兆惠接任定邊右副將軍後，率領清軍穩步推進，首先收復了里坤、烏魯木齊等地，安了當地的準噶爾部眾，建立了穩固的後方基地。隨後，兆惠分兵兩路，一路由自己率領，向伊犁進軍；另一路由富德率領，追擊阿睦爾撒納的殘餘勢力。
乾隆二十二年（1757年）春，兆惠率領清軍抵達伊犁，此時阿睦爾撒納的叛軍早已人心渙散，許多叛軍士兵在清軍的強大攻勢下，紛紛投降。阿睦爾撒納見大勢已去，只得率領數親信，再次突圍逃竄，前往哈薩克，尋求哈薩克部族的庇護。
兆惠得知阿睦爾撒納逃竄至哈薩克後，當即派遣富德率領清軍，前往哈薩克追擊。富德率領清軍進哈薩克後，與哈薩克部族展開涉，要求其出阿睦爾撒納。哈薩克部族首領阿布賚，原本與阿睦爾撒納相互勾結，但面對清軍的強大軍事力，最終選擇歸附清廷，答應出阿睦爾撒納。
阿睦爾撒納見哈薩克部族出賣自己，被迫再次逃竄，企圖前往沙俄尋求庇護。然而，此時的阿睦爾撒納，早已眾叛親離，邊僅有數名親信，在逃竄途中，不幸染天花，病逝於沙俄境的託博爾河沿岸。隨後，沙俄將阿睦爾撒納的給清廷，以示友好。
至此，阿睦爾撒納的叛勢力被徹底肅清，清廷再次收復伊犁，平定準噶爾殘餘勢力的戰役取得了決定勝利。
五、善後安邊：鞏固統治，永絕邊患
徹底平定準噶爾殘餘勢力後，乾隆帝深知，若不採取有效的善後措施，西域地區仍可能再次發生叛，邊患難以永絕。因此，乾隆帝召集軍機大臣與西北將領，反覆商議西域的善後事宜，最終制定了一系列“鞏固統治、安邊民、加強邊防”的措施，將天山北路納中央政府的直接管轄，徹底終結了準噶爾部對西域的割據統治。
設立軍政機構，加強中央管轄
乾隆二十七年（1762年），乾隆帝下令，在伊犁設立“伊犁將軍”，作為西域地區的最高軍政長，統轄天山南北兩路的軍政事務，任命明瑞為第一任伊犁將軍。伊犁將軍的職責包括：統轄西域各地的軍隊，負責邊防防；管理西域各地的行政事務，任命地方員；安邊民，協調部族關係；徵收賦稅，籌集糧草資等。
同時，清廷在西域各地設立了一系列軍政機構，輔助伊犁將軍管理地方事務：在天山北路，設立烏魯木齊都統、塔爾哈臺參贊大臣，分別管理烏魯木齊、塔爾哈臺等地的軍政事務；在天山南路，設立喀什噶爾參贊大臣、葉爾羌辦事大臣等，管理天山南路各地的軍政事務。這些軍政機構的設立，標誌著西域地區正式納中央政府的直接管轄，為清代中國領土不可分割的一部分。
安歸附部眾，妥善安置
徹底平定準噶爾殘餘勢力後，西域地區有大量的準噶爾部降眾與流民，如何妥善安置這些部眾，為穩定西域局勢的關鍵。乾隆帝按照“恩威並施、分類安置”的原則，對歸附部眾進行了妥善安置：
一是對主歸附、有功於平叛的準噶爾部貴族，予以晉升、賞賜，任命其為地方員，管理部族事務。例如，噶勒藏多爾濟、沙克都爾曼濟等貴族，因協助清廷平叛有功，被封為汗王，繼續管理其部族；對於阿睦爾撒納的殘餘勢力，只要主投降，一律予以赦免，妥善安置，不得株連無辜。
二是將部分準噶爾部眾，遷徙至地與漠北蒙古地區，與當地牧民雜居，一方面可以分散準噶爾部的勢力，防止其再次聚集叛；另一方面可以促進各民族之間的融合，增強民族認同。例如，將數千名準噶爾部眾遷徙至蒙古、甘肅等地，發放牛羊、糧食、，幫助其恢復生產生活。
三是尊重準噶爾部的宗教信仰與風俗習慣，保留其部族組織與生活方式，不得隨意干涉。清廷在西域各地修建了大量的喇嘛廟，供準噶爾部眾祭祀祈福；同時，止清軍士兵與地商人隨意擾牧民，尊重準噶爾部的游牧習俗，確保準噶爾部眾能夠安居樂業。
加強邊防建設，防範外敵侵
西域地區幅員遼闊、邊境線漫長，與沙俄、哈薩克等國家接壤，邊防防至關重要。乾隆帝下令，加強西域的邊防建設，在邊境地區設立卡倫（哨所）、軍臺，派遣士兵常年駐守，定期巡查，防範外敵侵與叛勢力的反撲。
同時，清廷在西域各地部署了大量的軍隊，伊犁將軍統轄的軍隊共計三萬餘人，分別駐守在伊犁、烏魯木齊、塔爾哈臺、喀什噶爾等戰略要地，形了嚴的邊防防系。這些軍隊不僅負責邊防防，還承擔著維護地方治安、安邊民、鎮叛的職責，確保西域地區的安定。
此外，清廷還加強了西域與地的聯絡，完善了驛站、軍臺系，從地至西域，沿途設立了數十個驛站、軍臺，確保軍傳遞與資運輸的暢通。同時，清廷鼓勵地商人前往西域經商，促進西域與地的經濟流，推西域地區的經濟發展，增強西域與地的聯絡，鞏固中央政府對西域的統治。
發展經濟，改善民生
平定準噶爾殘餘勢力後，西域地區歷經長期戰，經濟遭到嚴重破壞，牧民生活困苦。乾隆帝下令，採取一系列措施，發展西域地區的經濟，改善邊民的生活：
一是發放糧食、、牛羊、種子、農等資，幫助牧民恢復生產生活。清廷從地調撥了大量的糧食、，發放給西域的牧民；同時，發放牛羊、種子、農，鼓勵牧民開墾荒地、發展畜牧業與農業，提高牧民的生活水平。
二是減免西域地區的賦稅，減輕牧民的負擔。乾隆帝下令，西域地區自平定之日起，免除三年賦稅，三年後再據當地的經濟發展況，制定合理的賦稅標準，不得隨意增加牧民的負擔。
三是促進商業發展，設立集市，鼓勵地商人前往西域經商。清廷在伊犁、烏魯木齊、喀什噶爾等城市，設立了集市，允許地商人與西域牧民進行貿易往來，換糧食、、牛羊、茶葉、綢等資，促進了西域地區的商業繁榮，推了西域與地的經濟流。
六、歷史影響：定疆固土，功彪史冊
平定準噶爾殘餘勢力，是乾隆朝武功的巔峰之作，也是中國古代歷史上扞衛國家統一、維護邊疆安定的重要戰役。此次戰役的勝利，徹底終結了準噶爾部對西域百餘年的割據統治，將天山北路納中央政府直接管轄，奠定了清代中國西北疆域的基礎，對中國歷史的發展產生了深遠影響，其歷史功績彪炳史冊。
扞衛國家統一，奠定西北疆域
平定準噶爾殘餘勢力後，清廷將天山北路正式納中央政府的直接管轄，隨後又逐步統一了天山南路，設立伊犁將軍，建立了完善的軍政管理系，將整個西域地區納中央政府的管轄範圍，奠定了清代中國西北疆域的基礎。此後，西域地區為中國領土不可分割的一部分，即使到了近代，儘管面臨列強的侵略與瓜分，中國政府仍始終對西域地區擁有主權，這與乾隆帝平定準噶爾殘餘勢力、鞏固西域統治的舉措不可分。
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基治統固鞏，功武世盛顯彰
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