阿笠博士的宅邸，氣氛異常凝重。變小後的工藤新一，費盡九牛二虎之力，憑藉著只有兩人才知道的年糗事、秘發明和共同經歷，終於讓目瞪口呆的阿笠博士相信了這個看似天方夜譚的事實——眼前這個眼鏡後藏著聰慧眼神的小男孩，就是他那個才華橫溢的高中生偵探鄰居。
“所、所以……你真的就是新一？！”阿笠博士看著穿著不合裝（臨時從附近便利店買的）的工藤新一，仍然覺得難以置信。
“如假包換，博士。”柯南——工藤新一此刻不得不接的新份——推了推臉上用來稍作掩飾的黑框眼鏡，聲音稚卻帶著悉的無奈和嚴肅，“是那個組織，他們餵我吃下了一種神秘的毒藥，沒想到竟然導致了退化。”
就在他們初步商量好對策，決定暫時瞞真相，並由阿笠博士作為“遠方親戚”代為照顧這個“孩子”時，門鈴急促地響了起來。
“新一！新一你在裡面嗎？博士！”門外傳來小蘭焦急的聲音。因為久久聯絡不上新一，擔心他是不是在熱帶樂園分開後遇到了什麼麻煩，一路找到了關係親近的阿笠博士家。
柯南（新一）的心猛地一跳，博士也瞬間慌了神。
“快！躲起來！”阿笠博士手忙腳。
“不行，來不及了！”柯南低聲音，“博士，按我們剛才說的做！”
門開啟，小蘭擔憂的臉龐出現在門口：“博士，請問新一他……”
“啊，小蘭啊……”阿笠博士努力讓自己看起來自然，“新一他剛才打電話來了，說突然接到一個非常棘手的案子，需要急出國調查一段時間，可能很久都聯絡不上。”
“什麼？出國？怎麼會這麼突然？”小蘭愣住了，臉上寫滿了失落和不解，“他都沒跟我說一聲……”
就在這時，注意到了博士後那個怯生生探出頭來的小男孩。小男孩戴著大眼鏡，模樣十分可，正好奇地著。
“博士，這位是？”
“啊，這個孩子啊，”阿笠博士連忙按照商量好的劇本說道，“他江戶川柯南，是我一個遠房親戚的孩子，因為家裡出了些事，暫時要寄住在我這裡一段時間。”
“柯南？你好呀。”小蘭天生對小孩子有著溫的親和力，蹲下，對著柯南笑了笑，暫時忘卻了新一不告而別的煩惱。
看著小蘭近在咫尺的、充滿關切的臉龐，柯南（新一）的心臟像是被什麼東西攥了。他必須撒謊，必須瞞，不能讓捲危險之中。他努力出一個符合年齡的、天真無邪的笑容：“姐姐好。”
“真是個可的孩子呢。”小蘭了他的頭。
阿笠博士看著這一幕，眼珠一轉，計上心頭，開始了他的“神助攻”：“哎呀，說起來真是頭疼啊。小蘭，你知道的，我這個人心大意，又老是埋頭搞發明，實在不怎麼會照顧小孩子。你爸爸是偵探，你家又是開偵探事務所的，環境應該比我這七八糟的實驗室好多了。能不能……暫時讓柯南寄住在你家啊？利偵探那邊我會去說的，也會支付足夠的生活費！”
“誒？住到我家？”小蘭有些驚訝，但看著眼前這個“父母不在邊”、“看起來有點害”的孩子，母和同心頓時氾濫，“可是……爸爸他……”
“拜託了，小蘭！就暫時一段時間！”阿笠博士雙手合十懇求道。
小蘭看了看博士，又看了看正用那雙大眼睛（努力裝出）期待眼神看著自己的柯南，終於心了：“好吧……如果爸爸同意的話。我會照顧好他的。”
就這樣，在阿笠博士的巧妙安排和柯南（新一）的預設下，他以“江戶川柯南”的份，順理章地住進了利偵探事務所，住進了小蘭的家。
一切似乎暫時安頓了下來。每天都能看到小蘭，以另一種份守護在邊，這原本應該是……值得慶幸的事？柯南（新一）常常這樣告訴自己。
邊的人，園子、老師、同學，甚至利小五郎，幾乎所有人都認為小蘭喜歡新一，而新一對小蘭也確實與眾不同，保護、在意，甚至會因為而吃醋。就連工藤新一自己，在變小之前，也一直以為自己喜歡的、未來會在一起的人，就是小蘭。那份青梅竹馬的，深厚、自然，彷彿早已融生命。
然而，每當夜深人靜，或者案件間隙短暫的沉思時，他的腦海裡總會不由自主地閃過另一張臉。
星奈靈夕。
月下清冷絕的容，琉璃般通又銳利的灰眸，面對命案時異乎尋常的冷靜與察力，以及……在他最脆弱、最顛覆的時刻，毫不猶豫地帶他離開危險，並遵守了他近乎荒謬的請求。
想起，他的心跳總會掉一拍，泛起一種與小蘭在一起時不同的、更加複雜和悸的覺。那覺讓他心驚，甚至有些慌。
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