部阻力被鐵腕肅清，金融革命穩步推進，西班牙王國的財力以驚人的速度增長。楊清很清楚，這筆巨大的財富必須轉化為實實在在的武力，才能支撐起他統一歐洲的野心。他的下一個目標，是對西班牙軍隊進行一場胎換骨的軍事改革。
此時的歐洲軍隊，主仍是依賴貴族騎士和僱傭兵，組織鬆散，戰僵化，後勤混。楊清要打造的，是一支常備、職業、國家化的新式軍團。
1. 徵兵與編制： 他廢除了過時的封建徵召制，推行基於人口比例的義務兵役制與志願兵制相結合的方式，建立穩定的兵源。軍隊編制採用標準化的“團-營-連-排”系，統一指揮，便於排程。軍選拔注重能力和戰功，而非單純看統，為平民子弟提供了上升通道，培養忠於國家（實質是忠於楊清）的職業軍團。
2. 裝備標準化與量產： 他利用初步建立的工業基礎（集中在武製造、造船和紡織），全力推武裝備的標準化和規模化生產。
· 火： 燧發槍的研發取得突破，一種結構相對簡單、可靠遠超火繩槍的“1558型燧發膛槍”開始批次裝備部隊。同時，基於楊清提供的理念，工匠們開始試驗紙製定裝彈藥（將定量火藥和彈丸用油紙包裹），極大地提高了速。炮兵方面，統一口徑的野戰炮和攻城炮系列被確定下來，依靠水力機械進行炮管鏜孔，質量和產量大幅提升。
· 被服與裝： 軍隊配發統一的軍服（採用了更耐用的布料和相對蔽的），標準化的揹包、水壺、餐等單兵裝也開始列裝，改善了士兵的野戰生存能力。
3. 訓練與戰： 楊清親自參與制定了嚴苛的訓練大綱。強調佇列紀律、火力齊和刺刀衝鋒（他改進了刺刀卡座，使其能可靠地裝在槍口而不影響擊）。步兵方陣變得更加集和靈活，炮兵與步兵的協同戰被重點演練。他還建立了專門的軍學校和士培訓系，灌輸新的戰思想和忠誠觀念。
4. 後勤與工程： 他建立了高效的總後勤部，統籌糧秣、彈藥、被裝的採購、儲存和運輸，確保大軍遠征無後顧之憂。同時，組建了專業的工兵部隊，負責架橋、修路、築城和破。
這場軍事改革並非一帆風順。舊式貴族將領對此嗤之以鼻，認為失去了騎士神的軍隊毫無榮譽可言。但楊清用一次次的演習和一場小規模的、針對北非海盜據點的實戰檢驗，證明了新式軍團的威力。
在一次模擬對抗中，一個嚴格按照新式典訓練、裝備燧發槍和刺刀的步兵營，在開闊地上輕鬆擊潰了數量相當、由經驗富的老兵組的傳統方陣。集而迅速的火力投，以及最後時刻雪亮的刺刀衝鋒，徹底摧毀了對方的抵抗意志。
實戰檢驗中，新組建的西班牙遠征軍以極小的代價，迅速攻佔並摧毀了北非海岸一個經營多年的海盜巢，其高效的登陸、步炮協同攻堅和有序撤退，令歐洲各國的軍事觀察員瞠目結舌。
“西班牙軍團……已經變得不一樣了。”一位法蘭西使者在其信中寫道，“他們計程車兵像機一樣服從命令，火力猛烈得不可思議，行如一人。這不再是我們所認識的西班牙軍隊了。”
軍事改革的功，極大地增強了楊清的信心和西班牙的軍事實力。一支規模龐大、裝備良、訓練有素、後勤保障有力的新式陸軍和一支稱霸大洋的遠洋海軍，為了他手中最鋒利的劍。
此時，歐洲的局勢風雲變幻。法蘭西瓦盧瓦王朝與哈布斯堡家族的世仇未解，英格蘭在伊麗莎白一世統治下羽翼漸，並與西班牙在海上和民地矛盾日益尖銳，德意志地區因宗教改革而分裂盪，奧斯曼土耳其帝國在東地中海和爾幹虎視眈眈。
楊清審視著這張歐洲棋盤，尋找著他霸業的第一塊踏腳石。他的目，首先投向了近在咫尺，且戰略位置極其重要的——義大利半島。那裡是西班牙與法蘭西爭奪的焦點，也是哈布斯堡帝國看似穩固，實則暗流洶湧的肋。
一場以全新戰法和國家力量為後盾的征服，即將拉開序幕。
