遼東戰線趨於穩定後，朱由檢審時度勢，開始著手對這片正於復甦中的土地進行關鍵的人事佈局，意圖將軍事上的勝利轉化為穩固的行政統治。
他首先下達了兩項重要任命：
擢升原鎮江知府閻應元為遼東知府；
調任以清廉剛直著稱的原太原知府楊廷麟為遼南知府。
這兩項任命本便極象徵意義。
儘管遼東大部分疆土，包括其傳統的政治中心瀋（盛京）仍在滿清控制之下，但朱由檢對此毫不在意。他以一種近乎於“憑空畫圖”的魄力，直接打破常規，將遼東知府的治所定於前線要塞大淩河城，而將新設的遼南知府治所設於沿海樞紐營口城。
在敵境前沿設立府衙，是一種強有力的政治姿態，明確宣告大明從未放棄對遼東的主權，且必將恢復全境。
將行政中心置於軍事要塞之，意味著未來的遼東收復工作，將是軍事開拓與民政管理同步進行，旨在將每一個收復的據點，都迅速轉化為能夠自我維繫、提供賦稅兵源的堅實基地。
選擇閻應元這等善於守城、意志堅定的幹吏，正是希他能在大淩河這座最前沿的堡壘中，建立起一套能在戰時有效運轉的行政系；而楊廷麟則需在營口這片新開拓的土地上，妥善安置流民，恢復生產，為前線提供穩固的後方。
為確保軍政大權的統一與前線策略的連貫，朱由檢再次加封袁崇煥“都督檢事”銜。這道任命清晰地表明，儘管設立了民政員，但袁崇煥依然是遼東地區集軍事、政治最高權力於一的負責人，閻應元與楊廷麟均在其實質領導之下，協同作戰，共圖恢復。
崇禎十七年。十月，
遼東督師、加授都督檢事的袁崇煥端坐主位，新任遼東知府閻應元與遼南知府楊廷麟分坐兩側。這是朱由檢欽點的遼東軍政核心的首次會面。
袁崇煥首先開口，語氣沉穩而有力，他指向後懸掛的巨幅遼東輿圖：“閻太守，楊太守，陛下將二位比作蕭何、李冰，派至這烽火前沿，其意深遠，非止於守，更在於開拓。
如今虜酋新喪，建奴鬥正酣，此乃天賜於我大明之良機。然戰機稍縱即逝，需以雷霆之勢鞏固本，方可圖謀長遠。”
他的目首先看向閻應元，這位以江戰名震天下的守城英雄：“閻太守，你這遼東知府，治所便在這大淩河城。此地乃我軍鋒鏑所向之前哨，亦是吸納遼民之門戶。
你首要之務，並非尋常錢穀刑名，而是要將城外數萬流民，以保甲連坐之法，迅速編戶齊民，甄別安頓。
丁壯充軍屯，老弱婦孺亦需組織起來，從事紡績、畜牧等業。我要此城不僅為軍事堡壘，更要一方樂土，使來歸者有所依，令觀者生嚮往。你可能做到？”
閻應元面容堅毅，毫無畏難之，拱手沉聲道：“督師放心。今有督師雄兵為恃，更無後顧之憂。編戶、屯田、安民之事，下必親力親為，於此地立下規矩。定教這大淩河城，為在建奴心腹之地的一拔不掉的刺！”
袁崇煥點頭，眼中閃過一讚賞，隨即看向楊廷麟：“楊太守，你那遼南知府，擔子同樣不輕。營口、耀州、蓋州新復之地，百廢待興，且直面海上威脅。陛下與你‘遼南’之名，意在讓你經營好這片沿海基業。你的職責，在於‘通’與‘生’二字。”
他詳細解釋道：“通，即暢通海路。需與登萊、天津乃至江南糧商、船隊建立聯絡，利用海運之便，源源不斷輸我急需之耕牛、種子、工匠，同時將遼東特產輸出，以戰養戰。”
“生，即恢復生產。遼南土地沃，當大力推行軍屯、民屯。工部送來的黑麥種，要優先在遼南試種推廣。你還要設法吸引更多遼民前來墾，陛下已許我開礦、煮鹽之權，此等利源，皆需你逐步釐清、開發，以為長久之計。”
楊廷麟素有幹才，聞言心中已有方略，肅然應命：“下明白。營口碼頭，便是遼南命脈所在。下將即刻著手釐定稅則，招徠商賈，組織屯墾。必使遼南之地，為督師穩固之後方與糧餉之倉廩，絕不負陛下與督師重託！”
袁崇煥見二人皆信心十足，面欣之。“好！自此，遼東軍事攻守，由本督一力承擔；境安民屯墾、招徠流亡、恢復生產，則仰仗二位太守！我等當同心戮力，不負聖恩。數年之後，這輿圖之上，我大明之府縣治所，能自大淩河、營口，一步步向北推進，直至復遼瀋，犁庭掃！”
遼南，
這片剛剛從烽火中復甦的土地，在南京的廟堂袞袞諸公眼中，或許只是輿圖上的一個戰略節點；但在於算計的商賈眼中，尤其是在那位深諳“搞錢”之道的皇帝朱由檢心裡，它卻是一個不折不扣、流淌著與的“寶貝”。
無他，這裡的產太過人。
那寒極品、專供權貴的紫貂皮、狐皮；那滋補聖品鹿茸、虎鞭、熊膽；更有那生長於林海雪原之間，價比黃金的遼東野山參，以及盛開於苦寒之巔、被視為起死回生神的雪蓮……每一樣運至江南、京師，乃至更遙遠的南洋，都是足以讓巨賈傾家產爭搶的通貨，是真正一本萬利的買賣。
過去，這些珍寶需假手晉商、輾轉蒙古，冒著被層層盤剝乃至人貨兩空的風險，才能零星流關。如今，局面徹底改變！
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