在一次模擬實驗中，研究團隊按照秦朝典籍中記載的祭祀儀式步驟，結合現代科學技，對山谷的能量場進行了確的調控。就在大家滿懷期待的時候，意想不到的事發生了。實驗引發了一場小規模的時空波，雖然沒有再次出現穿越現象，但卻讓周圍的時間和空間出現了短暫的異常扭曲，一些實驗裝置的時間記錄出現了錯，周圍的地形也發生了微小的變化。
這次意外的發生讓研究團隊既興又擔憂。興的是，他們離揭開穿越之謎似乎又近了一步；擔憂的是，如果不能準確控制這種時空波，可能會引發不可預測的後果。
孫大寶和蘇小寶迅速組織團隊對實驗資料進行分析，試圖找出引發這次時空波的關鍵因素。經過數天的日夜戰，他們發現實驗中對能量場強度和頻率的調控與秦朝祭祀儀式中的某些特定環節存在著微妙的關聯。
基於這一發現，他們對實驗方案進行了最佳化。經過多次的調整和嘗試，研究團隊終於功地再次發了一次較為穩定的時空波，並且過先進的儀裝置，對波過程中的時空變化進行了詳細的記錄和分析。
隨著研究的不斷推進，孫大寶和蘇小寶的名字在學界越來越響亮。他們的研究果不僅為考古學領域帶來了新的突破，也引起了科學界對時空穿越這一前沿課題的廣泛關注。許多國際知名的科研機構紛紛向他們丟擲橄欖枝，希能夠參與到這項有重大意義的研究中來。
然而，就在研究取得重大進展的時候，一些質疑的聲音也開始出現。部分保守的學者認為，孫大寶和蘇小寶的研究過於冒險，穿越現象違背了現有的科學認知，可能會引發一系列不可控的風險，甚至對人類社會造危害。
面對這些質疑，孫大寶和蘇小寶沒有選擇迴避。他們積極與各界進行通流，詳細闡述研究的目的和進展，強調他們在研究過程中的嚴謹態度和對風險的充分評估。他們表示，研究穿越現象並非是為了追求冒險和刺激，而是希過對這一神秘現象的探索，推人類對時空本質的認識，為科學發展開闢新的道路。
在孫大寶和蘇小寶的努力下，越來越多的人開始理解並支援他們的研究。研究團隊也在不斷壯大，吸引了來自不同領域的頂尖人才。他們繼續在石門山的研究基地裡，夜以繼日地工作著，期待著能夠徹底揭開穿越之謎，為人類的知識寶庫增添新的輝篇章。而他們的故事，也激勵著無數年輕人投於科學研究和歷史探索的領域，勇敢地追尋那些未知的奧秘。
然而，正當研究團隊滿懷信心繼續深研究時，石門山研究基地突然遭遇了一場神秘的襲擊。一群著古裝、手持奇異武的人闖基地，破壞了大量實驗裝置，還搶走了部分關鍵研究資料。孫大寶和蘇小寶意識到，這些人似乎與他們研究的穿越現象有著某種關聯。他們迅速組織團隊展開調查，發現襲擊者上有著秦朝服飾的特徵。難道是穿越時空而來的秦朝人？為了找回資料、阻止可能出現的更嚴重後果，孫大寶和蘇小寶決定利用他們掌握的時空波技，穿越回秦朝尋找真相。他們做好準備，啟時空波裝置，一道芒閃過，兩人消失在了基地中，踏了未知的秦朝世界，一段驚心魄的時空之旅就此拉開帷幕。
孫大寶和蘇小寶剛落地秦朝，便被一群秦朝士兵團團圍住。他們試圖用現代語言解釋自己的來歷，可士兵們一臉茫然，只當他們是怪人。就在僵持不下時，一位老者出現喝退了士兵。老者自稱略通奇，看出他們並非秦朝之人。
原來，在秦朝有一神秘勢力，他們知曉穿越時空之法，擔心孫大寶和蘇小寶的研究打破時空平衡，威脅到他們的利益，所以派人去現代襲擊研究基地。老者願意幫助孫大寶和蘇小寶找回資料，前提是他們要協助阻止這勢力的瘋狂計劃。
於是，三人踏上了尋找神秘勢力據點的征程。一路上，他們遭遇各種危險，也結識了不豪傑。隨著調查深，他們離真相越來越近，一場與神秘勢力的終極對決即將展開，而孫大寶和蘇小寶能否在這秦朝世界力挽狂瀾，帶著資料安全返回現代，一切都是未知數。
他們終於找到了神秘勢力的據點。據點守衛森嚴，機關重重。孫大寶和蘇小寶利用現代知識，破解了一道道機關。進據點後，他們發現神秘勢力正在進行一場詭異的儀式，似乎想開啟更大的時空通道，引發不可控的時空災難。
就在他們準備出手阻止時，神秘勢力首領現。首領冷笑著說，他們的研究已經擾了時空秩序，只有過這個儀式才能恢復平衡。孫大寶和蘇小寶與之激烈爭辯，指出這會帶來更大的危害。
雙方隨即展開一場惡戰。孫大寶和蘇小寶在急關頭髮現自己穿越之後，他們竟然會武功，於是二人憑藉智慧和勇氣，與豪傑們並肩作戰，逐漸佔據上風。關鍵時刻，蘇小寶找到了被搶走的資料。最終，他們功破壞了儀式，打敗了神秘勢力。
帶著資料，孫大寶和蘇小寶在老者的幫助下，再次啟時空波裝置。一道芒閃過，他們回到了現代。研究得以繼續，而他們在秦朝的經歷，也了一段傳奇。
回到現代後，孫大寶和蘇小寶以為一切塵埃落定。可不久後，研究基地的監測裝置顯示，時空波出現了新的異常。原來，神秘勢力雖被打敗，但他們在秦朝進行的儀式還是留下了患，時空裂有擴大的跡象。
孫大寶和蘇小寶意識到，必須再次穿越回去，徹底修復時空。他們再次準備好穿越所需品，重新啟時空波裝置。
