孫策聞言，冷笑一聲：“妖言眾！今日我便斬了你，看天能奈我何！”
隨後命人將於吉綁於鬧市中的木樁之上，準備行刑。
關於于吉臨刑時的景，不同史料的記載差異極大，也為這段歷史增添了幾分傳奇彩。
據東晉幹寶《搜神記》卷一記載，于吉臨刑時，“天忽大風，雲氣晦冥，白日如夜，江水湧溢，岸上百姓皆哭拜，呼‘仙人’不止”。
劊子手見此異象，嚇得雙手發抖，刀都掉在了地上，竟無人敢舉刀行刑。
孫策怒不可遏，親自奪過侍衛手中的環首刀，大步走到于吉面前，厲聲喝道：“妖休得放肆！”
隨後手起刀落，將於吉斬首。
然而，更離奇的事還在後面——于吉死後，其竟在一夜之間消失不見，僅留下木樁上的繩索與幾滴跡。
次日清晨，有百姓在城外的穹窿山中發現一株新栽的松樹，其樹幹拔，枝葉舒展，形態竟與于吉生前形相似；更奇的是，松針上凝結的珠，滴在傷口上能止痛，飲之能緩解咳嗽，百姓皆言此乃“于吉仙化所”，紛紛前往山中祭拜，甚至有士兵從軍營溜出，為松樹繫上紅繩，祈求平安。
而《三國志·吳書》注引《江表傳》的記載則更為平實，僅稱于吉“被殺，將士哀惜之”，並未提及大風、消失等異象；西晉陳壽所著《三國志》正文，更是僅用“策嘗於郡城門樓上，集會諸將賓客，吉乃盛服杖小函，漆畫之，名為仙人鏵，趨度門下。
諸將賓客三分之二下樓迎拜之，掌賓者呵不能止。
策即令收之。
諸事華、陳端並從容向策陳乞，策曰：‘昔南張津為州刺史，舍前聖典訓，廢漢家法律，嘗著絳帕頭，鼓琴燒香，讀邪俗道書，雲以助化，卒為南夷所殺。此甚無益，諸君但未悟耳。今此子已在鬼籙，勿復費紙筆也。’即催斬之，懸首於市”。
這種差異，實則反映了時人對於吉的兩種態度：統治者（如孫策）視其為“妖妄眾者”，除之而後快，故在方記載中淡化其“神”；而百姓與部分士人則視其為“救苦救難的仙人”，不願接其死亡的事實，故在民間記載中新增“仙化”節，以寄託哀思。
事實上，于吉的“神”並非源於其真有超自然能力，而是源於世中百姓對“安寧”“健康”的迫切。
東漢末年，江東雖遠離中原戰火，卻因水網佈、氣候溼，疾疫頻發——建安初年，吳郡曾發大規模痢疾，“死者十之三四”，而當時的醫有限，醫生多以“湯藥灌之”，效果甚微。
于吉的符水或許並無實效，但他的出現，為苦難中的百姓提供了神寄託：百姓飲下符水，便覺得“仙人已護佑我”，這種心理暗示在一定程度上能緩解焦慮，甚至增強的抵抗力；而於吉所傳授的調息口訣、位按之法，雖非“仙”，卻是他多年遊歷總結的民間醫，對緩解病痛確有幫助。
可以說，于吉的“仙名”，是百姓在苦難中“造”出來的——他們需要一個“仙人”來承載希，而於吉恰好為了這個載。
于吉死後，孫策的命運也印證了其臨終前的“不祥之言”。
建安五年五月，孫策在丹徒山中狩獵時，因追逐一隻鹿而與侍衛走散，途中遭遇許貢的門客（許貢曾為吳郡太守，因反對孫策被斬，其門客為其報仇）。
雙方發生搏鬥，孫策被箭中面頰，負重傷。
回到軍營後，孫策的傷勢日漸惡化，臨終前，他恍惚間見一白髮老者立於床前，著素佈道袍，手持藜杖，正是于吉的模樣。
孫策驚呼一聲，吐而亡，年僅二十六歲。
此事雖為巧合，卻被百姓解讀為“于吉索命”，更讓于吉的“仙人”形象深人心。
此後，江東百姓對於吉的祭拜從未斷絕，即便在孫權建立吳國後，也未明令止——據《吳書》記載，孫權的皇后潘淑曾私下供奉于吉畫像，祈求子嗣，而孫權得知後，也僅是“默然不語”，並未加罪。
于吉之死，並未終結其“傳奇”，反而讓其形象在民間不斷被神化，甚至逐漸融道教系，為越千年的“民間神只”。
西晉時期，葛洪在《抱朴子·篇》中，將於吉與左慈、葛玄並列為“漢末三大方士”，稱其“得太平之道，能通鬼神，濟萬民，雖死而神不滅”。
葛洪認為，于吉所傳的《太平青領書》，雖部分容“略顯陋”，但核心思想（如“關百姓、反對暴政”）與道教“無為而治”的理念相通，故將其納道教經典系。
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