玉虹市，寶可夢中心。
小智一行人已經在這呆了五天。
解決完素利普與素利拍的詭異電波事件，現在寶可夢中心的寶可夢已經恢復原樣，皮卡丘也恢復活力，生機的。
值得一提的是，期間小霞還收服了一隻無人認領，反應有些遲緩的可達鴨，與當時在聖安奴號上收服的呆呆組呆呆二人組。
現在已經有了從水屬訓練家轉變呆屬訓練家的苗頭。
就這眾人無聊玩著ns遊戲機時，小智接到了莉佳的訊息，關於妙蛙種子的特殊現象將會出現在今晚出現，還請求小智多拍下照片。
這個現象被莉佳命名為，妙蛙種子的神秘花園。
小智自然答應下來，畢竟這個報還是莉佳給予的，更別說他還白嫖了青草梯和薄霧炸裂兩個新技能。
...
深夜，將近凌晨。
小智早早的就將妙蛙種子放了出來，此刻後者有些焦急的在地板上來回走，沒有了往日的沉穩。
它也在糾結是否要選擇進化。
“沒事的，妙蛙種子，無論進不進化，你都是我的夥伴。”
“皮卡~”
小智與皮卡丘在旁邊安道。
雖然小智更願意它選擇進化的道路，但最後的選擇還得是妙蛙種子自己來，他不會手。
...
“呼呼呼...”
一陣夜清風吹過，眾人鼻腔中似乎多了點什麼，甜甜香香的。
“種子！”
妙蛙種子率先反應過來，直接翻越寶可夢中心的窗臺，朝一個方向跑去。
“我們也跟上去。”
小智一行人對視一眼，暗道來了，連忙也朝著妙蛙種子的方向追去。
追了將近十分鐘，眾人已經走到了玉虹市的邊緣，見妙蛙種子依舊沒有停下步伐，一行人只能也跟著離開城市，進市郊的一片森林。
別說，香味越來越濃郁了，就像是周圍佈滿了鮮花般。
“嗖嗖！！”
見妙蛙種子翻越一片灌木，小智剛要追上去時，兩側突然打出了數條褐荊棘，幾個眨眼便將去路封死，原地立起了一道荊棘牆壁。
“好傢伙，竟然還有自我意識？”
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