勞堪、王國只得把這些事以急遞的形式向京師彙報，不過很快勞堪就笑不出來了，巡河史和巡按史已經趕到了勞堪的漕運總督衙署，要求見這些被勞堪拘捕的吏，可是這些吏已經被人滅口了，勞堪推說要詳查此案，將巡按史和巡河史們給打發了，但是勞堪很清楚，這些史們肯定是嗅到風聲了，要不然不會突然要求檢視這些被拘捕的吏的。
勞堪可以採取拖延的辦法暫時不讓史知道這些被拘捕的吏已經被滅口的事，但是流言是阻擋不住了，現在已經有各種流言開始傳播了，說勞堪為了迫這些吏們認罪，擅大刑，將這些吏們拷掠致死，史們當然也不會放過勞堪，紛紛上疏彈劾於他，指責他阻礙史履行職務，按理說巡按史對轄區的重大案件是有複核權的，但是勞堪現在給史們吃閉門羹，這幫史們自然是不能善了，何況市井流言紛紛，史們也不能無於衷。
而在京師，文華殿外，錦校尉和紅盔將軍將整個文華殿包圍，領侍衛大臣兼京衛都指揮使嚴紹庭親自領兵護衛，將整個文華殿包圍起來，文華殿的氣氛也是極為凝重，朱載坖和太子朱翊釴，閣部重臣們都聚在此，朱載坖將王國、勞堪的奏疏給他們傳閱。
朱載坖語氣平穩的說道：“有時候朕也在想，朕或者說大明，在他們心中到底是個什麼東西？”
對於揭開漕運這個蓋子可能出現的事，朱載坖早就有所準備了，漕運積弊已深，朱載坖和張居正要改革漕運，這些既得利益集團自然是會拼死反抗的，這點朱載坖早就有所準備了，不過他們幹出來的事仍舊是非常令朱載坖無語的，這麼多年了，還是這些套路，不是殺人滅口，就是火龍燒倉，然後就是製造一些流言，一位這樣就可以讓朝廷屈服了。
顯然朱載坖、張居正都不是那樣的人，朱載坖直接問道：“眼下之事，應該怎麼辦啊？”
對於這些事，張居正顯然是不會退讓的，他的看法就很簡單，這些人企圖殺人滅口、甚至不惜以焚燬朝廷水次倉這樣喪心病狂的行為，大明朝廷是不可能對於他們妥協的，何況這是張居正擔任首輔以來所推行的第一件大事，要是此事就這麼虎頭蛇尾了的話，張居正這個首輔的尊嚴何在？新政還如何推行？
張居正的態度是很堅決的，就是對於這些人，要一查到底，不管涉及到什麼人，都要繩之以法，對於這些人，絕對不能放過，這點得到了朱載坖的支援，同時對於現在這些查察本案的欽差，張居正也有一些看法，潘季馴、王宗沐等人固然是擁有專業能力，同時對於漕運比較悉的人員，但是他們在理案件上未免有些過於仁慈，張居正認為，現在案已經清楚了，不必再用潘季馴、王宗沐等技員，而是派遣通刑獄，善於推理的員，對於本案詳加查察，使本案真相大白。
對於張居正的這個建議，朱載坖也予以了支援，確實，現在本案的幕後黑手其實已經是昭然若揭了，所以張居正認為應該調派通形同刑獄的員予以理本案，張居正認為勞堪就不錯，他能夠很快就查明天妃閘覆船一案的真相，雖然事後這些吏遭到了滅口，但是張居正認為勞堪瑕不掩瑜，還是很有能力的，只要給予勞堪足夠的權力，張居正認為勞堪還能能夠將此案查辦清楚的。
但是張居正的提議遭到了左都史海瑞的反對，海瑞認為勞堪手段過於暴，而且驕矜自滿，做事不夠周，本來在取得了這些吏的口供之後，勞堪應該嚴保護這些證人的，但是他屬於防範，致使這些人被滅口，導致朝廷下一步行極為被，所以海瑞認為勞堪並不合適。
朱載坖也認為勞堪並不合適，他和海瑞的想法不一樣，朱載坖想得事用勞堪查察本案，也許能夠快速結案，但是對於東南的這些地方豪強的打擊不夠沉重，朱載坖要做的就是藉此機會再次沉重打擊東南的地方勢力，使得他們明白，和朝廷作對沒有好下場的。
朱載坖略一思索之後就做出了決定，朱載坖問道：“嚴司空，可願為朕走一趟？”
工部尚書嚴世蕃趕說道：“臣願為陛下分憂。”朱載坖選擇了嚴世蕃作為欽差去查辦本案，既在意料之外，又在理之中，嚴世蕃是朱載坖的親信，更重要的是嚴世蕃這位小閣老的手腕，是很多人都驗過了的，嚴世蕃有富的政治經驗，對於朝堂和地方的各種利益關係能夠理的遊刃有餘，同時他才是朱載坖的心腹，能夠不折不扣的按照朱載坖的心意是查辦本案，而且他在朝堂上沒有什麼瓜葛了，理事來就沒有顧及。
而且說起來，嚴世蕃和東南的這些豪強們還真是有些淵源呢，這次朱載坖用嚴世蕃，打擊的件就很明白了，朱載坖隨即下達詔令，工部尚書嚴世蕃，加刑部尚書、右都史銜賜天子劍給王命旗牌，充浙直觀察使、代天巡狩，查察要案。
然後命令河道總督潘季馴迴歸本職，他本就是技員，沒必要參與進這些朝堂鬥爭中來，然後將王宗沐和勞堪的職務對調，任命王宗沐為右都史、總督漕運，勞堪為南京刑部尚書，浙直觀察副使，協助嚴世蕃查察本案。同時原巡視漕運張學也加浙直觀察副使，協助嚴世蕃查察本案。
同時從錦親軍中調幹校尉，配合嚴世蕃查辦本案。
朱載坖的上諭下達之後，很多人都明白，朱載坖這是發了狠了，嚴世蕃的手腕，不嘉靖朝的老臣都領教過的，再加上勞堪、張學這兩個酷吏，不把東南搞得天翻地覆才是怪事。
