阿濟格指揮清軍利用紅大炮，對著潼關城牆進行猛烈轟擊。炮彈如雨點般落下，炸得城牆磚石橫飛。
大順軍雖頑強抵抗，士兵們勇殺敵，但終因清軍炮火太過猛烈，潼關城最終還是被攻破。
有一說一，清軍已經把明軍運用紅大炮的技學到了手，在這場戰役中發揮了巨大威力。
李自見潼關已失，深知大勢不妙，只能且戰且退，最終率部撤離了西安，向河南、湖廣方向轉移。
阿濟格佔領西安後，本著宜將剩勇追窮寇的原則，沒有給李自息的機會，繼續揮軍追擊。
大順軍在清軍的窮追猛打下，節節敗退，兵力越來越，士氣也越來越低落。
此時，大順軍軍師牛金星向李自出主意：“闖王，為今之計，唯有經商進湖北，然後再進湖南和江西，重新組織抗清力量，方可圖日後東山再起。”
李自思索片刻，點頭同意了這個建議。
同年5月，李自帶領部隊來到湖北九宮山一帶。
這裡山勢險峻，峰巒疊嶂。
李自看著眼前的大山，對牛金星說：“軍師，我去山上看看有什麼吃的，你和部隊原地休息。”說罷，便帶著兩名隨從上山了。
然而，令人意想不到的是，此後便再也沒有李自的確切訊息了。
曾經轟轟烈烈的大順政權，也就此結束，前後歷時約兩年。
而他的餘部仍繼續堅持抗清，牛金星最終被俘，投降了清軍。
那麼，李自在九宮山究竟遭遇了何事呢？
對於李自的失蹤，民間和史書中說法眾多，有人說他當時被人害了，有人說他出家當了和尚，眾說紛紜，至今尚無定論。
以下是一些較為常見的說法：
染病去世之說：依據《明史紀事原委》和《明季北略》的記載，李自病故於湖南黔的羅公山。
從當時的實際況來分析，李自屢戰屢敗，一路逃亡，行軍至湖南時，已然心力瘁。
再加上當時資匱乏，醫藥短缺，在這樣的困境下患病不起，最終亡，並非沒有道理。
自縊亡之說：《綏寇紀略》和《荒書》均記載，李自帶著20人路過九宮山嶺，想要上山拜元帝廟。
元帝廟供奉的是真武大帝，李自想求真武大帝保佑。
然而，卻被當地村民誤認為是盜匪。在慌之中，李自最終自縊而死。
也有人說他是被農民用鋤頭砸死的。當時李自一行人飢難耐，去農民的山藥，被發現後，憤怒的農民將其打死。
在那個混的年代，資訊傳播不暢，村民們為了保護自己的財產，誤殺李自也是有可能的。
戰死九宮山之說：《明史》中有記載，李自在湖北九宮山與清軍戰時，被阿濟格所殺。
不過，這一說法存在疑點。當時李自的軍隊仍有一定規模，若其戰死，按照常理應該會有更為詳細的相關記錄或者廣泛的傳聞。
畢竟，李自是一位極影響力的人，但實際上，關於他戰死的細節卻十分模糊，所以這一說法也存在爭議。
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