接到聖旨：“朝廷信任楚軍，因曾國藩忠誠勇敢出於至誠，故推心置腹，倚重其挽救東南大局。自各路軍進金陵以來，逆匪老巢已困之勢。然值此艱難時刻，確實不易速勝，多次降旨告誡，總以不求速效為要，當先立於不敗之地，靜待可乘之機。”
如今軍中疫病盛行，各軍將士在病痛纏之際，豈忍心再加苛責！曾大臣更應堅定忠誠，加倍恤將士，使軍心更加穩固，疫氣自然消退！對各營染病將士，要逐一傳達聖旨，予以優問！本應公開下旨勞，但因事關軍務機，恐引起人心惶惶，反使人有機可乘，助長賊寇囂張氣焰。
我朝施行仁政、廣佈恩澤已二百餘年，值此艱難危急之時，又遭遇疫病肆。將士接連折損，深恐軍心渙散而助長敵寇氣焰！此乃無可奈何之事，並非曾大臣一人之過！想來是朝廷政事多有缺失，以致怒天意。
我們唯有誠心祈禱，以求消除災禍！君臣應當深刻反省，盡心竭力尋求消災解難之法，為百姓請命，以期上蒼，使局勢轉危為安。天災流行，必不會只降於一方，我軍將士既遭此厄運，賊寇軍中豈能獨免於疫病？
曾大人心中鬱憤，卻未及細問詳。眼下在京城，確實沒有合適的人選可以派遣，縱觀朝野外，像曾國藩這樣才德兼備、氣度恢宏的大臣，一時也難以找到替代之人。曾大人向來學識淵博，值此時局艱難之際，更應當以堅毅之心擔起重任，時刻保持謹慎，一刻也不能鬆懈。欽此。曾公接到這道聖旨，讀罷不潸然淚下！
十七日，派遣專人上奏三份摺子：一是關於增加皖南地區科舉錄取名額的奏章，二是為徽州捐納功名計程車子請命的奏章，三是淮北鹽稅收支的報銷奏章。
二十日，蘇州太平軍派出大批部隊增援金陵，圍攻軍營地。敵軍構築二百多座營壘，日夜番進攻。曾公之弟曾國荃率軍力抵抗。
鮑超的軍隊在新河莊遭遇挫敗。太平軍進犯寧國府，鮑超率部退城中堅守。二十三日，李續宜啟程返回原籍，唐訓方到任接替其職。
二十四日，呈遞恭賀皇帝萬壽聖節的奏摺。
二十七日，急上奏陳述皖北一帶楚軍兵力薄弱，無法分兵支援。李續宜部下五位將領才能地位相當，難以統一指揮。同時奏明苗沛霖狡詐多變，難以輕易招，唯有赦免其罪過而不給予兵權，尚可算作中策。另附奏片報告金陵、寧國兩軍營正遭太平軍大舉進犯，將士深疾病困擾，防守形勢難以預料。此皆因臣德行淺薄而位居高位，無力扭轉厄運所致，心憂懼不已。又附片奏報此前調遣的黑龍江馬隊二百餘人隨軍征戰屢立戰功，但因水土不服多染疾病，應遣返原籍休養。
本月，蔣益澧率軍抵達浙江，收復壽昌縣城。
九月初一，安徽布政使馬新貽奉旨暫時統領臨淮地區的軍。
初六，寧國縣城被太平軍攻陷。
十二日，曾國藩急上奏彙報各路軍：雨花臺營壘遭太平軍大舉圍攻，此乃金陵戰局之患；寧國敵軍企圖從小路進犯江西，此乃寧國方面之憂患；小丹敵軍從東壩拖運戰船，意圖進長江切斷糧道，此乃長江水師之威脅；河南捻軍竄擾湖北，傳聞取道皖北迴援金陵，而皖北各城防守空虛，恐敵軍乘虛而，此乃皖北之危機。現正調遣各軍，從次要戰場調兵力馳援危急之，竭力挽救戰局。
只是皖北地域廣闊而兵力薄弱，現已調派提督大吉率軍從三河尖急赴英山、霍山一帶，視況佈防圍剿。仍懇請皇上降旨命多隆阿迅速東返，駐軍舒城、桐城，兼顧安徽、湖北兩省防務，如此方能保全大局！另附奏片報告寧國縣城失守後，徽州、旌德兩城首當其衝。現由唐義訓防守徽州，朱品隆防守旌德，兩地兵力均顯單薄，不知能否堅守。
另附奏片陳述江西省厘金稅收事務：數月以來，上繳數額寥寥。布政使李桓總辦糧臺兼管釐局，因管理不善，現已增派甘肅按察使劉於潯訪查商，並委任署理鹽法道孫長紱專責月度奏報，以整頓積弊。臣統領軍隊過多，拖欠軍餉日久，空負把持江西財權之名，卻無實際接濟蘇皖缺餉軍隊之實，不得不竭力尋求彌補之策。
另附奏片請求查明巢湖水師營黃國堯於咸八年在廬州府陣亡的詳細況，建議從優卹。
當時太平軍戰船突破東壩後，分散在固城湖、南漪湖等水域，企圖衝出長江。楊嶽斌（楊載福）雖患疾病仍竭力扼守金柱關。曾國藩調派數營陸軍前往增援防守。
金陵的太平軍包圍雨花臺軍營壘，日夜猛烈進攻，使用西洋開花炮從空中轟擊，喊殺聲震天地。曾國藩的弟弟曾國荃督率軍隊頑強堅守不退，面部被子彈擊中，流滿面，仍包紮傷口巡視軍營以穩定軍心。其弟曾貞幹駐軍江岸，力作戰保障糧道暢通。大營軍火資得以接濟，與敵軍相持二十餘日。初五日擊退敵軍進攻，十二日再次擊退，敵軍攻勢稍減。都興阿派兵一千八百人渡江增援防守。曾國藩憂慮湘軍在瘟疫之後又遭大敵軍進，恐戰局崩潰，日夜焦慮，連續多日寢食難安。而江西協餉屢遭拖延，更令他深憂患。
十四日，曾國藩撰寫《三字箴》。其中“清”字箴言寫道：“淡泊名利，清心寡慾。一不苟，鬼神欽服。”“慎”字箴言寫道：“如履薄冰，死而後已。行事不順，反求諸己。”“勤”字箴言寫道：“親力親為，殫竭慮。知難而進，晝夜不息。”曾國藩表示這十二句話應當終恪守，遭遇重大憂患挫折之時，或可藉此避免過失與悔恨。
十八日，水陸兩軍聯合在金桂關攻擊太平軍，大獲全勝。二十一日再次擊敗敵軍，幾乎全殲其戰船。金陵的太平軍挖掘地道，企圖用火藥炸燬軍營壘。曾國藩的弟弟曾國荃率軍力抵抗，功挫敗敵軍攻勢，並命令士兵在營挖掘隧道進行反制，使敵軍計謀未能得逞。李世忠在九洑洲進攻太平軍時，曾請求分兵增援金陵，曾國藩批覆予以制止。
二十七日，曾國藩急上奏軍摺子，彙報金陵、寧國、蕪湖、金柱關等地戰況概況，並說明對各路軍隊的排程安排與先前奏報有所出，是據各戰場形勢緩急而調整。同時上奏第十批忠義事蹟採訪結果。另附奏片稱：宿州二郎山團練首領馬維敏、喬元功等人據守山寨抵太平軍，寨破後兩千餘人殉難，請求按陣亡條例予以卹並建立祠堂表彰忠節。又上奏請求旌表績溪縣孝烈婦胡程氏。
這個月，李鴻章率軍攻克嘉定縣城。太平軍再次進犯青浦，李鴻章在四江口大敗敵軍，上海周邊防務徹底肅清。太平軍進攻鎮江，被馮子材在湯崗擊潰。
多隆阿率軍進陝西督戰。
十月初五日，曾國藩的弟弟曾國荃率軍擊敗太平軍，取得大勝，俘虜斬殺敵軍數萬人。自閏八月二十日以來，三十餘萬太平軍圍攻軍營壘，用盡各種方法猛烈進攻。曾國荃率軍苦守四十六天，終於在此戰中大獲全勝，太平軍被迫解圍逃往江北。
十一日，唐訓方啟程前往臨淮關駐防，袁甲三則卸任返回原籍。
十二日，曾國藩急上奏：水陸軍連續獲勝，功守住蕪湖、金柱關等戰略要地，敵軍戰船所剩無幾，江西境已肅清。請求對陣亡副將郭明驁按提督規格給予卹，並請卹陣亡將弁洪得勝、王明元。另奏報有銘部在潁州西路連續攻破捻軍據點，摧毀其老巢後仍回防皖豫邊境。附片奏稱圍攻金陵的敵軍已撤退，蕪湖等地防務穩固。此前奏摺中提到的四大患，如今三已緩解，目前主要擔憂寧國戰線。若能堅守一個月，待新募兵勇陸續集結，或許能有效遏制敵軍攻勢。
同日，曾國藩又上奏摺，為鮑超部連續攻克青、石埭等四座城池請功，並附上立功將士名單請求嘉獎。同時為曾國荃部接連攻克太平、蕪湖等地城隘的將士請功，也附上名單請求嘉賞。附片奏稱，請功名單中有將士在事後病故，未能及時核查剔除，既讓逝者獲得榮譽以其一生，也能激勵生者恩圖報。鮑超部駐守寧國府時，因太平軍襲擾灣沚導致糧道被斷，曾國藩遂派陸軍從繁昌、南陵改走陸路運送糧餉接濟。
。德旌援增軍瑞文王部左派調，議商棠宗左與函發藩國曾，縣德旌攻進軍平太
。竄逃北向江渡後隨，營軍忠世李洲洑九攻進舉大軍平太，日七十
。管接別分山松劉、俊開易兵總由改營湘老的領統其，病養鄉回船乘他命藩國曾。藩國曾見面慶安到營軍開離蘭運張，日八十
。走退圍撤軍平太，日九十。軍平太敗擊德旌在部等隆品朱
。務防北皖顧兼又，力勢練苗開避既，帶一州廬駐移部等衍慶蕭、銘有令時同，下南營移部學凝蔣調便，竄流北向正軍平太而，弱薄力兵北皖之加。局大壞破其心擔，釁挑意蓄霖沛苗覺察藩國曾。失過軍湘譭詆力極，王僧信致霖沛苗。軍捻滅剿助協以霖沛苗招議建奏上曾，時軍督南河在沁林格僧。害殺勇練部霖沛苗遭屢兵士軍湘的正州壽守駐
。力責職擔分，務軍助協臣大派另廷朝請懇仍此因。棄盡功前致導潰崩局戰恐，備防無毫池城座餘十北皖；大龐力兵軍敵，長過線戰州徽到陵金從；急危勢形城兩德旌、國寧；重慘亡傷兵但，退已敵援陵金然雖：明說片奏附另。卹求請單名士將名七零百二等桂倪將副亡陣報呈時同，獎嘉求請單名功立人三十七等捷連劉員道上附並，過經的圍解軍敵退擊終最、天六十四戰苦軍守陵金述陳細詳，奏上急藩國曾，日七十二
。略戰的軍捻滅剿於急沁林格僧合配也，願私練苗足滿既，帶一縣巢、州廬駐改，軍守邱霍調並，部學凝蔣出撤劃計，調可兵無於苦正北皖前目。止難突衝，斷不方雙，近過地駐勇練部霖沛苗與，關正州壽防駐軍湘：稱片奏附另藩國曾，日同
。閱檢行例的隊軍省三對緩暫求請奏上時同。隊部轄統便以，兵總為山松劉、俊開易命任式正廷朝請，鄉返病因蘭運張：稱片奏附另。獎嘉求請單名附並，功請士將的功立中戰防攻州徽在部等訓義唐、隆品朱、蘭運張為，摺奏上又藩國曾，日同
。山梁東守駐兵派又久不，山梁西防回軍派則荃國曾。城舒防移軍湘的邱霍駐調時同，縣江廬與州為無守分其派改，海上赴軍淮等慶長吳、聲樹張的募招新遣調緩暫令下即隨藩國曾。守失縣巢，日八十二。縣山含陷攻又，後州和佔攻軍平太的北江至竄流
。縣溪績陷攻軍平太的州德廣
。池城座三昌新、縣嵊、虞上復收隊軍國外合聯軍清部東江浙，月同
。使政布徽安為命任被浚忠江
