直到後來皇甫嵩接替董卓，沿用盧植此前制定的策略，才最終平定了冀州的黃巾之。
而盧植雖因讒言蒙冤，但他在平定黃巾之中展現出的軍事智慧與剛正品格，卻贏得了朝野上下的廣泛讚譽，也讓世人看到了“儒將”的真正風采——既有文人的風骨，又有武將的謀略。
盧植被召回後，幸得朝中大臣皇甫嵩、王允等人的力保，才免於死罪，改判“減死罪一等”，貶為庶民。
但他並未因此心灰意冷，而是回到家鄉涿郡，繼續以講學為生，等待為國效力的時機。
西元189年，漢靈帝駕崩，帝劉辯即位，外戚何進輔政，東漢朝廷的政治鬥爭再次升級。
何進為剷除宦勢力，暗中召董卓率軍進京。
盧植得知此事後，立即從涿郡趕赴，當面勸諫何進：“董卓為人殘暴，野心，若召其進京，必為禍之源，不如早日打消此念。”
然而，何進剛愎自用，不聽盧植的勸告，堅持召董卓京。
不久後，何進被宦殺害，董卓趁機率軍進，控制了朝政，開始了“廢立皇帝、屠戮百姓”的獨裁統治。
董卓掌權後，為鞏固自己的地位，決定廢黜帝劉辯，改立陳留王劉協（即漢獻帝）。
他在朝堂上召集文武百，宣佈自己的決定，滿朝文武皆因畏懼董卓的權勢而不敢反對，唯有盧植而出，厲聲說道：“昔太甲既立不明，伊尹放之桐宮；昌邑王嗣位，無度，霍廢之。今上富於春秋，行未有失，非前事之比也。”
盧植的話，既引用儒家經典中的“伊尹放太甲”“霍廢昌邑王”典故，說明廢立皇帝需有正當理由，又直接指出帝並無過錯，董卓的行為不合禮法，堪稱“冒天下之大不韙”。
董卓見盧植竟敢當眾反對自己，然大怒，當即下令將盧植死。
幸得侍中蔡邕（蔡文姬之父）與議郎彭伯求，蔡邕對董卓說：“盧尚書海大儒，人之也。今先害之，天下震怖。”
董卓雖殘暴，但也深知盧植的聲，若將其殺害，必失天下民心，於是便赦免了盧植，將其貶為庶民，勒令其離開。
盧植深知已是是非之地，若繼續停留，必遭董卓迫害。
他在被貶後，並未回到家鄉涿郡，而是選擇前往幽州（今河北北部、遼寧南部一帶）居。
當時的幽州，雖遠離的政治旋渦，但也已陷軍閥割據的混之中——公孫瓚（盧植的弟子）與袁紹正在爭奪幽州的控制權，百姓流離失所。
盧植在居期間，並未置事外，而是時常向當地員提出“安百姓、穩定秩序”的建議，力所能及地幫助流離失所的百姓，展現出儒家“達則兼濟天下，窮則獨善其”的世之道。
西元192年，董卓被王允、呂布誅殺，東漢朝廷暫時恢復了表面的穩定。
漢獻帝念及盧植的忠誠與功績，下令徵召盧植回京，任命其為尚書。
此時的盧植已年近花甲，日漸衰弱，但他仍以國事為重，毅然回到任職。
在擔任尚書期間，盧植多次向漢獻帝提出改革朝政的建議，如“整頓吏治、減輕賦稅、安流民”等，希能挽救東漢王朝的危局。
然而，此時的東漢朝廷早已名存實亡，各地軍閥擁兵自重，漢獻帝淪為傀儡，盧植的建議本無法得到實施。
西元192年年底，盧植因積勞疾，在病逝，年五十四歲。
臨終前，他留下願：“殮以時服，葬於土，勿起墳塋，勿設祭祀。”
這種簡樸的喪葬方式，既現了他一生“淡泊名利、崇尚節儉”的品格，也暗含對東漢末年奢靡腐敗之風的無聲批判。
盧植的一生，雖未如曹、劉備那般建立霸業，也未如諸葛亮那般留下“鞠躬盡瘁，死而後已”的千古絕唱，但他以“經學大師”“軍事良將”“名師典範”三重份，在東漢末年的世中留下了不可磨滅的印記，其影響貫穿整個三國時代，甚至延續至後世。
。機危的斷中臨面承傳的典經學儒，繁頻戰於由，年末漢東
。輩後給承傳想思與典經家儒將，徒授學講持堅仍，世便即年晚在還，學經研鑽深時輕年在僅不，斗泰學經的時當為作植盧
。解見到獨的學經對其出看可仍，中用引的料史等》志國三《》書漢後《從但，傳失已雖》注記禮《作著學經其，釋註行進》記禮《對，）書史方漢東（》記漢《撰編與參曾他
。源資想思的要重了供提展發的學儒世後為，”用致經通“調強又，守堅的典經統傳對重注既，究研學經的植盧
。響影遠深了生產層階夫大車程計時當對仍，念理的”用致世經“”修兼道儒“的導倡所植盧但，擊衝所有學儒對雖學玄的期時晉魏
。子弟位兩瓚孫公與備劉了出養培他於過莫，的道稱人為最植盧
。響影的想思”政仁“植盧深卻，髓的學經得習全完未雖，間期習學下門植盧在備劉
。分可不導教的植盧與都為行些這，稅賦輕減，”犯無毫秋民與“，後州益主在；姓百棄拋願不，”江渡民攜“，時退撤當在他——本之立為”德仁“以終始，中程過業創在備劉，來後
。柱支神心核的權政漢蜀立建備劉是，想思”政仁“的植盧，說以可
。量力事軍的要重方北年末漢東為，功戰立屢時奴匈抵疆邊方北在其使，格”義尚“的養下門植盧在年早他但，疑多暴殘得變爭鬥力權因期後在雖瓚孫公而
。件條了造創方北一統來後曹為也，局格閥軍的方北了變改僅不，”戰之京易“”戰之橋界“的紹袁與瓚孫公
。角要重的”者造塑才人“了演扮中其在疑無，師老的們他為作植盧而，連相局格國三與運命的人兩，閥軍要重的方北為位一，帝皇國開的漢蜀為位一，子弟位兩的植盧
。擇抉難艱的”生求協妥“與”義道守堅“著臨面層階夫大士，中世的年末漢東在
。念信與則原的己自棄放未從都他，混的世、敗腐的廷朝是還，脅威的卓董、陷誣的宦對面是論無，想理的”下天平、國治、家齊、修“家儒守堅終始，生一的植盧
。”格品“的夫大士了現，日度樸簡、利名泊淡他；”當擔“的夫大士了現，叛平兵領、命危臨他；”骨風“的夫大士了現，諫進言直於敢、阿不正剛他
。樣榜了立樹夫大車程計世後為也，人的代時同了響影僅不，神的植盧
。合契度高格品的”志其改不而謫貶遭屢“植盧與也，”志之拔不忍堅有當人士“調強中》論侯留《在軾蘇家學文代宋；承相脈一神的”道守世“植盧與念信種這，念信定堅的一統家國對了達表，”侵相莫盜寇山西，改不終廷朝極北“：道寫中》樓登《在甫杜人詩代唐
