劉肇基率領餘部與清軍展開了激烈的巷戰，每一條街道、每一座房屋都為了他們的戰場。
兩日後，劉肇基在激戰中被俘。多鐸同樣對他進行勸降，劉肇基與史可法一樣，誓死不降，最終也被殘忍斬首。
戰鬥結束後，多鐸將心中的怒火遷怒於揚州百姓，認為他們協助史可法守城，
於是下令大開殺戒。清軍連續屠殺了十天十夜，揚州城八十萬民眾慘遭毒手，生靈塗炭。
到了第十天，多鐸終於下令封刀，並出榜安民，“揚州十日”這一慘案由此而來。
此時的揚州城，人口銳減，只剩下原來的三分之一，曾經繁華的城市，如今滿目瘡痍，一片死寂。
為了防止瘟疫發，多鐸竟命令士兵將置於房頂焚燒，多鐸本以為過屠殺揚州百姓，能夠起到殺儆猴的作用，從而瓦解江南百姓的抗清決心。
然而，事與願違，他的暴行反而激起了江南反清勢力如燎原之火熊熊燃起。
諸如紅花會、三合會等各種地方團相繼湧現。在南明政權的號召下，江南地區的反清復明鬥爭此起彼伏，持續了十幾年之久。
……
拿下揚州後，多鐸馬不停蹄，乘勝追擊，心中只有一個堅定的目標：攻下南京，一舉消滅南明朱由崧小朝廷。
彼時，多鐸揮軍兵臨南京城下，南明弘政權部已然作一團。
員們猶如驚弓之鳥，毫無保家衛國的決心，紛紛四散逃亡。
這也難怪史可法生前極力反對擁立朱由崧為南明君王，果然是個慫蛋。
史可法曾一針見地指出朱由崧“七不可立”，直言其在貪、、酗酒、不孝、下、不讀書、干預有司這七個方面劣跡斑斑。
朱由崧為明神宗朱翊鈞之孫、福王朱常洵之子，從一開始就不被史可法等東林黨人看好。
但總督馬士英與朱由崧深厚，他聯合江北實力派將領，強行將朱由崧推上了帝位，即弘帝。
可惜的是，朱由崧即位後，毫沒有收斂本，在位期間，沉溺於酒，荒無度，將國家大事拋諸腦後。
在政治上，他對馬士英、阮大鋮等佞之臣深信不疑，肆意排斥異己，致使南明政權部腐敗叢生，黨爭不斷。
在軍事上更是毫無建樹，面對清軍的步步，毫無抵的有效舉措。
當多鐸大軍將南京城重重包圍，朱由崧嚇得魂飛魄散，這個平日裡只知吃喝玩樂的皇帝，在逃跑時倒是作迅速。
他匆忙留下禮部尚書錢謙益等大臣守城，自己則在侍衛的簇擁下，慌不擇路地逃離南京，向著蕪湖方向逃竄，妄圖投奔靖國公黃得功尋求保護。
錢謙益老謀深算，怎會為這個搖搖墜的南明君王賣命，他可不想當那徒有虛名的忠臣，一心還想著繼續榮華富貴。
於是，他毫不猶豫地選擇了投降。多鐸不費一兵一卒，便輕鬆接收了南京城。
隨後，多鐸深知斬草需除的道理，當即派貝勒尼堪等人率一隊銳人馬向蕪湖方向疾馳而去。
尼堪為努爾哈赤之孫、褚英的第三子，在清軍陣營中也是一員猛將。
黃得功一直深朝廷厚祿，此時一心保朱由崧周全，據守蕪湖城，力抵抗清軍的進攻。
然而，雙方實力懸殊巨大，黃得功終究不敵，被尼堪砍於馬下。
。死被終最，京北往送鐸多被又後，京南回解押被先崧由朱，後之。獲擒被即隨，之中囊的軍清了間瞬崧由朱的護保去失
。名其有空直簡，力能的清抗乏缺又，力召號有沒既，年一足不了續持，廷朝小的崧由朱
。滅覆底徹的權政弘著誌標，殺被崧由朱
……止停未從上地土片這在，爭鬥的明復清反，權政小明南個多著續存舊依區地南江，後殺被帝弘，”生復割，韭如發“謂所正
