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兼施，暫穩外部，林牧之開始全力整頓部，恢復元氣。
他首先重賞戰功臣，厚恤陣亡將士家屬，親自為鄭知遠等重傷員療傷換藥，凝聚人心。
隨後，頒佈《戰後重整令》：
一、 組織人力，全力搶收城外未被徹底焚燬的晚作，彌補糧缺。
二、 開放部分山林、水域，允許民眾漁獵採集，以渡難關。
三、 工坊優先修復民生設施，打造農，準備春耕。
四、 以工代賑，組織民眾清理廢墟，修復房屋，以工分換取口糧。
五、 蒙學堂、匠作夜校儘快復課，選拔聰慧子弟，重點培養。
一系列措施，迅速安定了民心，恢復了生產秩序。
然而，最大的部患，依舊懸而未決——皇甫嵩。
這一日，林牧之在公議堂，公開提審皇甫嵩。堂下，軍民代表齊聚，群激憤。
皇甫嵩跪在堂下，面如死灰，對所犯罪行供認不諱：朝廷令，潛伏寒川，伺機竊或破壞，與狄人細暗通款曲，最終焚庫毀城…
罪行累累，證據確鑿！
“皇甫嵩！你枉讀聖賢書！賣友求榮，助紂為！該當何罪？！”王玄策厲聲斥責。
民眾怒吼：“殺了他！叛徒！細！”
皇甫嵩老淚縱橫，伏地不語，唯有等死。
林牧之沉默良久，緩緩開口：“皇甫先生，你學識淵博，曾助我良多。然立場搖擺，私心過重，終鑄大錯。按《新城律》，你罪該萬死。”
他話鋒一轉：“然，念你最終未釀大禍，且有獻策之功（防疫法、水泥應用等）。寒川新立，正值用人之際，殺戮過甚，非福也。”
眾人一愣。
林牧之沉聲道：“判：皇甫嵩，削去一切職銜，剝奪民牌，圈思過，非令不得出。其學識，需以工分換取食，著書立說，將功折罪。其所著之書，需經審驗，方可傳閱。若再有異，立斬不赦！”
竟是饒其一命！眾人譁然，卻無人敢質疑林牧之的決定。
皇甫嵩難以置信地抬頭，著林牧之，眼中充滿了複雜的緒，最終重重叩首，泣不聲。他明白，這是給他最後的機會，也是最大的懲罰——活著，為自己贖罪。
理完皇甫嵩，林牧之目掃視全場，聲音鏗鏘：“患已清，外敵暫退。然寒川之危，並未解除！林承宗虎視眈眈，朝廷敵意未消，狄人元氣未損！我等絕不能有毫懈怠！”
“自今日起，寒川實行‘戰時屯墾’，半兵半農，閒時耕種，戰時練！”
“工坊匠師，分作兩班，一班研製軍械，一班打造農！”
“蒙學堂增設‘軍略’、‘格’必修課！寒川下一代，需文武兼修！”
“寒川，可以戰和，可以通商，但絕不制於人！絕不容人欺辱！”
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