此時的明軍哪裡是小小的哈能夠抵擋的，哈城很快被攻破，兀納失裡向西逃亡，並嚮明廷上貢請罪，自覺為明朝的藩屬國。
然而蒙元時期的西北戰太多，殺伐過重，使得河西地區幾乎了赤地千里的無人區，明軍暫時無力在此規模駐軍。於是明軍打下哈城，迫兀納失裡服後就撤退了。
1397年，朱元璋在今新疆和田地區設定罕東衛，對當地進行羈縻統治，進而完對哈地區的包圍。
明祖朱棣即位後，承繼了經略西北的方針。
1403年，他派遣使臣亦卜剌金前往哈諭哈國新王安克帖木兒。當時朝臣提議延續元朝的做法，將他封為肅王，以彰顯明朝取代元的統治後能夠繼承元的版圖。但是朱棣覺得封他一個新的王，不影響我承繼西北疆土，於是在1407年將安克帖木兒封為忠順王，意在突出哈對明朝的忠順之心。
儘管在名義上進行了冊封，明廷對哈國的控制力還不強。而草原上的韃靼首領鬼力赤與明朝作對，不滿哈屬明朝，派人將安克帖木兒毒死。
朱棣在派人去徵得哈地方勢力的同意後，將多年前俘獲的哈王子送到哈，繼承忠順王的王位。
然而當地勢力只是因為畏懼明朝的勢力而同意繼承王位的，心並不認可這位新主。
哈舊王母為代表的地方勢力在上位後，採取各種手段排他，最終將他趕出了哈。
朱棣原本是想搞區域自治，只要你們認同當王，其他的事你們都可以自己做主，朝廷不加干涉。結果當地勢力敬酒不吃吃罰酒，朱棣下詔狠狠訓斥了王母與大小頭目。
為了保證對哈的控制力，朱棣在哈設定新的哈衛，派長史、紀善等朝廷員協助管理哈，實際上是替把控哈的政務和律法。
有員提議在哈駐軍，設定把總之職。但是朱棣出於懷遠人的思想，考慮到當時沒有能夠威脅明朝西北疆域的勢力，而哈本地的政局和民族關係又比較複雜，拒絕了這一建議。
但是他沒想到在任時沉迷酒，不理國政，結果把自己命玩沒了。朱棣痛心之餘，還是派員前往祭奠，順便封“忠謹誠恪，眾所推服”的免力帖木兒為忠義王。這個新的忠義王上位後對明廷格外殷勤，多次上貢千匹戰馬，因此也更加深了明廷對他的信任。
朱棣也是給予哈和忠順王很多的賞賜，其地位排在西北眾多朝貢國之前。
免力帖木兒去世時，恰逢明宣宗朱瞻基即位。
之前的忠順王在明朝皇室眼中的地位非同一般，於是朱瞻基封之子卜答失裡為忠順王，既肯定先王對明廷的忠順，也敲打他讓他聽話。
同時為了制衡哈地方勢力，朱瞻基又冊封免力帖木兒的弟弟歡帖木兒為忠義王。
這樣下來，哈就有了兩個王，而忠順王以及當地的軍政員任免權都在明朝手裡，明朝事實上將哈納為了領土。明朝在西北設定的“關西七衛”總上是穩固的。
不過關西七衛並非明朝直屬，而是採取羈縻制度，各衛所都督依舊由當地蒙古貴族擔任，明朝不干涉其部事務。
在明朝初期時，朝廷對於七衛的控制力還是比較強大的，但是到仁宗和宣宗之後，明朝對北疆出現疲態，尤其是在土木堡之敗後，明朝實力大衰，國防策略轉為戰略防守。
至嘉靖年間，關西七衛全部被吐魯番汗國（從東察合臺汗國中分裂的政權）蠶食，明軍全部撤回玉門關，明朝徹底放棄了對西域的經略。
縱觀整個明朝歷史，對西域的態度可謂是有心無力，明朝自建國後就一直到北方蒙古人的威脅，蒙古和明朝的矛盾貫穿了兩百多年。
到了明末，由於部出現了大分裂，蒙古對明朝的威脅總算告一段落了。但就在蒙古人衰落的同時，位於遼東的真人順勢崛起，明朝的國防重心從北方轉移到東北，更加無暇關心西域了。
總而言之，大明二百多年以來，有數次機會控制西域，可是最終都是因為各種各樣的原因，有部的有外部的，導致沒有行。
西域的丟失讓大明基本沒有什麼戰略緩衝，不管從九邊重鎮哪裡出兵，大明都必須全力以赴。
而朱威重新站在這片原本應該屬於大明的土地上之時，真的是慨眼前。
在原本的歷史中，西域就是元朝的東察合臺汗國，在明朝中後期分裂為葉爾羌汗國和吐魯番汗國兩個政權，這個兩個國家互相敵視，征伐不斷，各自實力都被嚴重削弱。
不過現在的況已經不是這樣了，這兩個國家早都完蛋了，是被孛兒斤和奧斯曼帝國前後夾擊滅掉的。
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