然而，命運弄人，在返程途中，行至濟南時，富察氏卻突然病倒，一行人加速往回趕的速度，誰料皇后行至德州溘然長逝，時年37歲。
一時間，坊間傳言紛紛，有人說這是泰山老祖將招了去，也有人猜測是因過度思念兒子，長期憂鬱導致神崩潰而亡。
回到京城後，悲痛絕的乾隆皇帝，全心地投到皇后的後事辦之中。
他傳旨所有臣子皆披麻戴孝出殯，且百日之嚴飲酒娛樂。乾隆自己更是七日沒上朝，頭不梳臉不洗，形容邋遢，宛如乞丐一般。
富察氏的離去，彷彿將他的氣神一併走。
據不完全統計，乾隆帝為富察皇后的葬禮花費上百萬白銀。最初，他諭令“喪禮”向戶部支取了白銀三十萬兩。
在喪葬工程方面，挪蓋觀德殿，新建宮門、添蓋淨房等工程，員工匠 8200 餘人，壯夫 9500 餘人，耗費白銀 9600 餘兩。
之後，擴建停放棺木的靜安莊，新建房間 338 間，又耗費白銀 餘兩。
此外，看守陵寢每年所需費用在十萬兩白銀以上。而這些僅僅是部分有明確記載的花費，
實際總費用涵蓋喪儀用品、祭祀活、人力費用等諸多方面，繁雜瑣碎，難以確統計。
從這場隆重非凡的葬禮，足見乾隆對富察氏的深厚。
乾隆因妻離世悲痛萬分，正愁無宣洩，一些臣子和兒子們的行為卻未能讓他滿意，因而到了嚴厲懲治。
皇長子永璜和皇三子永璋，在喪禮上毫無哀慼之。皇后並非二人親母，不深，難以表現出極度悲痛之。
然而，乾隆在悲痛中，對二人的表現極為憤怒，嚴厲斥責，甚至公開宣告二人將來絕無繼承皇位的資格。
刑部尚書阿克敦，因滿文譯文中將“皇妣”一詞譯“先太后”，犯下嚴重錯誤，被付刑部置。
想當年，年羹堯因寫錯一個詞，被雍正皇帝死。
此刻乾隆盛怒之下，同樣難以寬容。刑部最初判阿克敦絞監候，
乾隆對此極為不滿，要求改為斬監侯，待秋後決，同時刑部眾多員也因連帶責任被革職查辦。
工部因製作的皇后紀念冊“甚為陋”，未能盡到應有的職責，工部全堂員皆被問罪。
祿寺所準備的祭品“俱不潔淨鮮明”，其大小員同樣被革職或降級。
兩江總督尹繼善、閩浙總督喀爾吉善等 50 多位各地大員，因未主上奏請求京參加皇后葬禮，被乾隆帝或降級留用，或削去軍功。
江南河道總督周學健、湖廣總督塞楞額在百日剃頭，違反喪禮忌，被乾隆賜死。
湖南巡楊錫紱、湖北巡彭樹葵也因在百日剃頭，被革職留任並罰財產。
翰林院因撰擬的皇后祭文存在用字不當的問題，相關員被罰俸。
鑲藍旗漢軍旗人李坦謊稱抱恙，未參加祭祀，最終被剝奪伯爵之位。
孝賢皇后去世後，按照滿族風俗停喪 100 天，大臣們在這 100 天謹小慎微，生怕惹怒乾隆帝。
喪禮完畢後，乾隆帝立即下令設立“孝賢皇后陵寢總管衙門”，該衙門設總管、副總管、章京、筆帖式等大小員二十三員，
看守陵寢的兵丁八十名，專門負責管理孝賢皇后陵寢的一切事務。
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