興平二年（195年），曹重振旗鼓，再戰呂布，三戰三捷，破定陶、廩丘等城，徹底平定兗州。
七月，因李傕、郭汜的火拼，漢獻帝從長安東歸，並下詔讓各路諸侯勤王。
十月，獻帝正式拜曹為兗州牧。
建安元年（196年）二月，曹討平汝南、潁川一帶的黃巾軍何儀、劉闢等部，漢獻帝封曹為建德將軍。（此戰過後劉闢遁山林，直到歸降呂岱。）
六月，因為曹謀士董昭的勸說，獻帝邊的楊奉等人上表，拜曹為鎮東將軍，襲父費亭侯爵位。
此時，曹想迎接獻帝，其謀臣大多認為山東尚未平定，獻帝邊的韓暹、楊奉等又驕橫難制，所以不贊迎接獻帝。但荀彧、韋孝寬等人卻極力支援，於是曹就派曹洪率兵迎接漢獻帝，但被衛將軍董承與袁的將領萇奴據險阻止。
七月，獻帝回到，董承為牽制韓暹等跋扈將領，又召曹來。
八月，曹來到，奏明韓暹、張楊之罪，韓暹逃奔楊奉，又因為護駕之功被獻帝特赦。於是，曹殺了侍中臺崇、尚書馮碩、議郎侯祈，封董承等十三人為列侯，曹本人亦領司隸校尉、錄尚書事。
隨後，曹聽從謀士董昭的建議，於九月遷獻帝於許縣，被封為大將軍、武平侯。楊奉對曹遷許之舉非常不滿，打算攔路截擊，結果失敗。
十月，曹討平楊奉。
十一月，曹出任司空，行車騎將軍事，總攬大權。
自此，曹挾天子以令諸侯，奉天子以討不臣，又全據兗豫司三州，麾下又得到了諸如關羽、徐晃、羊侃等猛將的效力，約約已經為了天下第一諸侯！
建安二年（197年）正月，曹討伐張繡，軍隊駐紮在淯水，張繡舉眾投降，旋即復叛，曹的長子曹昂、侄子曹安民、猛將典韋在此戰中戰死。
此後，曹又兩度攻擊張繡，都沒有徹底擊破。
九月，曹東征袁，袁不敵，丟下大軍，逃至淮河。
建安三年（198年）四月，曹遣謁者裴茂率中郎將段煨討平李傕，夷其三族。
九月，曹東征徐州，進攻一直與他為敵的呂布。
此戰，曹麾下關羽、蕭柯、羊侃、薛安都、許褚五大猛將圍攻呂布。
呂布不敵，因此大敗，率領殘兵退守下坯。
而在曹軍攻勢之下，呂布軍上下離心，
十二月，呂布的部將魏續、宋憲等生擒陳宮，歸降曹。
呂布見大勢已去，便下城投降。
曹將呂布、陳宮、高順等人死，收降呂布部將張遼以及泰山豪傑臧霸、孫觀等人，從此控制了徐州。
此戰過後，曹因功被天子封為丞相。
建安四年（199年），因為畏懼曹的強大，又害怕被攻滅，佔據南的張繡便聽從謀士賈詡之計，率部投降曹。
曹大喜，拜張繡為揚武將軍。
之後，曹委任族弟曹仁率部駐守宛城，防備荊州；又派遣夏侯惇率部駐守壽春，部將李典率部駐守合淝，一起防備江東。
同時，曹開始整頓部，加強軍備，以及自己在朝中的威，併為接下來的一統天下作準備。
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