詳實的海圖在手，強大的水師在訓，但張俊深知，保海疆安寧、商路通暢，是消極防、坐等敵來是遠遠不夠的。
遼闊的海面上，除了可能出現的蒙古襲擾船，更現實、更頻繁的威脅，來自那些如附骨之疽、神出鬼沒的海盜。
這些海盜分複雜，有的是沿海破產漁民、逃亡罪犯糾結而，有的是被剿滅的叛軍殘部，有的甚至與南洋某些小國貴族、部落首領有勾結，更有甚者，不排除其中混雜著蒙古或北方金國殘餘勢力派出的細，以劫掠為掩護，行偵察、破壞、走私之實。
他們悉沿海水文，訊息靈通，行狡詐。
平時散各個偏僻海島、港灣，扮作漁民或商船。
一旦發現有機可乘——比如落單的商船、防守薄弱的沿岸村落、或押運糧餉的船——便迅速聚集，駕著快船蜂擁而上，殺人越貨，然後迅速分散，消失在海天之間。
其危害，不僅在於直接的財損失和人員傷亡，更嚴重打擊了海上貿易的信心，擾了沿海社會秩序，為海防線上難以癒合的瘡疤，也為其背後可能的更大勢力提供了滋生的溫床與報來源。
不肅清海盜，則沿海不寧，商旅提心吊膽，水師亦難以集中力應對未來可能的大敵。
因此，在全力備戰、整飭水師的同時，一場針對海盜的嚴厲清剿行，在張俊的統一部署下，於萬里海疆同時展開。其方針可概括為：“水陸並進，剿兼施，除惡務盡，以儆效尤。”
首先，是報先行，知己知彼。
張俊命令三大水師基地及各沿海州府，廣泛發漁民、船民、蜑戶乃至商賈，懸賞徵集海盜活的報。
對提供準確線索，協助府抓獲或殲滅海盜者，給予重賞，並嚴格保。
同時，派出水師銳，偽裝商船或漁船，在海盜經常出沒的海域進行巡邏偵察，清其活規律、藏巢、接應據點。
水師部的“水鬼隊”也頻繁出，夜間潛近可疑島嶼，偵察地形和守備況。
過這些手段，逐漸編織起一張覆蓋主要航線和近海區域的報網，許多以往神出鬼沒的海盜團伙，其行蹤、規模、頭目、老巢，開始被府掌握。
其次，是重點清剿，水陸合圍。
在掌握了較為確切的報後，張俊不再猶豫，下令各水師，選擇幾勢力較大、為害最烈、或疑似有外部背景的海盜團伙，實施重點打擊。
行講究突然、迅猛、徹底。
例如，針對盤踞在舟山群島北部某荒島，以“混海蛟”陳三為首，擁有大小船隻二十餘艘、匪眾數百的一大海盜，明州水師心策劃了一次聯合行。
先以數艘偽裝蕃商貨船的大型戰船為餌，在“混海蛟”團伙經常劫掠的航道上航行，故意出破綻。貪婪的“混海蛟”果然中計，率主力船隻前來圍攻。
就在其接舷搶劫之際，埋伏在附近島礁後的明州水師主力艦隊突然殺出，十餘艘快船切斷其退路，數艘大型戰船以旋風炮、弩箭覆蓋攻擊。
與此同時，另一支水師陸戰隊，乘坐小型船隻，在“水鬼隊”的引導下，於海盜老巢島嶼的另一側蔽登陸，直撲其岸上營寨。
海盜船隊遭突然打擊，陣腳大，企圖逃回老巢，卻發現老巢已被端，岸上火沖天。
一場激戰，“混海蛟”陳三被當場格殺，其船隊大部被焚燬或俘獲，匪眾死傷慘重，餘者皆降。
類似的戰鬥，在福建的湄洲灣外、在廣東的上下川島附近、在瓊州海峽，接連上演。
水師不再滿足於在海上驅逐或擊潰海盜，而是力求直搗黃龍，徹底摧毀其陸上巢，繳獲其囤積的資，解救被擄掠的民眾。對於俘虜的海盜，區分首惡與脅從。
罪大惡極的頭目，公開以極刑，首級傳示各港口，以儆效尤。
