就在陳玉、韋昌輝於北線廣濟大破楊霈，橫掃鄂東，兵鋒直指黃州，嚴重威脅湘軍側後之際，被困於九江城下、水師新遭重創的曾國藩，卻因長江水道被擾、驛路不暢，訊息傳遞遲滯了數日。更因對北線戰局的誤判——他原以為楊霈至能倚仗兵力優勢固守待援——使得這位湘軍統帥尚未完全意識到，一張致命的戰略包圍網正悄然收。他仍將主要力集中於對九江孤城的圍困，秦日綱部的頑強抵抗如同骨鯁在，讓他寢食難安。曾國藩迫切需要在陸上取得一次決定的突破，哪怕只是攻破一道外壘，也好稍稍挽回此前水師慘敗所丟失的面，穩定因接連挫而開始浮的軍心。
然而，他的對手林，並未打算給他任何息或挽回頹勢的機會。
就在這個關鍵時刻，來自武昌的好訊息如同及時雨，送到了林案頭。依託林此前提供的部分經過“簡化理”的現代船舶圖紙與基礎冶金、鑄造技指導，武昌造船廠在充分吸收、消化太平軍此前俘獲的湘軍戰船以及零星西方船隻技的基礎上，經過日夜趕工，功建造並下水了首批共計六艘改良型炮艦。這批被正式命名為“武昌級”的戰艦，雖然仍以蒸汽明為主要力，未能突破時代的技侷限，但其船線型更為流暢，部結構經過力學最佳化，適航與穩定顯著提升。更重要的是，它們統一採用了仿製改進的前裝線膛炮，並借鑑了現代艦炮佈局理念，優化了界與裝甲防護，使得整艦的火力投效率和生存能力均非舊式戰船可比。
這支由新銳“武昌級”為骨幹，輔以經過修復、加固並換裝部分火炮的原有大型戰船，以及那支始終神出鬼沒、屢建奇功的“海鷹”快艇部隊，共同組了一支煥然一新的太平天國西征水師主力。艦隊旌旗鮮明，蒸汽轟鳴，士氣高昂。
林深知“兵貴神速”與“乘勝追擊”之理，決意不給曾國藩任何調整部署、重整水師的機會。他立即簽署命令，這支新生艦隊由經驗富、久經戰陣的水師將領統率，自武昌啟航，浩浩，順流東下，直撲九江江面。其戰略目標明確無比：尋求與湘軍殘餘水師力量進行決戰，一舉肅清江面之敵，徹底掌握長江中游這條生命線的絕對制江權！
當太平軍新銳水師大舉東下的訊息終於傳到曾國藩耳中時，他心中雖驚雷炸響，但尚存一僥倖。他嚴令剛剛從鄱湖水網艱難、收攏了部分殘兵的彭玉麟，與李孟群率領的傷痕累累的舊部進行整合，依託九江沿岸尚未被完全摧毀的幾岸防炮臺，在九江段江面組織起一道看似堅固的水陸協同防線。曾國藩期能憑藉地利與哀兵之勢，阻擋住太平軍水師的銳利攻勢，為陸師攻城的“最後一搏”爭取時間。
決戰之日，江上晨霧初散，視野漸開。寬闊的九江江面上，兩支代表著不同陣營的水師艦隊再次相遇。一方是船堅炮利、塗裝嶄新、蒸汽黑煙滾滾沖天、士卒鬥志昂揚的太平軍新銳艦隊，他們會陣列嚴整，如同移的鋼鐵城堡；另一方則是驚魂未定、艦船遍鱗傷、帆檣不整、士氣低迷的湘軍殘餘水師，它們瑟在岸邊炮臺有限程之，陣型鬆散，勉力支撐著最後的尊嚴。
戰鬥剛一發，太平軍新式炮艦便毫無保留地展現了其碾的火力優勢。統一的指揮旗語與訊號系統，使得各艦齊節奏分明，彈著點集中而準。隆隆炮聲震徹江面，集的彈雨如同死神揮舞的鐮刀，在湘軍戰船陣列中掀起無數沖天水柱，木製船在巨大的炸聲中碎裂、解，燃起熊熊大火。湘軍水師本就艦船效能參差不齊，經前次湖口、江心慘敗後，骨幹損失嚴重，新補的兵員訓練不足，在這般猛烈而準的打擊下，防陣型迅速土崩瓦解。
與此同時，“海鷹”快艇部隊再次展現出其恐怖的戰場收割能力。它們如幽靈般從主力艦隊側翼高速竄出，利用其矮小的船和靈活的機，悍不畏死地切已陷混的湘軍船隊之中。短距發的魚雷與集的火箭、霰彈，在近距離給予了湘軍大型戰船致命一擊。一艘接一艘的湘軍戰船在炸與火中傾斜、沉沒，江面上滿是掙扎求生的落水士卒。
彭玉麟站在自己那艘已是彈痕累累的旗艦甲板上，目眥裂地著周遭如同地獄般的景象。他曾引以為傲、傾注無數心的湘軍水師，在對手這完全超越時代理解範疇的新式武與戰面前，顯得如此陳舊、笨拙和不堪一擊。岸上的湘軍陸師營壘，因北線廣濟慘敗的訊息終於無法掩蓋而軍心浮，加之九江城秦日綱部瞅準時機發的猛烈反擊，本無法對江面戰鬥給予有效的炮火支援，只能眼睜睜看著水師走向覆滅。
戰鬥呈現出一邊倒的屠殺態勢。不到兩個時辰，湘軍水師主力艦船幾乎損失殆盡，江面上漂浮著殘骸與旗幟。彭玉麟、李孟群等將領在親兵拼死護衛下，僅率數輕快舢板，狼狽不堪地衝出火網，向上遊宜昌方向潰逃，自此，湘軍再也無力與太平軍爭奪九江乃至整個長江中游的制江權。
這場毫無懸念的失敗，如同垮駱駝的最後一稻草。曾國藩在陸師大營中，幾乎同時接到了北線楊霈全軍潰敗、後路告急與水師近乎全軍覆沒的噩耗。他終於從全力攻城的執念中徹底驚醒，意識到整個西征戰場的大勢已去。九江已孤城，湘軍陸師側翼完全開，後勤糧道岌岌可危，若再遲疑不決，恐怕連麾下這支陸師主力都要被迅速回師的陳玉、韋昌輝以及九江守軍外夾擊，圍殲於九江城下！
萬般無奈，悲憤加之下，曾國藩只得仰天長嘆，又跳長江想自殺，幸好又一次被部下救上岸。
他痛心疾首地下達了全面撤圍九江，陸師主力捨棄部分重灌備，火速撤退，向西收攏潰兵、重整防線的命令。
歷時數月的九江會戰，至此以太平軍一場酣暢淋漓、意義深遠的大獲全勝而告終。林功挫敗了老對手曾國藩傾盡全力的猛烈攻勢。經此一役，湘軍水陸皆遭重創，元氣大傷，短期再也無力組織起任何有效的東進行。而太平天國的國威與軍威，則藉此大勝，攀升至一個新的高峰，震懾四方。
