兄弟為了尋找神秘的賢者之石而展開旅程。哥哥德華15歲,是有史以來最年得到國家錬金師的資格的天才的錬金師；弟弟阿爾斯雖然擁有威武的鎧甲姿態,但卻是位善良的14歲年。
二人來到東部邊境市鎮里奧爾,在那裡,他們目睹了稱為太神雷特代理人的柯奈羅主教的奇蹟之業
艾爾林克兄弟與....主教在雷特教會的秘地下室為爭奪賢者之石而決戰，但就在這時候,聽說主教有危險而前來的雷特信徒來到闖干擾，艾爾林克兄弟逃到鎮上,被深信柯奈羅的村民發現包圍，被奇蹟之技而喚醒的雷特神像打倒阿爾斯,德華被捕後再被帶到柯奈羅面前
在旅途中經過的街角古書店裡,德華和阿爾斯找到了錬金的門書，想起了以前用這書學習錬金的時候,那時兩個人還很小的時候,一起在利贊布魯村生活的歲月，他們為了想看見媽媽的笑臉,為了這心,競爭著修練錬金...
艾爾林克兄弟為了為國家錬金,離開出生的故鄉利贊布魯展開旅程,在途中聽說了有關錬金師瑪吉哈爾的傳言，於是決定前往他所居住的村子，可是那村子卻流傳著死人接連出現襲擊村民的謠言....
為了為國家錬金師,德華和阿爾斯向著中央進發，但在快要抵達時,卻收到伊.馬斯坦中佐的報告電話,突然命令他們坐上接著的列車，原來這列車上戴著與家人旅行中的哈克羅將軍...
國家錬金師資格試臨近,在馬斯·灰茲介紹下,德華和阿爾斯寄居於第一位功做出生錬的"綴命之錬金師"肖·塔卡家裡，二人得到肖·塔卡和他的兒尼娜以及他們的犬亞歷山大的鼓勵每天努力學習，接著到了考試當日,德華和阿爾斯挑戰這次的國家錬金師資格試...
德華12歲就功通過了國家錬金師資格試,為有史以來最年的錬金師,並從馬斯·灰茲那裡收到象徵著國家錬金師的銀懷錶，這除了象徵著得到特權外,還意味著他正式為軍部的一員
在肖·塔卡的家舉行了一個派對尼娜和亞歷山大都玩得非常開心,可是,肖·塔卡卻在為迫在眉睫的查定日而到苦惱,走投無路...
德華因為自己未能拯救尼娜而後悔萬分,痛恨自己的無能，伊.馬斯坦中佐命令德華分析肖·塔卡留下來的研究果，德華違反了這冷酷無的命令,自己一人開始追查殺害尼娜的兇手...
覺到自己的渺小和無能,為了達自己的目的,德華決定為『軍隊的走狗』國家錬金師，就在這時候,德華收到伊.馬斯坦中佐的第一個命令...
在回程向伊.馬斯坦中佐報告的中途,德華二人在“水之都阿克亞”下了車，“水之都阿克亞”是有名的觀都市,據說最近出現了份不明的怪盜賽壬，唯一得到的線索就是,這名怪盜也會使用錬金，德華和阿爾斯到當地的刑警委託協助調查...
聽說了賢者之石的傳聞,德華和阿爾斯來到金礦鎮傑諾泰姆，往昔繁華的都市現在變得荒蕪,鎮上的人都把最後的希寄託在馬戈瓦爾研究的賢者之石上，德華在那裡發現了假冒的艾爾林克兄弟...
拉塞爾·特林漢姆和弗萊查·特林漢姆假借艾爾林克兄弟之名繼續賢者之可的研究，拉塞爾馬戈瓦爾的命令,為了利用紅水製造出賢者之石,實行了某種方法但他們無論怎樣也不能實行這方法,因此被捕囚在地下監獄...
為完作為國家錬金師的調查報告,德華和阿爾斯來到了軍隊的東方司令部，德華向馬斯坦大佐查問他在金礦鎮傑諾泰姆聽到有關姆.馬魯克醫生的傳聞失敗，於是德華想到了一個辦法,他以姆.馬魯克醫生的報作為賭注,跟馬斯坦大佐進行模擬戰鬥...
元國家錬金師?姆.馬魯克醫生在過去的伊斯爾戰中,從軍隊中逃跑出來，德華和阿爾斯為了尋找這位賢者之石的研究者來到海德村，德華想他出從軍隊中拿出來的賢者之石的研究資料...
德華和阿爾斯被斯卡追趕得走投無路,幸好在千鈞一髮之際得到阿姆斯特朗的幫助，於是帶著姆.馬魯克醫生逃。得知斯卡是伊斯爾人後,姆.馬魯克醫生回憶起當日的戰爭,伊斯爾戰的悽慘真實...
為了修理被斯卡破壞的機械鎧甲,德華和阿爾斯決定回到利贊布魯
從姆.馬魯克醫生那裡秘得來的留言裡記載著賢者之石的研究資料存放的地點，那地點就是中央圖書館的第一分館，德華和阿爾斯跟從這好不容易到手的線索再次出發...
德華和阿爾斯為了修理機械鎧甲再次回到利贊布魯
從把自己的家燒燬,踏上尋找賢者之可的旅程開始,再次回到故鄉已經相隔了四年
皮納可和溫莉一邊說著難聽的話,一邊溫暖的歡迎二人
德華和阿爾斯為了得到姆.馬魯克醫生留下來的賢者之石的資料--「馬魯克筆記」再次回到中央，可是,資料的存放地--中央圖書館第一分館卻因為火災而消失了，據目擊者的供詞,引起火災的犯人就是欺卡...
為了取回失去的一切,艾爾林克兄弟一直不斷的追尋賢者之可,但卻發現那原來是要犧牲活人才能得到的東西
德華到嚴重的打擊,決心尋找馬魯克留下來的留言中那句「真相中的真相」的真正意思...
德華和阿爾斯發現了原來研究賢者之石的地點就是「第五研究所」，應該是廢墟的「第五研究所」卻藏著無數的陷阱，接著有兩個黑影襲擊德華和阿爾斯,原來他們是死囚48號和66號...
德華和48號死囚在「第五研究所」展開決戰,為了得到賢者之石的報,攻防戰在繼續著
另一方面,在研究所的中庭,阿爾斯和66號的戰鬥也開始了...
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