建武三年（西元27年）
正月甲子日，馮異被任命為徵西大將軍。鄧禹之前領了任務卻一直沒打勝仗，心裡特別愧疚，就多次帶著著肚子計程車兵去攻打赤眉軍，可每次都失敗。後來，他帶著車騎將軍鄧弘等人從黃河北岸跑到湖縣，拉著馮異一起去打赤眉軍。馮異勸說道：“我和赤眉軍對峙幾十天了，雖然抓了他們不猛將，但剩下的人還很多，得用恩德和誠信慢慢招降，靠打很難一下子取勝。皇上已經讓其他將領在澠池守著，截斷他們東邊的退路，我從西邊進攻，這樣東西夾擊，肯定能贏！”但鄧禹和鄧弘不聽，鄧弘直接就和赤眉軍打了起來，這場仗從早打到晚。赤眉軍假裝戰敗，扔下一堆輜重逃跑，那些車上其實裝滿了土，只在上面撒了點豆子，鄧弘計程車兵得不行，都爭搶著去搶豆子。這時赤眉軍突然殺了個回馬槍，鄧弘的軍隊一下子就了套。馮異和鄧禹趕合兵去救，才把赤眉軍暫時打退。馮異看士兵們又又累，想先休整一下，可鄧禹不同意，非要接著打，結果這次敗得更慘，死傷了三千多人，鄧禹最後只帶著二十四名騎兵逃到了宜。馮異也只能扔了馬，徒步逃到回溪阪，和幾個部下回到營地，收攏逃散計程車兵，加固營壘死守。
辛巳日，劉秀在修建了四親廟，用來祭祀父親南頓君，以及往上到春陵節侯等四代祖先。
壬午日，劉秀宣佈大赦天下。
閏月乙巳日，鄧禹自覺沒臉再當大司徒，上了大司徒印綬和梁侯印綬，劉秀把梁侯印綬還給他，讓他做了右將軍。馮異和赤眉軍約好時間決戰，他想了個巧妙的辦法，讓手下的壯士換上和赤眉軍一樣的服，埋伏在路邊。第二天，赤眉軍派一萬人去攻打馮異的先頭部隊，馮異只派了量兵力去救援。赤眉軍一看對方人，覺得好欺負，就全軍出攻打馮異，馮異這時才下令全軍出擊，雙方打得昏天黑地。到了傍晚，赤眉軍漸漸沒了力氣，馮異埋伏計程車兵突然衝出來，因為穿著一樣的服，赤眉軍一下子就了陣腳，分不清誰是誰，嚇得四逃竄。馮異乘勝追擊，在崤底把赤眉軍打得大敗，收降了男八萬人。劉秀得知後，下詔書誇獎馮異說：“雖然一開始在回溪阪吃了敗仗，但最終在澠池大獲全勝，這就是人們說的在這邊失敗，在那邊功，等回去一定好好給你論功行賞！”
赤眉軍剩下的人一路向東，逃到了宜。甲辰日，劉秀親自帶著大軍，擺開陣勢等著他們。赤眉軍突然看到這麼多軍隊，嚇得不知所措，趕派劉恭去跟劉秀說：“劉盆子帶著百萬大軍向陛下投降，您打算怎麼置我們？”劉秀說：“饒你們不死。”丙午日，劉盆子和丞相徐宣等三十多人著膀子來投降，還獻上了傳國玉璽和印綬。他們堆積在宜城西的兵和鎧甲，堆得跟熊耳山一樣高。當時赤眉軍還有十多萬人，劉秀吩咐各縣的廚房給他們做飯吃。第二天早上，劉秀在水邊大張旗鼓地展示兵力，讓劉盆子他們君臣站在一旁觀看。劉秀問樊崇等人：“後悔投降嗎？我現在放你們回營地，整兵再戰，一決勝負，不想強迫你們屈服。”徐宣等人趕磕頭說：“我們從長安東都門出來的時候，就商量好了要歸順陛下。老百姓只願意果，很難在一開始就理解謀劃，所以之前沒告訴大家。今天能投降，就像離虎口回到媽媽邊，高興還來不及，怎麼會後悔！”劉秀誇他們說：“你們算是矮子裡面拔將軍，還不錯的。”戊申日，劉秀從宜回到，安排樊崇等人帶著老婆孩子住在，還給了他們田地和房子。不過後來樊崇、逢安又造反，被劉秀殺了；楊音、徐宣則在家鄉平平安安地去世了。劉秀覺得劉盆子可憐，就讓他做了趙王的郎中，劉盆子後來眼睛瞎了，劉秀又把滎負責資運輸的地賜給他，讓他這輩子都能靠田租生活。劉恭為了給更始帝報仇，殺了謝祿，然後自己跑到監獄裡自首，劉秀沒殺他，把他赦免了。
二月，劉永封董憲為海西王。他聽說伏隆到了劇縣，也趕派使者去封張步為齊王。張步一心想當王，猶豫著不知道該接誰的冊封。伏隆勸他說：“當年高祖和天下人約定，不是劉家的人不能封王，你現在要是歸順，最多也就封個十萬戶侯。”張步想把伏隆留下來，一起守著青州和徐州，伏隆堅決不同意，非要回去向劉秀覆命，張步一怒之下就把他扣了，接了劉永的冊封。伏隆派人給劉秀送信說：“我出使沒辦好差事，被叛賊抓住了。但就算險境，我也不會變心。而且當地的吏百姓都知道張步造反，心裡並不支援他，希陛下趕出兵，別惦記我！我要是能活著回朝廷，就算被治罪死，也心甘願；要是死在叛賊手裡，就只能麻煩陛下照顧我的父母兄弟了。祝陛下和皇后、太子永遠統治天下！”劉秀收到信後，把伏隆的父親伏湛來，流著淚給他看信，後悔地說：“真不該急著讓他回來，沒答應張步的條件！”後來張步還是把伏隆殺了。因為劉秀北邊要心漁的彭寵，南邊要對付梁地和楚地的劉永，沒時間管張步，所以張步趁機獨佔了齊地，擁有十二個郡。
劉秀去了懷縣。吳漢帶著耿弇、蓋延在軹縣西邊攻打青犢軍，把他們打得落花流水，青犢軍只好投降。三月壬寅日，劉秀任命司直伏湛為大司徒。
涿郡太守張造反了，自稱天上大將軍，還和彭寵聯合起來。朱浮見劉秀一直不出兵打彭寵，就上奏請求支援。劉秀回覆說：“去年赤眉軍在長安那麼囂張，我就料到他們沒糧食肯定會往東跑，結果果然如此。現在這些叛賊也蹦躂不了多久，他們部早晚會有人自相殘殺。只是現在軍需資不夠，得等麥子收了再說！”後來朱浮守的城裡糧食吃完了，甚至出現了人吃人的慘劇，幸好耿況派騎兵來救他，他才逃了出來，薊城也因此投降了彭寵。彭寵自稱燕王，攻佔了右北平、上谷好幾個縣，還賄賂匈奴，借兵壯大自己，又和南邊的張步以及富平、獲索等賊寇勾結在一起。
劉秀親自帶兵去征討鄧奉，到了堵，鄧奉逃回到淯，董欣一看形勢不妙，就投降了。夏天四月，劉秀追到小長安，和鄧奉打了一仗，把鄧奉打得大敗。鄧奉著膀子，過朱祜向劉秀請降。劉秀念在他以前立過功，而且這事也是因為吳漢搶掠他家鄉才引發的，就想饒了他。但岑彭、耿弇勸說道：“鄧奉忘恩負義造反，讓軍隊在外征戰了一年多，陛下親自來了，他還不投降，直到打輸了才服。要是不殺了他，以後怎麼震懾那些想造反的人！”於是劉秀只好殺了鄧奉，還恢復了朱祜的職位。
延岑打敗赤眉軍後，就開始自己任命員，想佔據關中。當時關中的各路賊寇還很多，延岑佔著藍田，王歆佔著下邽，芳丹佔著新，蔣震佔著霸陵，張邯佔著長安，公孫守佔著長陵，楊周佔著谷口，呂鮪佔著陳倉，角閎佔著汧，駱延佔著盩厔，任良佔著鄠，汝章佔著槐裡，他們都自稱將軍，手裡兵力多的有一萬多人，的也有幾千人，還經常互相攻打。馮異一邊打仗一邊前進，把軍隊駐紮在上林苑。延岑帶著張邯、任良來攻打馮異，馮異反擊，把他們打得大敗，那些原來依附延岑的勢力也都跑來投降，延岑沒辦法，只好從武關逃到南。當時老百姓都快死了，一斤黃金只能換五升豆子，道路也不通，糧草運不過來，馮異計程車兵只能靠野果充飢。劉秀下詔讓南的趙匡當右扶風，帶兵去幫馮異，還送了不綢和糧食。馮異的兵力和糧草漸漸充足起來，就開始收拾那些不聽號令的豪強，獎勵那些投降有功的人，把各個營寨的首領都送到京城，遣散他們的手下回家種地，從此在關中樹立起了威。只有呂鮪、張邯、蔣震派人向蜀地的公孫述投降了，其他的都被馮異平定了。
吳漢帶著驃騎大將軍杜茂等七位將軍，把蘇茂圍困在廣樂，周建召集了十多萬人來救蘇茂。吳漢迎戰時吃了敗仗，還從馬上摔下來傷了膝蓋，只好退回營地，周建他們趁機進了城。將領們對吳漢說：“大敵當前，您卻傷躺著，大家心裡都慌得很！”吳漢一聽，立馬振作起來，包紮好傷口，殺牛犒勞士兵，鼓勵大家，士兵們計程車氣一下子就高漲起來。第二天，蘇茂、周建出兵包圍吳漢，吳漢力反擊，把他們打得大敗，蘇茂只好逃回湖陵。睢的人造反，開啟城門迎接劉永，蓋延帶著將領們去圍攻睢；吳漢留下杜茂、陳俊守廣樂，自己帶兵去幫蓋延一起圍攻睢。
劉秀從小長安帶兵返回，命令岑彭率領傅俊、臧宮、劉宏等三萬多人向南攻打秦。五月己酉日，劉秀回到皇宮。
乙卯日是這個月的最後一天，出現了日食。
六月壬戌日，劉秀宣佈大赦天下。
延岑攻打南，佔領了好幾座城池。建威大將軍耿弇在穰縣和他戰，把延岑打得大敗。延岑只帶著幾個騎兵逃到東，投奔了秦，秦還把兒嫁給了他。建義大將軍朱祜率領祭遵等人在東和延岑戰，再次擊敗了他，延岑又逃回秦那裡。朱祜於是南下，和岑彭等人的軍隊會合。延岑的護軍鄧仲況帶兵佔據縣，劉歆和孫龔給他出謀劃策。前侍中、扶風人蘇竟寫信勸說他們，鄧仲況和孫龔就投降了。蘇竟立了功卻從不炫耀，後來居起來，一心追求自己的理想，最後在家中壽終正寢。秦在鄧縣抵抗岑彭，這年秋天七月，岑彭打敗了他，接著把秦圍困在黎丘。岑彭還另外派積弩將軍傅俊帶兵攻打江東地區，很快就平定了揚州。
蓋延圍攻睢長達一百天，劉永、蘇茂、周建趁機突圍，打算逃到酇縣。蓋延在後面追不捨，劉永的部將慶吾殺了劉永，帶著他的首級投降。蘇茂、周建逃到垂惠，一起擁立劉永的兒子劉紆為梁王。佼強則逃到西防堅守。這年冬天十月壬申日，劉秀前往春陵，祭祀祖先的陵園和宗廟。
耿弇找了個合適的時機，向劉秀表示，自己想北上召集上谷郡還沒徵調的兵力，先在漁平定彭寵，再到涿郡收拾張，然後回頭消滅富平、獲索的賊寇，最後向東攻打張步，平定齊地。劉秀覺得他想法很有氣魄，就同意了。
十一月乙未日，劉秀從春陵返回。
這一年，李憲稱帝，設定了各種職，佔據九座城池，手下有十多萬人馬。
劉秀對太中大夫來歙說：“現在西州還沒歸附，公孫述在蜀地稱帝，那裡路途遙遠，將領們正忙著對付關東的敵人，我想收服西州，卻沒有好辦法，這可怎麼辦？”來歙說：“我以前在長安見過隗囂，他剛開始起兵的時候，打著復興漢朝的旗號。我希能奉您的命令去見他，向他表明您的誠意，他肯定會乖乖歸降。只要隗囂歸降，公孫述就了孤立無援之勢，消滅他就不在話下了！”劉秀覺得可行，就派來歙出使隗囂那裡。隗囂之前幫劉秀立過功，又接了鄧禹給他的職和爵位，他的親信大多勸他和劉秀建立聯絡，於是隗囂派人給劉秀上書。劉秀用特殊的禮節回覆他，信裡直接稱呼他的字，用對待地位相等國家的禮儀對待他，對他的安非常優厚。
建武四年（西元28年）
正月甲申日，劉秀再次大赦天下。
二月壬子日，劉秀前往懷縣；壬申日，回到。
延岑又來侵犯順，劉秀派鄧禹帶兵打敗了他，延岑逃往漢中。公孫述任命延岑為大司馬，封他為汝寧王。
田戎聽說秦被打敗，心裡害怕，打算投降劉秀。他妻子的哥哥辛臣，把彭寵、張步、董憲、公孫述等人佔據的地盤畫圖給田戎看，說：“那邊控制的地盤也就掌大，不如先按兵不，看看形勢再說。”田戎卻說：“秦那麼強大，都被岑彭圍住了，我決定投降！”於是他留下辛臣守夷陵，自己帶兵沿著長江，逆著沔水，到了黎丘。沒想到辛臣在他走後，了他的珍寶，從小路搶先向岑彭投降，還寫信勸田戎：“你也趕投降吧，別再堅持原來的想法了！”田戎懷疑辛臣出賣自己，甚至用烤魚骨占卜該不該投降，結果魚骨裂開，他就又反悔了，跑去和秦聯合。岑彭發兵攻打，田戎戰敗，逃回夷陵。
這年夏天四月丁巳日，劉秀前往鄴城；己巳日，到達臨平，派吳漢、陳俊、王梁在臨平打敗了五校軍。鬲縣有五大家族一起趕走了縣長，佔據縣城造反。將領們都爭著要去攻打，吳漢卻說：“鬲縣人造反，是縣長的過錯。誰敢貿然進兵，就斬首！”他發公文給郡裡，讓郡裡逮捕縣長，又派人去鬲縣安。城裡的五大家族非常高興，馬上就一起投降了。將領們這才佩服地說：“不打仗就能拿下城池，真不是一般人能做到的！”
五月，劉秀到元氏縣，辛巳日，又到盧奴縣，打算親自去征討彭寵。伏湛勸阻說：“現在兗、豫、青、冀這些中原地區，賊寇還到竄，還沒完全平定。漁在邊境，又荒涼又貧困，何必急著先去打那裡呢？陛下捨棄近的敵人，去攻打遠方的；放棄容易的，去挑戰困難的，我實在不理解！”劉秀聽了，就取消計劃回來了。
。走退好只寵彭，爺王個兩奴匈了殺斬，兵奴匈襲突舒耿子兒派況耿。們他打攻來想兵奴匈結勾寵彭，鄉在紮駐喜劉，鄉良在紮駐遵祭時當。秀劉奉侍到國耿弟弟的弇耿派趕，後說聽況耿”？來回想還，的慮顧可、疑懷可麼什有，著顯勞功，力效家國為家全們你“：說覆回秀劉。回求請就，軍進獨單敢不，慮顧些有裡心，城京在不都弟兄己自且而，功過立起一前以寵彭和況耿親父為因弇耿。寵彭打攻去弇耿讓詔下又秀劉”！了的憾可啥沒也了死我“：嘆長天仰，了騙被己自道知才張，破砸頭石把子錘拿人的邊旁。”璽玉有裡頭石的上膊胳我“著喊還他，時頭砍要後抓被。了反造就，真為以信張。”璽玉有裡頭石“說，上膊胳他在系頭石塊一著包子袋彩五用還，帝皇當能他說他騙士道個有，方歡喜張，來原。了捉活他把，張攻猛，到趕先遵祭。張伐討郡涿到喜劉軍將騎驍、遵祭軍將虜徵、弇耿軍將大威建、祜朱軍將大義建派秀劉
。宮皇到回秀劉，日亥辛月六
。休賁了殺，陵蘭下攻機趁憲董而。來下不攻然果，縣郯了到人等延蓋”？呢開解能還麼怎圍包的陵蘭，備防了有經已人敵，來出了跑陵蘭從們你在現。意不其出要是就，縣郯去先們你讓我“：說們他備責秀劉。縣郯打攻去著接，跑逃圍突趕，了怕害人等延蓋。通不洩水得圍城陵蘭把隊軍批大出憲董，天二第。城了進圍之陵蘭了除解就們他延蓋，撤後敗戰裝假憲董。陵蘭救去先就，急危況邊那休賁得覺人等延蓋”。了解就然自圍包的陵蘭，縣郯打攻去接直們你“：說令下秀劉。陵蘭援救去求請，地楚在正萌龐人山、軍將狄平和延蓋。陵蘭圍包來趕縣郯從自親，後說聽憲董。秀劉降投城陵蘭出獻休賁將部的憲董。惠垂在困圍建周、紆劉把霸王尉都騎、武馬軍將虜捕派，縣譙到秀劉，日亥丁月七天秋年這
。縣舒在困圍憲李把，月九。憲李打攻，力兵的郡個四安六、江九、楊丹、稽會調徵，軍將位三等隆劉人南、軍將虜誅領率，馬人南、軍將武揚派，春壽到秀劉，日午戊月八
。行施議建，令法和策政的好代前明奏條分，獻文的留殘集收就，度制章典的去過悉霸侯，臣老的驗經有缺又，度制章典的現有沒廷朝時當。令書尚為他命任，春壽到召霸侯把秀劉。郡淮臨全保能霸侯人南河、尹大淮臨有只，大下天，年末莽王
。宮皇到回秀劉，日寅甲月十天冬年這
。往前信書著帶援馬派便囂隗”。結秀劉的邊東和心一如不們我，大自妄狂卻，蛙之底井個是就述孫公“：說囂隗對，回返辭告援馬是於”！呢才英下天住留能麼怎人的樣這，偶木個像就，式形面表重注而反，敗商共才賢和，士下賢禮樣那公周像得懂不述孫公，定未負勝下天今如“：說們他勸卻援馬，來下留想都們客賓的來帶援馬。位職的軍將大侯封援馬予授想至甚，大盛分十也面場的百請宴，敬恭度態時廟宗見拜，而車乘，道清嚴戒途沿，騎旄、旗鸞用，時行出述孫公。位座的舊了立設援馬為意特還，臣集叢大裡廟宗在，冠讓和單布都了作製援馬為門專又述孫公，後之。息休館客去先援馬讓就述孫公，後禮拜完行人兩。去進援馬請才，衛侍多眾了排安地鼓旗張大卻述孫公，到想沒可。談暢、手握切親己自和，樣一去過像會定肯述孫公，後地蜀了到己自得覺援馬，好很係關向一，鄉同是本述孫公和援馬。況的述孫公察觀去援馬派囂隗
”。之凡不其有自王帝的正真道知才，像很邦劉祖高和，度大達豁、宏恢度氣下陛到見今如，數勝不數人的王稱帝稱，盪勢局下天今如“：說援馬”。了罷客說是過不，客刺是不你“：說著笑又秀劉”！呢和隨此如竟，人或客刺是我心擔不就麼怎下陛，來而道遠今如我。去進我讓才，衛守戟持士武讓他，地蜀去前之我，好就係關小從，縣同述孫公和我。主君選挑在也子臣，子臣選挑主君僅不，下天今當“：說著接，罪謝頭叩忙趕援馬”。愧慚些有我讓真，你到見今如，旋周間之述孫公和我在你“：說，援馬接迎著笑，著坐地意隨，巾頭著戴只，下廊南的殿德宣在秀劉。中宮引門黃中由才，久很了等，時到剛援馬
。世去茂卓傅太
。城宛往前秀劉，日申丙月一十
。戎田打攻南向俊傅、彭岑派時同，丘黎困圍續繼彭岑替接人等祜朱讓秀劉是於。降投肯不卻秦，秦降勸者使派，丘黎臨親秀劉，日寅丙月二十。了完吃快也食糧，右左人千一有只力兵的下剩秦時此，人多萬九軍敵殺斬，年三達長秦打攻彭岑
。犯進北向敢不也再隊軍的地蜀以所，述孫公打攻兵出並，者使了殺斬卻囂隗，綬印的王安扶、空司大囂隗予授者使派述孫公。敗擊其將同共，來起合聯異馮和是總囂隗，兵出領將派次多述孫公，後此”。話的間離撥挑人他信輕要不，來往信書過就們我，後以今從’。牙叔鮑是的我就，母父是的我生‘：說仲管！機時好的地土封分、功立國為者智是正在現，助相意願軍將若倘。下高決一軍敵與，力兵的軍將助借能希姓百的區地輔三，中漢到打隊軍的述孫公果如！了佔攻人敵被就早咸，助幫的軍將有沒是要。戰作持堅區地輔三在力兵千幾藉憑能才，時征西異馮，助相軍將有因正，擾侵的人胡、人羌擊抗方北在，隊軍的述孫公抵方南在你軍將。重看’樂伯‘位這你蒙承次多卻，持扶強勉以難，刀的質鉛、馬的鈍駑像就我。臣稱商殷向仍，二其有下天分三王文周前從。結你和想直一，義道德品的你慕仰我“：說覆回信寫自親秀劉，況報彙秀劉向者使派並，功了立異馮助協兵派囂隗，時當。了降投都壘營多很，鮪呂了敗打又，後軍回異馮。中漢到逃都烏程、育李，敗大得打們他將，擊迎兵出異馮。區地輔三打攻備準，合會鮪呂和，倉陳守駐兵出，馬人萬幾領率烏程、育李軍將派他。章印的守太、牧州下天制刻量大，船樓的層十了造建還，草糧積囤中漢在，軍大萬十幾了集聚述孫公
。區地山泰了定平，隊軍的步張了敗打俊陳，守太山泰任擔俊陳軍將大弩強薦推秀劉向漢吳。來起合聯步張和多大傑豪的區地山泰
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