在西域的戰事再次拉開之際，大明朝廷，尤其是軍機也在積極的謀劃著西域的戰事，上次朱載坖對於參謀軍務總署包括軍機的各總署都進行了批評，認為他們沒有履行好朝廷所賦予的職責，在朱載坖的嚴厲督促之下，俞諮皋和李如松督促軍機和參謀軍務總署重新進行戰略、戰役的籌劃，向朱載坖對於西域戰局的謀劃。
對於軍機新拿出來的戰略戰役籌劃，朱載坖認為勉強有那麼個意思了，首先就是規定了軍的控制範圍，北到阿爾泰山、額爾齊斯河，西到爾喀什湖，控制這個範圍的領土，是軍主要的作戰目的，同時就是軍各個戰役集團的編設。
參謀軍務總署重新規劃之後向朱載坖上疏，鑑於西域地域廣大，同時地形複雜多變，所以將西域分為南北兩路，以天山為界，北路有襄國公、徵西大將軍李梁統帥，主要負責的是對於衛拉特四部的打擊經略，南路以鎮西大將軍戚金為統帥，主要負責攻滅葉爾羌汗國，同時在西域南部建立起大明的統治，而針對廣大的西域，朝廷要組建四個戰役兵團，作為軍在西域征戰的主力。
首先就是北路戰役兵團，由李梁指揮，主要是軍的騎兵主力，其戰略和戰役目的是威懾衛拉特部，控制西域北路，同時從天山以北對葉爾羌等西域南路的勢力施加戰略力。
其次是西域中路戰役兵團，是朝廷在西域部署的戰略機力量和戰略預備隊，主要部署在臺、河等地，由朝廷在臺、河等地的衛所和鎮協軍所組，直接西域總督指揮，負責守衛從地到西域的道路，還有通天山南北的道路等。
而在西域南路，朝廷要配置兩個戰役兵團，由戚金和董一元指揮，南路的兩個兵團，第一個是由董一元所指揮的南路偏師，該兵團的主要任務就是控制西域南路的庫車、和田、音郭楞等地，同時為朝廷日後經略烏斯藏做準備，第二個就是由戚金所指揮的西域南路主力兵團，主要是為了徹底消滅葉爾羌汗國，同時控制爾喀什湖以東、以南的領土，重點控制喀什、阿克蘇以及更遠的阿拉木圖等地，是大明部署在西域邊疆的一支戰役級別的兵團。
四個兵團各司其職，各有任務，同時也互相配合，按照參謀軍務總署所制定的方案，現在主要是打好河之戰，應當命令南路兩個兵團加快腳程，馳援河，同時北路兵團要給葉爾羌施加力，迫其回援，而南路兩個兵團則是大明向西域所揮出的兩個拳頭。
按照李如松的計劃，從哈出發之後，兩個兵團先西進馳援河，而後董一元兵團直接南下，經托克遜、博湖取道庫爾勒直取和田，而戚金兵團則是經天山一路向西，直取喀什打通西域南北路的通要道，消滅葉爾羌汗國，控制整個西域南路。
對於參謀軍務總署的這個籌劃，朱載坖還是比較認可的，起碼有了一點戰役指揮的樣子了，對於的戰指揮，則是有各兵團統帥臨機決定，同時西域總督也要協調各兵團之間的相互配合，保障各兵團的後勤給養。
除了參謀軍務總署之外，軍需後勤總署也向朝廷提了完備的後勤方案，涵蓋了整個西域的道路營建，兵站配置，給養運輸和牲畜的調撥等事項，軍需後勤總署認為，為了維持朝廷大軍在西域的征戰，今年必須保證向西域轉運糧秣三百萬石，還有相應的豆料、馬草、軍、彈藥等資，要員陝甘和西域三十九個衛所和近十萬的民夫，幫助朝廷轉運資。
軍需後勤總署認為，隨著西域屯墾的增加和戰事的平息，預計每年減糧秣轉運四十到五十萬石，等到伊犁河谷等地的軍屯有了收穫之後，朝廷的轉運力就會小多了，同時可以送西域調撥糧食接濟陝甘等地。
朱載坖這次批准了參謀軍務總署和軍需後勤總署的相關計劃，要求他們督促西域各兵團和兵站都司等部隊執行朝廷的計劃，同時就參謀軍務總署等的計劃有不同意之，可以直接以疏的形式向朱載坖反映，朱載坖下詔命令西域各兵團要忠實執行參謀軍務總署的籌劃，各部和衷共濟，務求必克。
這次參謀軍務總署的計劃，取消了所有的戰籌劃，將戰謀劃的權力完全下放給了各兵團的參謀司，由各兵團統帥負責的戰執行，參謀軍務總署只在戰役層面上規定了各兵團的任務和各兵團協同作戰的相關事項，這點朱載坖還是很滿意的，參謀軍務總署必須首先明確自己的作用，才能夠領導各兵團、各鎮的參謀司運作，將戰指揮和戰役指揮分開，也是加強朝廷對於軍控制的重要手段。
各兵團之間有相互的防區，同時即便是統帥，其決策也要到參謀司的制約，參謀司可以直接向參謀軍務總署彙報相關況，並且向統帥提出建議，一旦發現有異形，參謀司可以立即向參謀軍務總署奏報，同時知會駐各兵團的錦親軍和憲兵都司校尉，同時各兵團的統帥仍舊是軍事主，獨立行使指揮權，參謀司也要在其領導之下運作。
在朝廷的命令下達後，西域的戰事也愈演愈烈了，大明和衛拉特四部的談判進展仍舊不大，這使得朱載坖失去了耐心，明確指令襄國公李梁加大對於衛拉特部打擊力度，同時從伊犁河谷威脅阿克蘇，增加朝廷對於葉爾羌的力，而在河，率先和葉爾羌主力接戰的是河前衛的軍。
在軍從夏爾堡撤守之後，就一直在加強阿拉口的防，以應對葉爾羌人的進攻，葉爾羌人穿越百里的阿拉用了兩天時間，主要是軍埋設的地雷和鐵蒺藜等遲滯了葉爾羌軍隊的腳步。
