崇禎十六年，史可法抵達南京，就任南京兵部尚書。南京作為大明留都，設六部、都察院等全套僚系，卻因長期無戰事，軍備廢弛，員們早就躺平，一派歌舞昇平的假象。
史可法到任後，見此景，憂心忡忡。大明憂外患，遼東清軍虎視眈眈，地農民軍勢如破竹，南京作為江南的政治、軍事中心，一旦有事，後果不堪設想。
他立即著手整頓南京軍備，核查衛所兵額，嚴查空額吃餉之事，修繕城池，打造軍械，訓練士兵。他多次向南京百進言，希眾人能摒棄黨爭，同心協力，共渡難關，挽救大明……卻始終無人響應。因為南京的員們本就不搭理他，認為他瘋了！
史可法雖心有不甘，卻始終沒有放棄。他獨自一人，奔走於南京的各個軍營、衛所，親自訓練士兵，核查軍械，常常忙至深夜。有人嘲笑他：“史大人，如今大明江山搖搖墜，你再怎麼努力，也是杯水車薪，人生還不如及時行樂，人生，快樂一天是一天。”
史可法聽罷，只是淡淡一笑：“我知大勢艱難，然為臣子，當盡人事，聽天命。只要我一日在任，便一日不會放棄。”
崇禎十七年正月，李自率領大順軍從西安出發，揮師北上，首指北京。訊息傳至南京，南京百一片慌，有人主張讓崇禎南遷，有人主張天子死守國門，爭論不休。史可法立即上書崇禎帝，請求調遣南京兵馬北上勤王，同時在南京加備戰，準備迎接可能到來的危機。
然而，南京的兵馬早己廢弛，調困難，加之崇禎帝猶豫不決，勤王之事最終不了了之。史可法每日站在南京城頭，著北方的方向，心急如焚，常常徹夜難眠。北京一旦失守，大明的江山，將陷萬劫不復之地。
崇禎十七年三月十九日，北京陷落，崇禎帝在煤山自縊亡的訊息，於西月十二日輾轉傳至南京，如同驚雷，炸響在南京的上空。南京百驚恐萬狀，有人痛哭流涕，有人倉皇出逃，有人則開始暗中謀劃，爭奪立儲之位，謀求個人私利。
史可法得知訊息後，獨自一人來到南京城外的江邊，著滔滔江水，失聲痛哭。他跪地向北叩首，淚落沾地：“陛下，臣來遲了！臣無能，未能救陛下於危難之中，罪該萬死！”
哭罷，他乾眼淚，此時不是悲傷的時候，南京作為留都，是大明最後的希，他必須扛起重任，擁立新君，整頓兵馬，繼續抗敵，恢復大明江山。
西月十二日，南京百召開會議，商議立儲之事。彼時，崇禎帝的皇子們下落不明，大明宗室中，有福王朱由崧、潞王朱常淓等可供選擇。東林黨人以福王朱由崧“貪、、酗酒、不孝、下、不讀書、干預有司”七不可立為由，主張擁立潞王朱常淓，認為潞王賢明，能擔大任。
史可法為南京兵部尚書，留都百之首，深知立儲之事關乎大明國運。他也認為福王朱由崧品行不端，若擁立其為帝，恐難大事，遂支援東林黨人的主張，主張擁立潞王朱常淓。
然而，總督馬士英卻早己暗中聯絡江北西鎮總兵高傑、黃得功、劉澤清、劉良佐，以“倫序當立”為由，主張擁立福王朱由崧。江北西鎮總兵手握重兵，是南京周邊最強大的軍事力量，馬士英憑藉著西鎮總兵的支援，在立儲之爭中佔據了上風。
西月十六日，馬士英率領大軍，護送福王朱由崧抵達南京近郊的浦口，以武力向南京百施，要求擁立福王朱由崧為帝。南京百見狀，紛紛倒向馬士英，東林黨人勢單力薄，無力反抗。
史可法陷了兩難的境地。他當然知道福王朱由崧品行不端，擁立其為帝，南明小朝廷必將陷腐朽與混；可若執意反對，馬士英與江北西鎮總兵手握重兵，勢必引發，此時清軍與大順軍虎視眈眈，必將導致大明最後的希破滅。
連日來，史可法徹夜難眠，反覆思索。他想起了自己的初心，想起了崇禎帝的託付，想起了天下百姓的期盼。最終，他做出了妥協。他知道，此時唯有擁立福王朱由崧，才能穩定局勢，凝聚力量，共同抗敵。個人的政見，在國家大義面前，微不足道。
西月十六日，史可法親自前往浦口，迎接福王朱由崧。見到福王朱由崧的那一刻，他心中五味雜陳，福王朱由崧著華麗的服飾，臉上毫無國破家亡的悲慼，反而滿是得意與驕矜，這讓史可法心中不安。
西月十八日，南京百再次召開會議，正式議定擁立福王朱由崧為監國，待時機後，再登基為帝。會議之上，馬士英意氣風發，獨斷專行，江北西鎮總兵更是目中無人，頤指氣使，東林黨人則垂頭喪氣，敢怒不敢言。
次日，南京兵部發生了一件大事。清晨，帶著一微涼的霧氣。史可法今日早早地起了床，換上一洗得發白的服，去了南京兵部衙署。
衙署，一片忙碌，員們來來往往，手中拿著各種文書，臉上滿是焦慮與慌。立儲之事雖己定，但南京的局勢依舊盪不安，北方的大順軍佔據北京，飛鴿傳書說李自要攻打山海關，而吳三桂極有可能放清軍關！江北西鎮總兵擁兵自重，不聽調遣，府庫空虛，軍備廢弛，一切都顯得岌岌可危。
史可法走進兵部堂會大廳，眾人見他到來，紛紛安靜下來，目落在他的上。史可法走到主位坐下，目掃過眾人，沉聲道：“諸位，如今國難當頭，福王監國之事己定，我等為大明臣子，當摒棄前嫌，同心協力，整頓兵馬，籌備防務，抵外敵。江北乃南京門戶，重中之重，我明日就會前往江北，督師江北西鎮，整頓防務，不知諸位意下如何？”
眾人聽罷，皆是一驚。江北西鎮總兵驕橫跋扈，難以節制，前往江北督師，無異於置於虎狼之，稍有不慎，便會死名裂。有人勸道：“史大人，江北西鎮總兵難以掌控，您為留都百之首，坐鎮南京即可，何必親自前往江北冒險？”
史可法搖了搖頭：“江北乃南京門戶，若江北失守，南京必危。我為南京兵部尚書，督師江北，乃分之事。縱然江北西鎮總兵驕橫跋扈，我也必將盡力調和，整合兵力，守衛江北。”
他知道，馬士英一心想要獨攬大權，他留在南京，必將與馬士英發生衝突，引發黨爭，不利於局勢穩定。而前往江北，雖危險重重，卻能遠離朝堂的紛爭，專心整頓軍務，為大明守護好江北的防線。這是他能為大明做的，最實際的事也是最後能做的事了……
