崇禎八年九月，
孫傳庭領兵部尚書銜，總督四川軍務，全權主持四川諸事宜。原四川巡王維章即日解任，召回京師聽候勘問。著擢倪元璐為都察院右僉都史，巡四川，總攬民政，安地方。令戶部協同漕運、驛道諸司，即刻籌措糧草輜重，火速發運四川，不得延誤。
石砫宣司（石砫縣）有秦良玉坐鎮，酉宣司（酉縣）由冉天麟、冉躍龍管轄，天全六番招討司（天全縣）則由高躋泰、楊之明等效忠朝廷——這些西南土司，尚且在大明的實際控制與影響範圍之。
然而，像烏蒙軍民府、烏撒軍民府、東川軍民府、鎮雄軍民府這些，近的分佈於雲南、貴州邊陲，遠的甚至地近緬甸、越南邊界，山高路遠，政令難通。朱由檢心裡清楚，對這些地界，朝廷能做的也唯有“羈縻”二字。
“得，”他暗自思忖，“能把眼前這幾家牢牢穩住就不錯了。”
只要這些土司首領還名義上尊奉朝廷，肯接冊封，表面上承認他這個皇帝，那在地圖上他們就還算大明的疆土。至於錢糧賦稅？朱由檢對此本不抱指——他們不鬧事，能維持邊疆大安穩，便是最好的貢獻了。
隨著孫傳庭與倪元璐率領三萬京師銳開赴四川，朱由檢並未閒置後方。他深知西南局勢盤錯節，絕非單憑大軍征剿所能徹底平息，當地土司的態度至關重要。
為此，他親筆撰寫了數封信，分別送至石砫的秦良玉、酉的冉天麟與冉躍龍、天全的高躋泰與楊之明等幾位實力雄厚且一向較為恭順的土司首領手中。
信中，他首先以皇帝的份，懇切希他們能以大局為重，協助孫傳庭大軍穩定四川局勢，並推行旨在清查田畝、均平賦稅的“丈量之法”。但接著，他話鋒一轉，作出了一個極其重要且務實的承諾：朝廷此次清丈，絕不會及諸位土司世代管轄的領地。
為明確界限，他更進一步要求各位首領：“卿等可速速表上奏，自行陳明所轄田土之至範圍，朕即依此頒旨定界，永為信諾。”
此舉可謂一舉兩得：既安了土司，免其疑慮朝廷奪其世業，從而換取他們的合作而非對抗；又以一種相對省力且尊重傳統的方式，大致理清了“改流”區域與“土司”區域的界限，為後續治理奠定了基礎。
朱由檢的算盤打得很清楚：眼下首要之務是平定叛、恢復秩序。只要這些地頭蛇願意承認朝廷權威，在關鍵問題上配合，暫時不他們的酪，無疑是代價最小、效率最高的選擇。
秦良玉、冉天麟、冉躍龍、高躋泰、楊之明等幾位土司首領在接到皇帝的親筆信後，反應雖略有差異，但最終都選擇了審慎的配合。
秦良玉的反應最為迅速和堅定。雖已年高，但忠君之心從未搖。閱信後，當即對兒子馬祥麟（雖心思多在沈雲英，但此刻亦被母親嚴厲督促）說道：“陛下聖明，既保全我等世業，又予尊重，我石柱自當效死力以報皇恩。”不僅第一時間上表，極為詳盡地列明瞭石柱宣司的管轄範圍，更主表示願派麾下悉地理民的白桿兵為孫傳庭大軍充當嚮導，並提供糧草支援。
酉的冉天麟與冉躍龍兄弟二人仔細權衡後，也認為這是眼下最好的安排。皇帝既給了臺階，又做了實質的保證，若再不識趣，恐怕下一步來的就不僅僅是丈量土地的文，而是孫傳庭的剿匪大軍了。他們很快便聯名上奏，恭敬地呈報了轄地界限，並表示願聽從孫總督調遣，協助維持地方秩序，清剿不服王化的匪類。
天全的高躋泰與楊之明則更為謹慎一些。他們反覆商議，確認信中承諾無誤後，才最終決定響應。他們的奏疏來得稍晚幾日，容也更為周詳，幾乎將每一山頭、河谷的歸屬都寫得清清楚楚，生怕日後朝廷反悔。他們在奏疏中同樣表達了恭順之意，承諾會確保轄安定，協助朝廷員。
數封奏疏陸續送達京師，朱由檢閱後，終於稍稍鬆了口氣。這一步棋，他算是走對了。至，在即將到來的川蜀風暴中，他功地為孫傳庭爭取到了這些地頭蛇的中立乃至有限的支援，而非將他們徹底推向對立面。
朱由檢此番作，絕非心來——他將原四川巡王維章革職查辦，又遣心腹重臣孫傳庭攜三萬京師屯軍銳直蜀地，這般興師眾，總不可能是為了幫那群擁兵自重、割據地方的軍頭，或是藏匿山中的匪盜，又或是那些貪贓枉法、盤剝百姓的地方們“建設麗新四川”的。
明眼人都看得清楚，皇帝陛下磨亮了刀，是要來刮骨療毒的。這三萬銳，是震懾宵小的泰山頂之勢；那隨之而來的丈量清丈之策，則是要斬斷盤錯節的地方利益鏈條。孫傳庭所至之，軍法、皇權、新政便是唯一的準則。以往那些奉違、欺上瞞下的勾當，如今怕是再也行不通了。
孫傳庭的大軍尚未抵達川境，恐慌的氣氛便已悄然蔓延。當一百餘人的流寇近夔州之際，當地員的表現可謂不堪目——川東兵備道正使周士登、夔州府通判王上儀、推劉應侯三人，為守土之責的首要員，最先想到的不是組織軍民敵，而是匆忙收拾細，準備帶著家眷逃之夭夭。
若非朱由檢此前出於全馬祥麟的心思，“順手”將沈至緒升任為夔州衛指揮使，並將其沈雲英調任為該衛千戶，偌大一個夔州府城，恐怕真就要在這幾位庸的帶頭奔逃下，被區區百餘流寇一鼓而下，淪為笑柄。
正是這看似“無心柳”的人事調，在關鍵時刻發揮了中流砥柱的作用。沈至緒臨危不懼，迅速組織起可用兵力；沈雲英更是巾幗不讓鬚眉，披甲執銳，親自率部迎戰。父二人協力，終將來犯之敵擊潰，保住了夔州城免遭塗炭。
此番夔州化險為夷，在不知的外人看來，分明是陛下深謀遠慮、知人善任的英明現——早早便將忠勇可靠的沈家父調至要害之地，一舉挫敗賊人圖謀，保全一方安寧。
一時間，“陛下聖明”、“見萬里”的讚譽之聲不絕於朝野。甚至有人由衷歎服道：“咱們陛下這用人之準、算計之深，簡直堪稱‘賽諸葛’！他臥龍先生再神機妙算，能及得上咱們陛下這真正決勝於千里之外的乾坤手段嗎？”
這般議論傳開，朱由檢在臣民心中的形象越發高深莫測起來。唯有他自己心裡清楚，這其中多有些誤打誤撞的運氣。但無論如何，這份“天賜的巧合”確實鞏固了他的威，也讓後續的川蜀大計，推行得更加名正言順。
此事當中，自然不了馬祥麟的影。他是如何“參與”的呢？——當他遠在石柱，風聞“自家沈姑娘”（雖只是他一廂願的認定）所在的夔州府被賊寇圍困，這小子頓時急紅了眼，竟連兵馬都顧不上召集，單槍匹馬便衝出大營，日夜兼程朝著夔州方向狂奔而去。
一路上，他腦海中早已演練了無數遍自己如神兵天降般殺敵陣、於萬軍之中護得沈雲英周全姿颯爽的場景，甚至連該如何瀟灑收劍、該如何關切地問候“沈姑娘驚了”的言辭都想好了。他鉚足了勁，一心要逞這個英雄，耍一回帥，好心上人瞧瞧：我馬祥麟來得多麼及時！對你又是何等上心！
奈何現實最是不解風。他人不離鞍、馬不停蹄地狂奔了兩天兩夜，待他氣吁吁、塵滿面鬢如霜地趕到夔州城下時，卻只見城門大開，百姓往來如常，唯有城頭上新添的幾箭痕和硝煙印記，默默訴說著不久前這裡確實發生過一場戰事。
。了完打就早，仗
。”退已寇賊，念掛軍將馬勞有“的離疏而套客句一英雲沈及以，量打的疑士兵城守了來換只終最，忱熱的”救里千“番這他。防城固加、場戰掃清始開士兵揮指已更，恙無然安僅不父家沈
”！西東塗糊等這你出生怎家秦我，事大國軍誤，勇之夫匹逞！？罪何當該爾，邊犯騎虜或，變有疆苗時此若！地汛離擅敢竟，私己一為！西東賬混“：罵痛頓一實實結結，前跟到子兒的來歸臉土頭灰將即當，笑好是又氣好是又，訊聞軍將老的毅剛來素位這。曉知玉良秦母其被了不免然自，柱石回傳息訊
。兵折又人夫了賠是實著，法家厲嚴頓一孃老了吃更，談笑中軍了為淪倒反，耍沒帥謂可，”舉壯“番此麟祥馬
。子大個一他給即當能不，矩規份於礙卻，話瞎說眼睜在方對知明你——此於過莫事之悶憋人令最上世這
。章本劾彈的奏上名聯人三侯應劉推、儀上王判通府州夔、登士周道備兵東川是然赫卻，邊一另而；績功下部及目數獲斬、過經守戰了列詳，實樸字字，子帖的功請士將功有為及奏詳過經城守的報呈緒至沈使揮指衛州夔是邊一：章奏的反相然截份幾樣這著擺排並便上案的檢由朱，下眼
。氣士勵以，功敘准恩下陛乞伏，後于單名列謹，績功有皆，防協姓百，勇兵，城守番此。炭塗遭免姓百，全保以得城府州夔。林山遁者餘，人二十三獲俘，級五十一百二首斬，潰擊眾賊將終，命用士將，威天下陛賴仰，戰激夜晝一經。力尤戰督，沿前臨親，銳執甲披，纓請主，英雲沈戶千臣。守城登壯青集募並兵所衛率即警聞臣，虛空備守城府時。下城直，境府州夔犯突，眾餘百五約一寇流有，日一十月九年八禎崇：奏謹緒至沈使揮指衛州夔臣
！紀綱正以，罪之上罔君欺、釁啟躁輕緒至沈懲嚴，察明下陛乞伏！誅可心其，聽聖瞞欺，良忠陷誣反，過己思反不僅不緒至沈。逃而城棄謂所其非絕，寇賊圍合期以，所衛邊周絡聯城出正時彼等臣。致所進冒功貪其因皆，測不遭險城州夔！禍大釀些險，城撲兵引，眾賊怒激致以，擊出兵率自擅，釁啟率輕，阻勸聽不，實虛察不緒至沈然，疾之疥癬小為本，邊擾寇流日近。張乖事行，戾暴，緒至沈使揮指衛州夔查竊：奏謹侯應劉推、儀上王判通府州夔、登士周道備兵東川臣
批硃
”。此欽！罪議嚴從，審會司三寺理大、院察都、部刑，京進拿鎖刻即衛錦著！等一加罪，上罔君欺，良忠陷誣，非是倒顛敢竟。悉已朕，行之遁逃城棄等爾：侯應劉、儀上王、登士周“
：旨聖獎嘉道一擬草自親又他，即隨
”。此欽！功新建再，忱忠礪砥等爾。賚賞敘議優從，單清報所緒至沈依部兵著，兵功有餘其。裡表一紵，兩十五銀賞，事衛州夔領仍，）品四正（事僉揮指為升擢著。率表為堪，戰善勇驍，傑英幗巾，英雲沈戶千。裡表二紵，兩百銀賞，）品三正（銜軍將勇昭授加著。稷社在功，民安境保，敵眾率。不危臨，勇忠，緒至沈使揮指衛州夔：曰制，帝皇運承天奉“
好設已早案香，堂正司使揮指衛州夔
”！啊賀可喜可，浩恩皇。吧旨接，事僉沈，揮指沈“：父家沈的方前最在跪向看笑含，攏合旨聖的緞綾黃明將，畢完讀誦聲朗監太旨宣
。恩謝首叩之隨也領將眾一及英雲沈的後他”！歲萬萬，歲萬，歲萬皇吾！恩隆下陛謝，緒至沈，臣“：啞沙顯略而激因音聲，旨聖的甸甸沉那過接地敬恭，舉高手雙緒至沈
”！聖負不，守職盡恪當定，任信下陛謝將末“：道說晰清，禮行地爽颯姿英也英雲沈的旁一。微的可認被著爍閃中眼，摯誠語話他”！恐惶是實……是實，賞厚此如下陛蒙竟，分本等臣乃民安境保。來遠公公勞有“：道手拱監太對，激掩難仍緒至沈，後起
”。’模楷之士將明大我乃實，眉鬚讓不幗巾‘是說，咐囑意特下陛，）英雲沈向看他（軍將沈對其尤。口絕不讚勇忠的位二對，悅大龍是可，報奏的您了看下陛。謙過必不軍將沈、揮指沈“：禮還著笑監太旨宣
”。當敢不愧英雲，譽過下陛“：道，首頷微微不也刻此，爽颯格雖英雲沈。佩敬了滿充是更目的英雲沈向看領將圍周，齣一話這
。邸府的人等侯應劉、儀上王、登士周和門衙道備兵東川撲直般狼虎如則騎緹衛錦隊一另，時同此與
。靜寧的衙了破打，聲啦嘩的鏈鐵著隨伴音聲的酷冷衛錦”！下拿，旨聖上皇奉！了發事之良忠陷誣、逃陣臨、上罔君欺等爾！）侯應劉/儀上王（登士周“
。去而拿鎖拽拖們尉校的虎似狼如被，中聲罵唾和點指的姓百在，”嚴辭正義“的時劾彈奏上和”靈機“的時跑逃備準日當了沒然全，地在癱，灰死如面人等登士周
