吉修發現這個空間似乎是由黑袍人的魔力支撐，他找到規律後告訴大家攻擊特定方位或許能打破空間。於是晶碼戰士們齊心合力，朝那幾個方位發起猛攻。
隨著一陣強閃爍，空間破裂，他們回到現實。黑袍人驚愕之際，晶碼戰士們乘勢而上。亞奇召喚出比亞勇士神給予致命一擊，黑袍人癱倒在地。晶碼戰士們最終徹底碎了這邪惡勢力，地球重歸安寧，他們為永遠的英雄。
晶碼戰士們為英雄後，過上了一段平靜的日子。然而一天夜裡，亞奇突然從夢中驚醒，他夢到一種全新的黑暗力量正在宇宙深滋生。第二天，亞奇將此事告知夥伴們，眾人決定前往太空探索一番。他們乘坐特製飛船離開地球，進浩瀚宇宙。
不久後，他們發現一顆散發著詭異氣息的星球。剛登陸星球，就遭遇一群外形似蝙蝠的外星魔襲擊。這些魔不僅速度極快，還能發干擾電波影響晶碼戰士們的通訊裝置。
龍炎嘗試用火焰獅的火焰攻擊，卻發現火焰在這裡威力大打折扣。亞奇冷靜思考後，讓吉修利用玄的能力構建防護屏障抵干擾電波。柯則指揮仙多拉神釋放強擾魔視線。
接著，亞奇找準時機，帶領夥伴們衝破魔防線，向著黑暗力量的源頭進發。他們深知，新的戰鬥才剛剛開始，而保護宇宙和平將是他們接下來的使命。
晶碼戰士們不斷深這顆星球。沿途，他們看到許多被黑暗力量侵蝕的奇特生，那些生眼中著瘋狂，不停地向他們發攻擊。
走著走著，眼前出現一座巨大的黑暗城堡。城堡周圍環繞著黑的閃電，時不時劈向周邊的地面。亞奇說：“那裡面肯定藏著黑暗力量的核心。”眾人小心翼翼地靠近城堡大門。
突然，大門自開啟，裡面傳出一個威嚴的聲音：“你們以為能輕易阻止我嗎？”接著，一個巨大的暗影惡魔緩緩浮現。這惡魔型龐大，渾長滿尖刺。
晶碼戰士們迅速擺開戰鬥姿勢。龍炎大喊：“管你多強，我們都會戰勝你！”戰鬥發，惡魔的攻擊極為猛烈，晶碼戰士們漸漸有些招架不住。但他們互相鼓勵，絕不放棄。關鍵時刻，亞奇發現惡魔每次發大招時腹部會短暫閃現紅，那定是弱點所在。他大喊提醒夥伴，眾人集中力量朝著惡魔腹部攻擊。經過艱苦戰，惡魔轟然倒下，黑暗氣息也隨之消散。晶碼戰士們鬆了口氣，他們知道，這一次又功守護了和平。
晶碼戰士們正返回地球，突然天空降下一道奇異的罩將他們困住。一個神秘的聲音響起：“你們以為打敗了暗影惡魔就萬事大吉了？這一切不過是我設下的局，只為引出你們這些自命不凡的傢伙。”亞奇警惕地環顧四周，“你究竟是誰？” “我乃黑暗星雲之主，你們破壞了我的諸多計劃，今天便是你們的死期。”話落，無數小型暗影蜂擁而出。
這些暗影不同於以往，它們竟能組合各種形態，一時之間，晶碼戰士們應對得頗為吃力。柯焦急地說：“這樣下去不行，得想個新辦法。”吉修沉思片刻，“我們試著把晶碼機連線在一起，共能量。”眾人聽後立即執行。
當晶碼機連線，一道超強的七彩芒綻放開來，這芒所到之，暗影紛紛消散。黑暗星雲之主見勢不妙，親自出手。亞奇喊道：“大家別怕，我們連黑暗城堡都闖過來了，還怕他不！”眾人鬥志昂揚，迎著黑暗星雲之主衝了上去，在激烈的鋒過後，晶碼戰士們憑藉著頑強的意志與的合作，最終擊敗了黑暗星雲之主，罩消失，他們順利返回地球。
晶碼戰士們回到地球后，到了人們更加熱烈的歡迎與崇敬。但他們並未因此懈怠，而是時刻保持警惕。
一天，亞奇在研究晶碼機資料時，發現了一異常能量波，這波似乎來自於地心深。他趕忙召集其他夥伴。眾人商議後決定前往地心探查。
到達地心後，他們發現這裡竟然存在著一個古老的封印，封印之下約出黑暗氣息。正當他們疑時，一個古老的聲音響起：“年輕的戰士們，這是萬年前被封印於此的混沌魔，如今封印鬆，若它出世，地球將面臨滅頂之災。”
晶碼戰士們相視一眼，堅定地點頭。他們圍繞著封印，各自施展晶碼機的力量加固封印。然而，混沌魔察覺到有人阻礙它出世，開始猛烈衝擊封印。晶碼戰士們咬牙關，拼盡全力維持封印。就在封印快要撐不住的時候，地球上的人們應到危機，紛紛將自己的希之力傳遞過來。晶碼戰士們藉助這力量，功加固了封印，再次守護了地球和平。
時流轉，晶碼戰士們繼續守護著地球的和平。一日，亞奇在海邊巡邏時，發現海平面上湧起一神秘的黑旋渦。他急呼同伴前來。眾人趕到後，龍炎皺眉道：“這看起來像是某種新的黑暗力量口。”
不等他們細究，旋渦中出幾道黑影，竟是長著魚鰭的類人生，手持三叉戟形狀的武。柯驚呼：“又是新敵人！”這些生二話不說就發攻擊，晶碼戰士們匆忙應戰。
吉修一邊躲避攻擊一邊分析：“它們好像海水影響，力量有所增幅。”亞奇想到對策，讓玄吸水再噴出去，製造區域陸地環境以削弱敵人。
眾人按照計劃行事，果然敵人攻勢減弱。晶碼戰士們抓住機會反擊，亞奇帶領比亞勇士神衝鋒在前，其他戰士配合默契。在一陣激戰之後，他們功擊退了這些海中怪敵，又一次化解了地球的危機，而後帶著堅毅的神繼續守這片土地。
過了一段時間，城市中出現了一系列離奇事件。夜晚的街道上，燈會莫名閃爍，電也時常失控。亞奇敏銳地察覺到這可能又是黑暗力量作祟。警馬戰士們開始在城市各排查。
在一個廢棄倉庫中，他們發現了一個散發著幽黑芒的裝置。正當他們接近時，裝置突然啟，釋放出強烈的電流。龍炎急忙召喚火焰獅抵擋，火焰與電流織。亞奇發現裝置上有一個類似晶碼鎖的結構，他推測關閉這個裝置就能終止象。
柯和吉修負責吸引裝置的攻擊注意力，亞奇則趁機制服裝置旁邊的小怪，然後破解晶碼鎖。經過張的作，晶碼鎖被解開，裝置停止執行，城市也恢復正常。
然而，亞奇知道黑暗力量不會善罷甘休。他們必須持續提升自己的實力，隨時準備迎接下一次挑戰，保衛地球永遠的和平。
