軍，親手開啟城門，大明王朝，隨著漕運的斷絕，一同覆滅。
（這也是穆玲家鏢局只押運了萬斤糧食從山東到京師，卻得到如此高的回報的本原因。）
崇禎十七年的運河，水波死寂，帆檣倒塌，糧船腐爛在河底，倉廒空空如也。曾經的黃金水道，只剩下斷壁殘垣、殍遍野。二百年漕運，興於國脈，亡於貪腐，大明的江山，終究被運河底下的黑金，徹底吞噬。
順治元年，清軍關，定都北京，沿襲明制，重啟漕運。滿清統治者深知，漕運是京師的飯碗，是統治中原的基，遂以雷霆手段，重整漕運系，開啟清代漕運的興衰之路。
清初，百廢待興，運河淤塞、漕船殘破、漕弊未除，順治帝下令：疏浚河道、修復閘口、造新漕船、嚴懲貪腐。康熙年間，三藩平定，天下安定，朝廷投巨資治理黃淮運河，蓄清刷黃，確保運道暢通，漕運逐漸恢復鼎盛。
清代漕運，完全繼承明代制度，歲運定額仍為400萬石，設漕運總督、河道總督，分掌運務與河工，漕軍、漕船、倉廒，一應俱全。康雍乾三朝，吏治清明，河運暢通，漕運再度興旺，運河之上，漕船如織，南北商貿繁榮，揚州、淮安再度為天下重鎮，“腰纏十萬貫，騎鶴上揚州”，便是漕運繁榮的寫照。
乾隆中期，漕運達到頂峰，全國漕船超1.2萬艘，從業人員12萬，京通倉儲糧充足，京師糧價平穩，八旗子弟、百軍民，皆賴漕糧為生。此時的清代漕運，比明代更規範、更嚴，看似固若金湯，可明代的覆轍，卻在悄然重演。貪腐的種子，再次在漕運系裡生發芽，漕弊捲土重來，且比明代更甚。
乾隆後期，吏治再次鬆弛，清代漕運的腐敗，比明代更系統、更瘋狂。從州縣納糧到通州倉，浮收、勒索、走私、虧空，形了比明代更嚴的黑金鍊條，漕運本畸高，每運一石漕糧，耗費銀三兩，而糧價僅一兩，朝廷不堪重負，百姓苦不堪言。
清代州縣吏，浮收漕糧的手段，比明代更毒辣。百姓納糧，除正額、耗羨外，另有“漕規”“幫費”“使費”，名目多達數十種，每石糧實際繳納量，是正額的五到六倍。江南百姓“終歲力作，僅完漕糧，家無餘粒”，賣田賣屋者比比皆是。
吏強行折銀，任意定價，年折銀、災年也折銀，差價盡私囊。乾隆後期，折銀風，京倉糧米銳減，儲備空虛，朝廷雖三令五申止，可吏勾結京，有恃無恐，折銀之弊，愈愈烈。
可以說清代漕軍，比明代更悽慘。行月錢糧被剋扣，屯田被侵佔，漕軍為了活命，只能向州縣索取“幫費”，州縣又將幫費轉嫁給百姓，形惡迴圈。一艘漕船，幫費從數百兩到上千兩，漕船未行，先負鉅債，漕軍只能賣漕糧、夾帶私貨，彌補虧空。
運河沿線關卡，勒索更甚明代，閘、河、巡漕史，層層索賄，漕船過閘，無銀不放，滯留數月，糧米黴變，損失全由朝廷與百姓承擔。道年間，有人上奏：“漕船一行，沿途索費，如割飼鷹，盡而鷹不止。”
通州、京師倉場，仍是貪腐重災區。倉、斛手剋扣糧米，虛報損耗，好米賣，黴米倉，八旗兵丁領取黴米，怨聲載道。倉場每年虧空數十萬石，朝廷追查，便以“鼠耗”“雀耗”搪塞，上下勾結，無人能查。
更可怕的是，漕運系統形了利益集團，漕、河、京、州縣，結一，一損俱損，一榮俱榮。任何改革漕弊、整頓漕運的舉措，都會遭到利益集團的瘋狂阻撓，嘉慶、道兩朝，多次試圖肅貪，皆以失敗告終，漕弊己死結，無可救藥。
