“首先，兵部和武將們所說的安全問題應該是最不用擔心的，大明如今外敵盡去，軍威威震四海，哪個敵對勢力敢對大明手？
雖然不是大明的最中心，但卻是大明的國都所在，裡裡外外的防有多層，敵人大部隊來的了嗎？小隊伍滲進來又有什麼用，送死嗎？
如果真有大戰起，朝廷直接一道令下來，關閉中途幾道閘門，河道立刻就能恢復如初了。
朝廷可以做幾項對策，一是劃定專屬航道與留區。
全線劃分主行船道，船隻必須沿固定路線行駛，嚴靠近城牆、哨樓、烽墩沿岸停泊、靠岸；
城牆外側預留五丈空地作為巡防通道，常年暢通。
外護城河的寬度基本在三十米左右，部分達到了四五十米，如此算下來一半的通航足夠了。
二是增設水上巡檢系，在河道銜接閘口、彎道、碼頭三關鍵節點，增設巡河哨船，每段水域派駐固定兵卒，日夜分班巡邏；
船隻實行船牌制度，登記船主、船員、貨、起止地，無牌一律扣查。
三是分時通航，錯峰避讓軍機，嚴格執行日間通航、日落封河，夜間河道徹底清船；
遇軍、火警、皇家儀仗、船通行，商船就地靠邊停航避讓，違者重罰。
四是在玉淵潭分割槽管控，湖面劃分為泊船區、行洪區、警戒區，泊船區遠離西山山口、軍營要道，不遮擋陸路哨卡視野。
其次，工部和河道員擔心堤岸損毀、洩洪阻、閘口擁堵等問題，
一是提前加固改造堤岸，優先對南、西護城河薄弱段、轉彎堤岸做磚石包砌、加高培厚；
靠近玉淵潭的支渠拓寬加深，提升通航與行洪能力，工程由工部專款、就近徵調民夫分期完工，不倉促通航。
二是汛期臨時管制，每年雨季、山洪高發期，暫停商船通行，清空河道保障洩洪；
平日據水位排程閘壩，水庫統一控水，維持水深穩定，避免浪濤衝擊堤腳。
三是最佳化閘口通行規則，沿用現有三五艘編隊依次過閘制度，設立候船區，杜絕搶閘、扎堆擁堵；安排閘口專人排程，船、防汛船有優先通行權。
四是定期養護專款專項，從新增商稅中劃出一部分，設立河道養護銀，專門用於堤岸、閘壩修繕，不佔用國庫常規開支。
其三，史、順天府擔心的是流民聚集、鬥毆走私、垃圾汙水汙染水、佔陸路通等民生問題。
一是定點裝卸，止沿岸停堆，僅在玉淵潭及兩指定碼頭停靠卸貨，全程不靠城、不堵道；
貨上岸後即刻轉運，不得在岸邊長時間堆放。
二是出臺河道衛生令，明文止船隻向河道傾倒垃圾、汙水、廢料，巡河兵與五城兵馬司聯合稽查，只要發現，輕則扣貨罰銀，重則抄沒家產，甚至直接死，
再加上有將舉報的政令，就看看有幾個脖子這麼的？
同時，安排專人定期打撈河面雜，保持河面的乾淨。
三是屬地聯治理治安，碼頭周邊由順天府、五城兵馬司共管，劃定治安片區，嚴查盜、鬥毆、私販違品；
外來船工、腳伕統一登記造冊，流人員可控。
