建武元年（西元25年）秋，城郊的曠野上，新朝的旗幟在風中獵獵作響。這座被劉秀選定為新都的古城，雖未經長安那般慘烈的焚燬，卻也飽經戰，城垣殘破，人心浮。定都於此，象徵著劉秀政權的重心正式南移，劍指依舊被更始政權與赤眉軍佔據的關中與中原腹地。然而，通往帝座的道路，仍需用鐵與來鋪就。
劉秀端坐於臨時改建的南宮前殿，案頭堆積的不再是河北的軍報，而是來自更廣袤戰線的訊息。他的目沉靜，卻銳利如鷹。稱帝並非終點，而是更殘酷征伐的起點。他深知，盤踞長安的更始政權雖已腐朽不堪，但百足之蟲死而不僵；而縱橫東方的百萬赤眉，更是心腹大患。他必須抓住更始與赤眉互相消耗的時機，以最快的速度，廓清中原。
“陛下，”大司徒鄧禹立於階下，神凝重，“更始鬥愈烈，張卬、廖湛等將領劫持更始東歸南，事敗後竟縱兵劫掠長安宮室，更始帝劉玄僅率數親信逃奔新（今陝西臨潼）。關中已然大！此乃天賜良機，臣請率兵西進，直取長安！”
劉秀沉片刻，卻搖了搖頭：“鄧卿勇略，朕深知之。然赤眉大軍已至華，其勢正盛，更始殘部亦非易與之輩。若卿孤軍深，恐遭夾擊。”他目轉向另一側沉穩的馮異，“公孫（馮異字），朕命你為孟津將軍，與寇恂共領魏郡、河兵，沿黃河北岸佈防，嚴防側翼，並伺機西向，經略關中。切記，穩紮穩打，勿貪速功。”
他又看向以勇悍著稱的大司馬吳漢：“吳卿，舊城殘破，且多有更始餘黨盤踞。朕命你與朱祜、賈復、岑彭等十一將軍，兵圍，務必克之，以為我新朝本！”
戰略既定，漢軍如同的戰爭機，開始高速運轉。
吳漢、朱祜等人率領大軍，將城圍得水洩不通。此時鎮守的，正是更始政權的大司馬朱鮪。朱鮪曾參與謀害劉演，與劉秀有舊怨，自知難以倖免，遂拼死抵抗。城高池深，漢軍連攻數月，竟不能下，傷亡頗重。
劉秀親臨前線，觀察城防。他深知強攻損失太大，且拖延日久，恐生變故。他想起岑彭曾為朱鮪部下校尉，或有故舊之，便派岑彭至城下勸降。
岑彭立於城下，仰頭高呼：“朱大司馬！往昔之事，各為其主，陛下寬仁，早已不計前嫌！今更始已敗，赤眉肆，天下思漢，大勢已然！公堅守孤城，無糧草，外無救兵，徒令士卒肝腦塗地，百姓再罹兵燹，豈是智者所為？何不早降，上可全宗族，下可惠黎民，更可封侯拜將，耀門楣！”
城頭之上，朱鮪沉默良久。他環顧左右，士卒面帶飢，眼神惶恐。回想更始政權長安後的種種荒唐，對比劉秀在河北的聲名，心中已然搖，但仍顧慮自命。
劉秀得知朱鮪疑慮，當即指水為誓：“夫建大事不忌小怨，鮪今若降，爵可保，況誅罰乎？河水在此，吾不食言！”（大事者不計較小恩怨，朱鮪如今若降，爵都可保全，怎會加以誅罰？此有河水為證，我絕不食言！）
誓言傳到城中，朱鮪終於下定決心。他自縛出降，垂首於劉秀馬前。劉秀親自為其解縛，好言，並即刻拜其為平狄將軍，封扶侯。朱鮪降後，守軍皆降，兵不刃，這座千年古都，終於完整地回到了漢室手中。
劉秀駐，立刻修繕宮室，確立宗廟社稷，正式以此為都。的平定，不僅獲得了重要的政治象徵和戰略基地，更向天下展示了劉秀的襟與氣度，使得更多更始政權的舊部乃至地方豪強，風歸附。
與此同時，西線戰事亦在激烈進行。鄧禹終究還是被劉秀任命為前將軍，持節西進。他避開了赤眉軍主力，自箕關河東，擊潰更始政權河東都尉，圍困安邑。更始帝劉玄派大將樊參率數萬人救援，被鄧禹設伏大破，陣斬樊參。接著，鄧禹又擊敗更始政權王匡、丹、劉均等將領組的十餘萬大軍，平定河東，隨後渡河西進，直關中。
而馮異則按照劉秀“穩紮穩打”的方略，率軍悄然西行，一路招更始政權舊部，平定地方塢堡，勢力穩步向關中滲。
就在漢軍步步之際，關中的局勢發生了決定變化。建武元年九月，赤眉軍攻長安！更始帝劉玄單騎逃走，不久被迫投降，後被赤眉軍縊殺。曾經喧囂一時的更始政權，僅僅存在了兩年多，便徹底覆滅。
然而，赤眉軍主長安，並未帶來安定。這支以流民為主的軍隊，缺乏有效的政治組織和統治經驗。他們擁立了一個十五歲的放牛娃劉盆子為帝，但各營將領自行其是，朝會之時，爭吵打鬥，混不堪。他們在長安及其周邊地區肆意劫掠，挖掘漢朝皇陵，盜取珍寶，暴行令人髮指。關中百姓，剛剛擺更始的混，又墮赤眉的暴政之中，由最初的期盼轉為深深的失和仇恨，紛紛築壘自保。
訊息傳至，劉秀喟然長嘆：“赤眉肆，民不聊生，此天亡之也。”他知道，赤眉軍雖眾，然其暴無道，失盡民心，已是強弩之末。他立刻調整戰略，敕令鄧禹：“赤眉新破長安，財富充實，鋒銳未可當也。然其無糧，必不能久！可待其自弊，勿與爭鋒。”
鄧禹卻因連戰連連，漸生驕意，未能深刻領會劉秀意圖，急於求，引兵與赤眉軍戰於橐（tuó）邑（今陝西境），反為所敗，被迫退守雲（今陝西淳化）。赤眉軍則趁勢復長安。
劉秀得知鄧禹兵敗，並未苛責，而是果斷換將。他深知，平定關中的時機已經，需要一位更沉穩、更善於的大將。他選擇了馮異。
建武二年（西元26年）春，劉秀命馮異替代鄧禹，主持西方軍事。他親自送至河南（今附近），賜以七尺寶劍，殷殷囑託：“三輔（指關中）遭王莽、更始之，又赤眉、延岑之害，元元塗炭，無所依訴。今之徵伐，非必略地屠城，要在平定安集之耳！諸將非不健鬥，然好虜掠。卿本能吏士，念自修敕，無為郡縣所苦。”（關中之民接連遭苦難，如今征伐，不在於攻城掠地，而在於平定安！其他將領並非不能打仗，但喜好搶掠。你素來能駕馭部下，你整飭軍紀，莫要讓地方百姓再苦。）
馮異昂首命，銘記於心。他率軍西進，與鄧禹部會合。鄧禹慚於失利，不聽馮異勸阻，聯合車騎將軍鄧弘，再次邀擊赤眉，結果在回溪（今陝西華境）遭到慘敗，士卒死傷逃散殆盡，鄧禹、鄧弘僅以二十四騎逃歸宜。馮異亦棄馬不行，僅與麾下數人逃回營寨。
經此大敗，馮異更加謹慎。他收攏散卒，堅壁自守，同時廣佈恩信，招關中各地豪強塢堡，逐漸站穩腳跟。他與赤眉軍約期會戰，卻提前選兵埋伏，以士卒穿戴與赤眉相同服裝混敵陣。次日會戰，赤眉軍見漢軍勢弱，全軍出擊，馮異乃縱伏兵突起，服相，赤眉不復識別，眾遂驚潰。馮異乘勢追擊，大破赤眉於崤底（今河南澠池、寧一帶），降服男八萬餘人。
赤眉殘部十餘萬人，在樊崇、徐宣等人率領下，狼狽東竄，企圖返回東方。然而，他們早已失去了基，如同無頭蒼蠅。劉秀早已料到此著，親率大軍，陳兵於宜（今河南宜），扼守要道。
當赤眉軍忽見劉秀大軍“旌旗蔽野，隊伍嚴整”，驚愕失措之餘，最後的鬥志也徹底崩潰。樊崇、徐宣等無奈，只得命劉盆子及丞相徐宣以下三十餘人袒投降，獻上所得傳國玉璽。
劉秀降，看著堆積如山的赤眉軍繳械的兵甲仗，嘆道：“爾等大為無道，所過皆夷滅老弱，溺社稷，汙井灶。然猶有三善：攻破城邑，周遍天下，本故妻婦無所改易，是一善也；立君能用宗室，是二善也；餘賊立君，迫急皆持其首降，自以為功，諸卿獨完全以付朕，是三善也。”（你們雖然暴，但還有三個優點：攻城略地遍佈天下，卻不拋棄原配妻子，此其一；立君主能選擇宗室，此其二；其他賊寇立了君主，形勢危急往往殺主投降以求功，而你們卻能完整地將君主付於我，此其三。）
他並未屠殺降卒，而是下令賜給食，遣散歸鄉。持續十年、震天下的赤眉大起義，至此徹底平定。
隨著赤眉的覆滅和更始的早亡，中原大地上的兩大割據勢力被清除。劉秀的東漢政權，為了黃河中下游無可爭議的主宰。他的目，開始投向更遙遠的地方——雄踞隴右的隗囂，稱帝蜀的公孫述，以及北方依舊盪的幽燕之地。平定中原，只是他統一天下的第一步，更加漫長而艱鉅的征程，還在前方。但此刻的劉秀，已然擁有了足夠的實力和自信，去迎接所有的挑戰。
