8月3日，榮赫鵬佔領拉薩。達賴喇嘛的出走加之對西藏氣候的不適應，英軍不能在拉薩長駐。
榮赫鵬找到駐藏大臣有泰，並拿出已經準備好的拉薩條約草案，要他西藏代表進行談判。
清政府革去了達賴的名號，命九世班禪曲吉尼瑪（22歲）代替達賴名號，但班禪不接，使到西藏群龍無首。
英軍在拉薩大肆劫掠，搶走了許多珍貴的文和經典，但找不到和件。
9月7日，統帥英軍侵西藏的上校榮赫鵬(F.E.Younghusband)，迫西藏哲蚌、拉、噶爾丹三大寺的寺長羅生戛爾曾等人在拉薩簽訂了《拉薩條約》，代理攝政羅桑堅贊在《拉薩條約》上蓋上了達賴喇嘛的印章。
此時有泰上奏朝廷，說「達賴喇嘛兵敗潛逃，聲名狼藉」，請求褫革達賴喇嘛的封號，由班禪額爾德尼來拉薩掌理宗教事務。清政府於是下令「將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝」。
有泰同時將拉薩條約的容報告給清廷，條約公佈後廣泛引起公憤，俄國也對英國在西藏獨家牟利提出質疑。
於是大清政府決定和英國商談修改拉薩條約，賠款由清政府負責。
條約送北京，但清廷卻堅持不在該約上簽字。
大清政府派唐紹儀、張蔭棠等赴印度同英方談判，唐紹儀堅持中國對西藏的主權不容侵犯。
1905年1月，外務部右侍郎唐紹儀率參贊張蔭棠、梁士詒奉命赴印加爾各答與英印政府商議修改條約事宜。
英人派外大臣費禮夏為全權代表同中國代表談判。
唐紹儀要求刪去條約中的第九條，堅持中國對西藏擁有主權，但英人堅持只承認中國對西藏的宗主權。
當時宗主權與主權分別被譯為「上國」和「主國」，唐紹儀指出「查上國二字﹐英文系『蘇索倫梯』（Suzerainty，按今譯宗主權），譯言所管為屬國，而屬國自有治民之權，若自認為上國，則西藏等於韓、越、球、緬。
主國二字，英文系『付倫梯』（Sovereignty，按今譯主權），譯言臣民推為極尊，歸其管轄，而各事可定者也。」
雙方爭執不決，於是11月12日英方提
1906年4月，英方再次恢復和中方的談判。27日，中國代表唐紹儀與英國代表薩道義簽訂《中英續訂藏印條約》，共六款，《拉薩條約》作為附約。
條約第二款寫明「英國國家允不佔並藏境及不干涉西藏一切政治，中國國家亦允不准他外國干涉藏境及其一切政治」。
這段時期西藏政局甚為紊。張蔭棠「領副都統」銜後，由清政府指派以駐藏幫辦大臣的份進藏「查辦藏事」。
張蔭棠藏後，先向中央政府彈劾有泰以及其他相關十餘名滿漢員。
再提出治藏建設十九條及西藏地方善後問題二十四款。
11月29日，清廷下令革除有泰等人的職務。
但「新政」建設未及實現，張蔭棠便被調離西藏前去印度商定《藏印通商章程》。
1907年6月，中英雙方談判關於藏印通商章程事宜。談判前，英方堅持要有權簽字的西藏員參加會議。
儘管張蔭棠識破其「志與藏人直接，不我國干預」，「若一經承認直接涉，西藏即獨立國質」，但勢弱之下只便增派西藏噶倫汪曲結布，攜帶噶廈議事簽字全權文憑赴會。
1908年4月20日，中英雙方簽訂《中英修訂藏印通商章程》，共十五款。
中方代表張蔭棠，英方代表韋禮敦代表各自政府在條約上簽字，「西藏大吏選派嘎布倫汪曲結布為掌權之員」後「秉承張大臣訓示，隨同商議」。
由此可見咱們大清政府是如何治理西藏的。
