然而此時先期出逃的海盜船已經將逃生航道塞得滿滿當當，這些船當中絕大部分也都因為出逃期間所的炮擊而導致不同程度的損傷，很難再保持完的航行狀態，一大堆破船在相對狹窄的水道上，船速自然就快不起來了。儘管鄭芝虎是帶兵的大頭領，但他此時連旗號都不敢在船上打出來，唯恐因此而引起了對手的關注，雖然心中焦急，但也只能跟著大隊伍慢慢往前蹭。
此時趕到碼頭的海漢民團已經基本結束了戰鬥，開始接管港口地區，並且對俘獲的十幾艘沒有來得及出逃的海盜船清理搜查。被留在港口的數百名海盜並沒有給民團帶來太多的麻煩，絕大多數人甚至連像樣的抵抗都沒有，就選擇了投降保命因為他們都聽到海漢士兵在很遠的地方就用喇叭在反覆呼喊著“放下武，投降不殺”的口號，而這個時候再繼續選擇戰鬥的方式來對頭目盡忠，似乎也沒什麼實際意義了。保住自己的命，不在大勢已去的況下繼續作出無謂的犧牲，這才是一個心智正常的人應該作出的選擇。
而最終沒能離岸出逃的海盜船，佔了這次來襲船隊總數的大約五分之一。這些船沒能出逃的原因除了船損或者是水手們沒及時登船之外，其中大部分是因為本還沒來得及把補給資裝上船，n，..就算僥倖逃出去，船上的人也會在一兩天之後就陷缺水缺食的困境中。而被留在港口的最後一批海盜中大部分人都是有傷在，這樣的出逃幾乎無異於自殺，倒不如留下來向海漢投降，或許還有存活的機會。
極個別試圖要憑藉個人武勇作垂死掙扎的海盜，在火槍與刺刀的鎮之下也迅速潰敗。在建制的職業軍隊面前，個人武勇所能發揮的作用極其有限，而且帶兵的高橋南對於抵抗者的態度一向都很堅決戰場上凡拒不投降者，無需請示或警告即可立斃。於是每一個衝出來想要做最後一搏的亡命徒，所得到的都是步調一致的排槍擊和隨之而來的近補刀。
被殺死的抵抗者會立刻拖到碼頭上，向那些已經選擇了投降的海盜們展示，以此來告誡他們不要再妄別的心思，否則這些負隅頑抗者的就將是他們的下場。而這種震懾手段的確也起到了極好的效果，海盜們在看到同伴的之後明顯老實了許多，乖乖地照著海漢士兵的指揮在碼頭空地上雙手抱頭蹲一列一列。而數名拿著麻繩計程車兵則不斷地將海盜們的雙手扭到後，然後用繩索將其雙手捆住。在這個過程中士兵也會順便進行簡單的搜，將海盜們上暗藏的匕首和其他品搜出來扔到一旁集中理。
對於接俘虜的理，這支來自安南的部隊也算是門路了。當初在安南戰後期，這支部隊在安南南部各地所接的俘虜往往都是數以千計，該如何管理這些戰俘，可以說已經有了一套比較型的手段和制度。要收押南日島上的這些海盜，也只需照葫蘆畫瓢就行了。
當然了，高橋南也沒有忘記讓炮兵們立刻清理岸邊由海盜所架設的炮臺，並且將火藥集中到一起準備另行理。這種高危品就這麼隨意敞放在碼頭上的確是一個安全患，要是有想不開的海盜拿著火摺子衝過去扮演人炸彈，那樂子可就大了。
錢天敦此時才和明軍代表許甲齊一起抵達港口。許甲齊看到碼頭上蹲伏著的海盜俘虜，一方面驚歎於海漢民團作戰效率能夠在如此之短的時間就拿下了港口，另一方面也暗暗有些後悔，早知道這些海盜已經無心抵抗，就應該自己帶兵來揀這個功勞才對。雖然福建方在戰後的論功行賞中不會了他這份，但“坐鎮指揮”跟“親自上陣殺敵”在兵部大佬的心目中還是會有微妙的區別，這也有可能會間接影響到他今後的仕途升遷。
“抓到鄭芝虎了嗎？”錢天敦見到高橋南之後第一件事便是詢問鄭芝虎的下落。這次手的勝負結果已經沒有太大的懸念，錢天敦目前更看重的是能夠取得多大的戰果，是否能俘獲十八芝的大頭目之一，鄭芝龍的親胞弟鄭芝虎，這個象徵意義要遠遠大於俘獲數百名殘兵敗將和十幾艘總噸位不到千噸的海盜船。
“報告大人，據俘虜代，鄭芝虎已經登船出海逃跑，不過從時間上看，他的船應該還沒逃出我軍的包圍圈。”高橋南連忙答道。
錢天敦看了看遠海面上一鍋粥的海盜船隊，點點頭道：“立刻向謝立通報況，讓他盯點！鄭芝虎不論死活，都要留在南日島！”
許甲齊十分羨慕地看著高橋南拿著一個黑小匣子，向數里外海上的同僚通報戰況。這種擁有千里傳音功效的小匣子，很多福建明軍的高階軍都不止一次見到過，許心素在前些日子也曾許以重金向海漢代表寧崎求購，不過並沒能獲得肯定的答覆。寧崎也把話說得很明白，不是價格的問題，只是這玩意兒本就不在海漢的出售清單上，也不會接任何人的出價。許心素雖然有些失，但同時也安了心自己花錢買不到的東西，別人也同樣買不到，而唯一擁有這種神的海漢人，恰好又是自己的盟友。
而類似如此的奇妙工，海漢人手裡還有許多，功用各有不同，其中絕大多數都是用於航海和軍事領域。而真正見識過海漢這些手段的人，都很難再生出與其對抗的念頭。就算是現在已經掌握一省軍權的許心素，私底下也時常會嘆幸好當年與海漢達了合作同盟的關係。
當事的另一方鄭芝虎，此時正提心吊膽地駛到外海，然而這裡的狀況並沒有比港灣好到哪裡去，幾十艘大明水師的戰船在外圍撒開了大網，想要仍然並非易事。
鄭芝虎的座船被打斷了主桅杆，行進速度十分緩慢，想要衝出去顯然難度極大。他便立刻下令臨近的一艘船況較好的海盜船靠過來，然後換乘過去。
然而這次的換乘反而引起了附近明軍戰船的注意，隸屬於水師編制的一艘海漢產戰船立刻調轉炮口對這艘船進行了炮擊。鄭芝虎也的確是倒黴，剛上船還沒提速，就遭了一炮擊，一顆炮彈好死不死地擊中了船艉的舵槳部位，頓時就讓這艘船喪失了大部分的轉向能力。
當鄭芝虎召喚了第三艘船，打算再一次換乘的時候，已經察覺到狀況不對的水師也同樣召喚了同伴增援，開始對這艘船展開集火打擊。而原本要駛過來搭救鄭芝虎的海盜船，見勢不妙也放棄了嘗試，在距離不到二十丈的時候選擇了轉向逃離。
“這個該死的傢伙！回到澎湖之後老子一定要治你的罪！”鄭芝虎見那艘船事到臨頭居然選擇了調頭逃跑，也是氣得跳腳不已。只是在罵的同時他也已經意識到，自己或許很難有機會安然回到澎湖了。
“船上的人聽著，你們已落福建水師包圍，立刻無條件繳械投降！”福建水師戰船上喊話的容和所用的鐵皮喇叭都是照搬自海漢海軍，而這種安排也是水師參將許裕拙的意思他認為海漢海軍的這種做法很有霸氣，值得福建水師進行效仿。
不過船上的海盜顯然並不打算接福建水師的勸告，海盜們用大聲喝罵和幾發零星的火槍擊作為了答覆。這樣作死的行為當然也不會得到福建水師的原諒，於是在大約三十米的距離上又對其進行了兩炮擊，這也讓船上的海盜們總算是安靜了下來。
在斷定船上的海盜已經放棄抵抗之後，一艘水師戰船緩緩靠了過去，水兵們探出帶鐵鉤的竹竿，鉤住海盜船船舷後將兩船拉近，幾個膽大的水兵在還相距三四尺的時候就踩著船舷跳到了海盜船上。
很快水兵們便欣喜若狂地上報了在海盜船上的重大發現：十八芝大頭目之一的鄭芝虎就在這艘船上，且已經重傷，無力抵抗。
鄭芝虎是在剛才的最後一炮擊中傷的，明軍發的葡萄彈在穿船之後擊中了他，一發中一發中腹，當場便傷重倒地不起了。
等謝立和許裕拙聞訊趕到登上這艘海盜船的時候，被水兵們抬到甲板上的鄭芝虎已經因為失過多而臉發青，眼看是救不回來了。
“你就是鄭芝虎？”
鄭芝虎聽到這聲音很勉強地抬頭看了看，是一名著海漢軍服的年輕男子，皮黝黑，留著與海漢人一樣的短髮，從外貌也分不出他是真海漢人還是所謂的海漢歸化民。鄭芝虎很勉強地應道：“你就是……海漢軍？”
“在下是海漢海軍駐福建指揮謝立，你可是鄭芝虎？”謝立一邊問，一邊示意後的醫護人員趕上前替他理傷勢。
“不用治了……”鄭芝虎擺擺手示意醫護人員讓開，用虛弱的聲音說道：“老子便是鄭芝虎，抓到老子算你立大功了……只可惜……你沒法把活人帶回去……請功了……”
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