經歷了本部攻防戰事件後，NERV日本本部損毀嚴重，原總司令碇源堂、技開發部負責人赤木律子被認定KIA。
NERV日本本部解散，【NERV JAN】立。
葛城里接過指揮權擔任司令代理，並在三年後正式晉升為總司令。
伊吹耶擔任技開發部技局一課負責人。
除第一適格者綾波麗以外，又有三名綾波麗克隆被投使用，擔任以量產機殘骸改裝而的零號機試製II式改的駕駛員。
以及，名為‘星殼’加爾卡的牙買加男加NERV JAN為編外戰力·終極泛用人型決戰兵‘巨神裝’（GIGANTIC XD）駕駛員。
三年間，星殼與主角方關係日益融洽，為同生共死的戰友和摯友。被星殼所救的二號機駕駛員明日香更是傾心於星殼。
在經歷了一系列事件後，初號機逐漸覺醒進化，一步一步為最終號機。
但如何取代原駕駛員碇真嗣得到EVA最終號機的所有權這件事，星殼沒有對任何人講起。
他只是說自己運用驚世智慧和無上勇氣打了主角方，最終拿到了這件神級命。
但巫毒在接星殼不久後就知道，僅憑星殼自己絕對做不到降服神級命。
腦子不好使、概念力也不夠強，甚至連人格鏡面開發都不完整，這樣的星殼怎麼有資格降服命尤其是神級命？
他必然請了外援。
是瑞克？還是其他支柱？亦或是……
就在巫毒思緒飛轉時，旁浮現出一朵旋轉的火花，星殼聲音從中傳出：
“巫毒，如果你不想死，就給我拼盡全力戰鬥吧。
我要在這個冠位戰爭世界將海瑟和末劫龍全部解決掉！
而你，只要你全力協助我，我和瑞克就不會再計較你之前的小心思，還會幫你修復命。”
聽到這裡，巫毒知道自己沒有其他選擇。
逃跑的話不但命會直接損毀，自己還極有可能被螺旋除名甚至追殺。
一想到會被那些恐怖的傢伙不死不休地追擊，本該掌管‘恐懼’的巫毒頓時陷恐懼之中。
“請下令吧，.星殼。我也是螺旋的一員，肯定會竭盡全力協助你。”
聽到巫毒的表忠心，位於衝擊中心的那尊巨神面部裝甲微微扭曲，似乎出微妙笑容。
既然已經用出了EVA最終號機，那麼星殼就絕不會允許末劫龍和海瑟這兩個螺旋大敵從眼前逃離。
尤其是海瑟……我不知道你是如何將瑪拉和水銀蛇的概念奪取並灌注到這兩個傢伙上的，但你必須要為你的所作所為付出的代價！
嗡！巨大的十字斑以EVA最終號機為中心轟然炸開，這道十字哪怕在宇宙中也能清晰看見。
只見十字斑以極快頻率閃數下並旋轉90度，接著狂暴的束炮從最終號機雙眼位置轟出來！
大地瞬間迸裂蒸發，連同天空乃至大氣都在這一瞬間被束炮燃燒殆盡。
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