“仰星空”引發的宇宙觀之爭，在林牧之“擱置爭議、鼓勵研究”的睿智裁決下，暫時得以平息。然而，這僅僅是“基石計劃”和自然哲學研究院所面臨挑戰的冰山一角。當林爍等年輕學者滿懷激地投到更深層次的基礎理論研究時，他們很快發現，橫亙在面前的，不僅僅是思想觀念的壁壘，更有資源匱乏、果難顯、社會認同度低等現實而嚴峻的困境。一場源於研究院部、關乎基礎科學存續與價值的 “吶喊” ，在巨大的力下，不可避免地發了。
研究院立半年後，一個雨連綿的下午。位於格致學院僻靜一角的研究院小樓，氣氛低沉得如同窗外的天氣。實驗室裡，儀簡陋；書房，演算的草稿堆積如山，卻難以得出令人振的結論。經費審批變得異常緩慢，戶部員對“看不見不著”的理論研究總是充滿疑慮。更令人沮喪的是，外界甚至朝中部分員，開始流傳起嘲諷的言論，稱研究院是“養著一群空談玄理、耗費公帑的閒人”，遠不如工造司鑄造一門新炮或藥石司研製一味新藥來得實在。
這種無形的力，讓研究院的年輕學者們倍抑和迷茫。他們懷揣著探索真理的熱而來，卻發現自己彷彿置於孤島，辛勤的工作得不到理解，價值到質疑。
這一日，研究院數學部的幾位骨幹，圍坐在一盞昏暗的油燈下，面對著一道關於曲面幾何的難題，已經苦思冥想了數日，進展甚微。疲憊和挫折織在一起。一位名陸明遠的年輕算學博士，終於忍不住將手中的炭筆重重拍在桌上，發出了一聲沉悶的響聲。
“諸位！”陸明遠的聲音帶著一沙啞和激，“我們在此耗費心，演算這些虛無縹緲的圖形符號，究竟有何意義？外面的人說我們是‘無用書生’，甚至連戶部撥付的燈油錢都要剋扣！看看工造司的‘盤龍五號’蒸汽機，即將正式下水，萬眾矚目；藥石司的新磺胺衍生，又救治了無數邊軍傷兵。而我們呢？我們的果在哪裡？難道基礎科學，就註定是這般寂寞、清貧，不為人知嗎？”
他的話，如同投靜水中的石子，激起了眾人心中的波瀾。另一位學者也嘆氣道：“明遠兄所言極是。陳院長（陳爍）為我們爭取了這片天地，陛下也寄予厚。可……可理論突破何其艱難！往往耗費數年，可能一無所獲。長此以往，如何向朝廷代？如何面對外面的風言風語？”
悲觀和自我懷疑的緒在房間裡蔓延。就連一向堅韌的林爍，此刻也鎖眉頭，著窗外連綿的雨，沉默不語。他腦海中迴盪著周天儀等人的質疑，以及現實中遇到的種種困難。難道追求本源之理，真的錯了？
就在這時，研究院的院正陳爍，披一件半舊的袍，冒著細雨悄然走了進來。他顯然聽到了剛才的議論，臉上沒有責備，而是帶著深切的理解和一不易察覺的疲憊。
他沒有立刻說話，而是走到桌邊，拿起陸明遠拍在桌上的炭筆，又看了看鋪滿桌面的演算草稿，目掃過每一張年輕而焦慮的臉。
“覺得委屈了？覺得前路迷茫了？”陳爍的聲音平和，卻帶著一種力量。
陸明遠低下頭：“院長，非是晚輩畏難，只是……只是覺得憋屈。我們的工作，似乎……似乎無人需要。”
陳爍輕輕放下炭筆，走到窗前，指著窗外雨幕中約可見的格致學院主樓，以及更遠工造司高聳的煙囪。“你們看，”他緩緩說道，“主樓裡的學子，在學習經史子集，明理修，那是立人之本。工造司的工匠，在鍛造利，創造財富，那是強國之。而你們，”他轉過，目灼灼地看向在場的每一位學者，“你們在做什麼？你們在探索支撐這‘本’與‘’的‘道’！是萬執行之規律！”
他走到那塊畫滿曲面幾何符號的石板前，手指重重地點在上面：“明遠，你可知，你現在演算的這看似無用的曲線方程，未來或許能幫助工造司設計出阻力更小的船，讓我寒川鉅艦航速更快！林爍追尋的星空軌跡，未來或能讓我水師在茫茫大海上定位毫不差！你們現在解不開的難題，或許正是下一代更強大機械、更準儀的鑰匙！”
陳爍的語氣激起來：“工造司的每一改進，藥石司的每一次突破，其背後，都離不開最基礎的資料測量、質特分析、數學計算！ 沒有你們夯實的基礎，應用科技便是無源之水，終將枯竭！奧倫特為何強大？不僅僅因其船堅炮利，更因其在算學、格原理上數百年的積累！我寒川若只想模仿，不想超越，終將制於人！”
他環視眾人，聲音沉痛而懇切：“我知道你們難！理論研究的冷板凳，不好坐！要耐得住寂寞，頂得住力！但你們要記住，你們今日之吶喊，非為個人榮辱，而是為寒川科技之未來發聲！是為那尚未誕生的、更偉大之應用，奠定不可搖之基石！ 這份功業，或許不顯於當下，但必將彪炳於千秋！”
陳爍的這番話，如同一暖流，注年輕學者們冰涼的心田。陸明遠抬起頭，眼中重新燃起了芒。林爍握的拳頭也緩緩鬆開，目變得堅定。
“院長，我們明白了！”林爍站起，聲音鏗鏘，“基礎科學，乃‘於無聲聽驚雷’！縱使世人今日不解，我輩亦當砥礪前行！”
“對！我們不能放棄！”其他學者也紛紛振作起來。
然而，陳爍知道，僅靠神鼓舞是遠遠不夠的。必須讓朝廷，讓陛下，聽到這“基礎科學的吶喊”，並給予實質的支援。他決定做一次冒險的進言。
數日後，在一次例行前會議上，討論完水師擴建和邊境貿易等實務後，陳爍出列，他沒有呈上任何關於新武或新產品的奏報，而是恭敬地獻上了一本裝幀樸素的冊子——《自然哲學研究院半年度研究紀要》。
王玄策接過冊子，略翻閱，裡面滿是複雜的圖形符號和推演過程，並無果展示，不微微蹙眉：“陳大人，此為何意？研究院半年所耗經費不，為何不見實效？”
陳爍深吸一口氣，坦然應對：“王相，此冊之中，確實尚無可以立刻裝備水師或藥石司的‘實效’。然，其中所載，乃是對熱力迴圈效率之數學分析、對學鏡像之原理探究、對新型合金強度之理論推算。這些工作，如同為高樓挖掘地基，為遠航繪製海圖，看似無形，實則決定著未來樓宇之高、航程之遠！”
他轉向林牧之，慷慨陳詞：“陛下！工造司鑄一炮，易；藥石司制一藥，亦易。然，造出領先一代、令敵無法仿製之炮，研製出治頑疾、活人無數之藥，則非有深厚理論基不可！此基，正由研究院之同仁，於青燈黃卷之下，嘔心瀝構築！臣懇請陛下與諸公，勿以一時之‘無用’，斷送萬世之‘大用’！ 給基礎科學以時間，給探索者以信任！”
陳爍的直言進諫，在朝堂上引起了一陣竊竊私語。有員認為其言過其實，有員則為之容。
林牧之靜靜地聽著，目落在陳爍因激而微微泛紅的臉上，又掃過那本看似“無用”的研究紀要。他想起林爍對星空的執著，想起“基石計劃”啟時的雄心，也想起奧倫特使團帶來的那份深不可測的底蘊。
良久，林牧之緩緩開口，聲音不大，卻清晰地傳遍大殿：“陳卿之言，如暮鼓晨鐘，發人深省。”
他站起，走到階前，環視群臣：“諸卿可知，昔日魯班造木鳶，飛三日而不落，其技可謂神乎？然為何其失傳？蓋因重技輕理，知其然不知其所以然也！”
“朕設立研究院，非為急功近利，乃為寒川百年計，千年計！”他的聲音陡然提高，“今日研究院所究之‘無用’之學，或許正是明日我寒川克敵制勝、福澤萬民之關鍵！傳朕旨意：”
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