【清軍反撲，危機再現】
就在南明局勢逐漸好轉的時候，清軍開始了更大規模的反撲。這次，他們學乖了，不再輕視南明的實力，而是做了充分的準備。
多爾袞親自坐鎮南京，調集了十萬大軍，分三路南下：一路由阿濟格率領，從江西進攻廣東；一路由吳三桂率領，從雲南進攻廣西；還有一路由尚可喜率領，從福建進攻江西。
三路大軍齊頭並進，聲勢浩大。永曆帝和朝廷上下都到了巨大的力。
陳大人，這次清軍來勢洶洶，我們該怎麼辦？永曆帝憂心忡忡地問。
林深冷靜分析：清軍雖然人多，但也有弱點。他們長途跋涉，後勤補給困難；他們不悉地形，容易被伏擊；他們部也不是鐵板一塊，吳三桂和阿濟格素有嫌隙。
他制定了分兵狙擊，各個擊破的戰略：
李定國率主力迎擊阿濟格，利用地形優勢消耗清軍；
派一支銳部隊襲吳三桂的後勤基地；
利用格書院培養的工匠，快速修建防工事。
戰鬥打響後，南明軍隊按照計劃行。李定國在廣東境與阿濟格周旋，利用游擊戰不斷擾清軍；另一支部隊在吳三桂的後勤線上製造混，燒燬了大批糧草；各地的防工事也迅速建，有效地阻擋了清軍的推進。
然而，清軍的實力畢竟太強。阿濟格調整戰，穩紮穩打，逐漸近肇慶。吳三桂也繞過了游擊隊的襲擾，主力直撲桂林。
況不妙。李石匆匆來報，桂林告急，瞿式耜將軍請求支援。
林深知道，桂林是廣西的門戶，一旦失守，清軍就能長驅直，威脅肇慶。他必須親自率軍救援。
【桂林保衛戰，科技決勝】
林深率領三萬援軍，日夜兼程趕赴桂林。到達時，桂林城已被清軍圍困多日，城糧草告急。
陳大人，您來得太及時了！瞿式耜見到林深，激得熱淚盈眶，再有兩天，城就要破了！
林深登上城樓，觀察敵。清軍在城外搭建了營寨，架起了火炮，正在猛攻城門。
傳我將令，全將士做好準備。林深沉聲道，今夜子時，發反攻！
當晚，月黑風高。林深兵分三路：
第一路由張彪率領，攜帶大量火藥和開花彈，從側面襲擊清軍營地；
第二路由李定國的部將率領，從另一個方向佯攻，吸引清軍注意力；
林深親自率領主力，從正面向清軍發起猛攻。
戰鬥異常激烈。清軍的火炮威力巨大，南明軍隊傷亡慘重。但林深早有準備，他讓工匠們製作了簡易的防彈和頭盔，大大降低了傷亡。
放開花彈！林深下令。
一聲聲巨響，開花彈在清軍營地裡炸，火沖天，清軍大。
張彪趁機率領敢死隊，衝清軍營地，四放火。清軍人仰馬翻，哭爹喊娘。
殺啊！殺清兵！
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