自此，火星為了帝國的一部分，雙頭鷹旗幟已經展開，
偉大的遠征即將開始。
就像古泰拉傳說中的眾神一樣，原橫掃銀河系的戰場，他們的力量被證明是不可抗拒的。
然而，原儘管表現出所有的優越和看似永生，但仍然是人類，而且他們擁有太多自人類誕生以來一直困擾著人類的相同人類缺陷。
帝皇創造出的軍團原中最寵的戰帥荷魯斯被混沌邪神們。
並說服一半的兄弟背叛了帝皇。兩位巨人的爭鬥撼了帝國的基，迫使昔日的親友針鋒相對，這場反被稱為“荷魯斯叛”。
懷言者嘉是九大軍團叛變的罪魁禍首，嘉在攻城略地中還不忘傳播崇拜帝皇為神的信仰，這使得第十七軍團進度緩慢，帝皇命令極限戰士轟炸掉完之城！並讓嘉和第十七軍團在廢墟中下跪懺悔！
極限戰士和懷言者從此結下仇了，混沌派先知卡爾菲羅導嘉（帝皇不讓嘉信奉自己為神，嘉偏要信奉，你不讓我信奉你，那我就信奉其他人），嘉和懷言者最終改信混沌四神。
叛的第七年
在戰的最後一戰中，荷魯斯由於忠誠派援軍即將趕來主邀請與聖天使的原聖吉列斯和帝皇決戰。在泰拉圍攻期間的最後對抗達到頂峰時，在荷魯斯自己的旗艦，榮耀級戰列艦 復仇之魂號上，帝皇與戰帥發生了衝突。
帝皇不願對他最心的兒子使用他全部的靈能，直到荷魯斯將帝皇致殘並殺死聖吉列斯，帝皇才最終釋放出他難以想象的全部靈能。
荷魯斯在進攻地球皇宮時與帝皇展開了決鬥，最終他落敗亡，但是帝皇也負重傷。
他最終打倒了戰帥，甚至連戰帥的靈魂都從亞空間中除了，這樣毀滅的力量使四神無法將他們的傀儡恢復。
大部分剩餘的叛徒軍團在荷魯斯戰敗後逃了恐懼之眼，他們的原將他們的靈魂出賣給了混沌，為了惡魔王子在恐懼之眼的腐化領域中統治著一個小小的混沌帝國。
荷魯斯叛對帝國造了無可估量的傷害。帝皇被搬黃金寶座的靜滯場，如此方能維持一線生機。他的神僅夠維持著星炬，無法再親自統治整個帝國。儘管叛軍撤了名為“恐懼之眼”（Eye of Terror）的亞空間裂中，但帝國仍然花費了數百年才平息了叛逆的餘波。仍保持著忠誠的軍團被分割諸多小規模的“戰團“以防重蹈覆轍。
帝國海軍誕生於荷魯斯之後對帝國軍事力量的重新分拆，原本的帝國軍被分拆為帝國海軍和帝國衛隊，後者也就是日後有帝皇的貨幣譽的星界軍。此舉和拆分阿斯塔特軍團的初衷相近，都是避免將一支龐大的軍事力量置於數人的控制下。
儘管大部分歷史只強調了大叛後軍事改革對帝國星際戰士造的影響以及分裂，但由於荷魯斯之中倒向戰帥一方的人幾乎存在於任何一個大型組織或派系，因此在叛結束後，幾乎每個相應組織都遭到了更嚴厲的約束或拆分作為懲罰。
機械神教被改組為機械修會，此舉引發的震在萬機神的信徒中甚至超過了大叛本，作為補償，機械修會被給予了帝皇昇天後，帝國理論上的最高統治機構，高領主議會的固定席位。
在大叛中“表現出”的賽博尼提卡軍團，機械神教中專司戰鬥機人與自化作戰的組織，則被施加了尤其嚴厲的約束，止他們越過深紅協定的雷池。
泰坦軍團和騎士家族到的公開限制較，這是因為失去了星際戰士的軍團制度，他們很難再進行亞空間機和戰場投放（大遠征期間這些工作都是星際戰士的運兵船完的），刺客庭和機械神教同樣向這些家族中派出了眼線。
帝國軍所遭的拆分是最為和審慎的，帝國軍中的虛空戰力，包括艦隊，戰鬥機群，有亞空間機能力的運兵船和炮艇（據舊設定，海航的部分重型戰鬥機是配備有導航員和亞空間引擎的）都被歸帝國海軍重新編組。
編組後的一支艦隊，一般也不會多於四十條艦船，其中主力艦一般不超過二十艘。
而剩餘的，不備長距離實宇宙機能力和亞空間機能力的凡人軍團則被進一步分拆，類似現代的各個軍種，超重灌甲團主要裝備帝皇毒刃或者影刃這樣的超重型坦克。
但不會擁有大量步兵和遠端火炮，同樣，步兵團和炮兵團只擁有有限的裝甲力量，同時，星界軍使用的大部分戰鬥機只備大氣層機的能力，只有數能進宇宙（。
拆分的結果是，任何單獨戰艦或帝國衛隊團的叛變，都不足以對帝國構無法理的威脅，同時由於其自持能力有限，有補給和報優勢的帝國可以將之迅速擊潰。
這一方面確實和荷魯斯之極大削弱了帝國的國力並導致帝國原本比較理想的領導人，人類帝皇無法再直接領導帝國，但實際上叛造的戰爭意志打擊和質損失。
主要是資損失，，科技損失是無法衡量也無法彌補的。
帝國不再擁有建造巨型戰艦，例如帝皇級戰列艦或者榮王級戰列艦，乃至“超榮王”級,很大程度上是相關技的丟失和資源的分散化，尤其是深淵狂怒級建後，前火星鑄造總監科博-哈爾令摧毀了建造這些鉅艦的木星極點軌道塢，這使得機械神教幾乎永久失去了建造此類超大規模戰艦的能力。
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