二十二日，曾國藩完《經史百家古文雜鈔》的編纂工作，並從中選四十八篇作為簡本。他寫信回家，將自家居所命名為八本堂，並列出八條本準則：讀書以字義解釋為基礎，作詩作文以聲韻格調為基礎，侍奉父母以使其歡心為基礎，養生以減惱怒為基礎，立世以不說虛妄之言為基礎，居家生活以不晚起為基礎，為以不貪錢財為基礎，行軍作戰以不擾民為基礎。
二十六日，李元度前來拜見曾國藩。曾國藩委派他負責管理宿松大營的軍務工作。
二十七日，曾國藩的弟弟曾國荃抵達軍營。曾國藩命令他率領士兵進攻安慶集賢關的太平軍據點。
左宗棠從英山前來與曾國藩會面。
這個月，太平軍攻破江南大營，清軍潰敗退守丹。張忠武公張國樑戰死，欽差大臣忠壯公和春負傷，在滸墅關去世。太平軍攻佔丹縣，進犯常州府城。兩江總督何桂清退守常，江浙地區進急戒備狀態。朝廷下詔命曾國藩傳令荊州將軍都興阿火速趕赴江北，理軍務。
四月，接到皇帝諭旨：江浙局勢危急，存亡繫於一念之間。曾國藩現駐軍安慶，若能會同楊載福率領水陸各軍，迅速從東流、建德一帶分兵進剿蕪湖，並進寧國境，以分散敵軍兵力而保全蘇州、常州，對東南大局實有重大裨益。只是安慶敵軍勢力較強，曾國藩能否放棄安慶而東進，著其審時度勢，隨機應變，儘快上奏。有人奏稱左宗棠悉軍事形勢，善於運籌帷幄，所到之皆能克敵制勝。現今敵軍猖獗，東南地區遭，請酌任用等語。是否應讓左宗棠繼續在湖南原籍協助辦理團練事務，還是調往曾國藩軍營，使其才能得以充分發揮，以收人盡其用之效，也著曾國藩酌理。欽此。
初二日，羅壯節公的靈柩從浙江運回宿松，曾國藩派兵列隊迎接護送。不久後，他與胡林翼一同前往羅家祭奠。
十三日，曾國藩急上奏回覆：臣所率軍隊僅萬餘人，兵力薄弱。若全部調往蕪湖，則桐城部隊將難以獨立支撐。左宗棠剛毅明達、吃苦耐勞，通兵法。在此急需用人之際，無論委派何種職務，只要朝廷明發諭旨，他必定恩圖報。另附奏片說明：臣眼疾未愈，肝病又發，軍中缺乏知名將領，擬調張運蘭部前來增援，以充實兵力。
左宗棠在軍營中停留二十天，日夜與曾國藩暢談東南戰局，共同籌劃補救時局的辦法。十八日，左宗棠返回湖南招募兵勇，朝廷下旨授予其四品京堂候補銜，協助辦理軍務。
二十日，曾國藩稽核核定報銷文書。太平軍攻陷常州府城，隨後又攻佔蘇州省城，江蘇巡徐有壬（諡號莊愍）殉難。朝廷下諭旨：曾國藩計劃攻取安慶，重兵圍困堅城，即使能攻克安慶，但蘇州、常州失守，也是得不償失。如今全域潰敗，補救更加困難。當前首要任務應是保衛蘇州、常州。命文、曾國藩、胡林翼仔細商議，妥善謀劃統籌全域等事宜。欽此。
當時京城尚未得知蘇州、常州已經失陷的訊息。曾國藩接到諭旨後，與胡林翼商議，表示蘇州、常州已經失守，救援已來不及。據安慶各營繳獲的太平軍首領陳玉文書，陳玉計劃在秋季分兩路大舉進犯湖北、江西。曾國藩建議集中江西、湖南、湖北三省兵力，全力防陳玉秋季的大規模進攻。若能合力擊退敵軍，再分兵東進，收復蘇州、常州。同時，他還與江西、湖南巡商議此事。
太平軍從蘇州進犯浙江，攻陷嘉興府，張玉良率軍退守杭州。朝廷下旨：將何桂清革職查辦，暫由張玉良代理欽差大臣職務，統領江南各路軍隊。又下諭旨：加封曾國藩兵部尚書銜，命其立即趕赴江蘇，代理兩江總督。欽此。再下諭旨：當前軍急，曾國藩向來顧全大局，不畏艱險，務必日夜兼程趕往前線，保衛蘇州、常州，逐步收復失地。其重振軍威，剿滅叛軍，朕寄予厚。欽此。
本月，蕭翰慶（諡號壯節）奉命率軍增援浙江，在湖州戰死。蕭啟江（諡號壯果）在四川省城去世。胡林翼上奏請求派左宗棠蜀接掌湘軍指揮權。劉長佑、蔣益澧率軍攻克廣西慶遠府城，太平軍殘部逃往貴州境。五月初三日，曾國藩上奏摺謝恩，正式署理兩江總督職務。同時急上奏摺，彙報統籌全域的戰略部署及當前軍事行概況。
曾國藩在奏摺中陳述：目前安慶前線部隊已近城下，此戰事關淮南全域，更是日後收復金陵的關鍵，不可輕易撤軍。臣蒙皇恩，暫代兩江總督之職，必須率軍渡江，駐守南岸，以穩定江浙民心，同時聲援徽州、寧國。無論兵力多寡、將領強弱，臣職責所在必須南渡，不敢有毫延誤。
計劃在長江南岸分兵三路：第一路從池州進軍蕪湖，與楊載福、彭玉麟的水師就近聯絡；第二路從祁門進攻溧，與張芾、周天等部就近聯絡；第三路駐守廣信，直至衢州，與張玉良、王有齡等部就近聯絡。臣已致函與文、胡林翼商議，調撥一萬人先行出發，同時派遣員回湖南增募銳部隊，迅速趕赴前線，以便分派排程。
至於糧餉軍械供應，必須以江西、湖南為本。臣已與兩省巡商議，請其竭盡全力在兩個月完江西、湖南、湖北三省的防務部署。待防系初步穩固後，方可展開進攻。同時上奏請求起用因養親告假回鄉的道員沈葆楨，命其速赴江西，繼續負責廣信防務。另附奏摺陳述考察海運漕糧事宜，並建議保護鹽場稅收之利。
另附奏摺請求朝廷下旨，命湖南巡火速催促張運蘭部取道江西，趕赴饒州一帶待命。同時上奏委派道員李元度速往湖南，另行招募三千平江新勇，與饒廷選所部五營平江勇合編為一軍，負責廣信、衢州一線的防剿任務。
另附奏摺請求在江西設立糧臺，委派江西布政使總辦，並增派數名道員、知府協助辦理。自咸三年至十年五月期間的軍費開支，由臣分作三案造冊報銷。自接任兩江總督後，即改由江西布政使司統一辦理報銷事宜，以明確責任歸屬，避免賬目混淆。
另在江西設立全省牙釐總局，選派大員專管徵收事務。此後江西錢糧漕銀由巡負責徵收，用於發放本省兵勇糧餉；牙釐稅項則由臣經收，專供出境作戰部隊軍餉開支。奏疏呈上後，奉上諭：曾國藩所奏統籌全域及各項辦理方案，甚為妥當！即照所請施行。胡林翼保舉之左宗棠，前已降旨賞四品京堂銜，命其襄辦曾國藩軍務。欽此。
又奉上諭：曾國藩現署理兩江總督，軍務與地方政務均責無旁貸。所請調派張運蘭一軍，今日已傳諭駱秉章，命其飭令該道員速赴署理總督軍營聽候調遣。欽此。公自接奉署理兩江總督諭旨後，即與胡林翼公函商籌兵籌餉事宜。
籌措軍餉以江西為本，調集兵力以兩湖為本。調遣鮑超所部六千人、朱品隆與唐義訓所領二千人、楊鎮魁所領一千人，渡江南下駐守徽州祁門。圍攻安慶的部隊仍堅守營壘不撤，由公之弟曾國荃負責指揮攻剿事宜。
六月初六日，派專人遞呈恭賀萬壽聖節的奏摺。同時上專摺奏報歷年軍需開支、發放兵勇丁餉銀米糧等款項，已按例造冊分送戶部與六科道核銷。自咸三年起至六年十二月止，此為第一案報銷清冊。
初九日，李元慶返回平江招募鄉勇。
十五日，公乘船啟程。朱品隆等部拔營，由陸路行至華鎮渡江，約定在祁門會合。
十六日，船泊老州頭，宿松縣數千名士紳百姓在江岸設宴送行。
十七日，急上奏，先行回覆諭旨並呈報起程日期，同時另奏摺稱：已預先籌劃組建三支水師，待皖南賊勢稍穩，即分頭試辦。查淮揚裡下河一帶盛產稻米，而鹽場更是利稅重地，若不盡快在淮安組建水師，趕造戰船、購置火炮，實有難以保全之危。
要攻克金陵，必須先奪取蕪湖；要奪取蕪湖，必須在寧國另建一支水師，控制固城湖、南漪湖等水域，與外江的水師形夾擊之勢。蘇州失陷後，四面環水，敵軍若憑藉河道防守，陸軍將無路可進。要進攻蘇州，必須在太湖另建一支水師。
這三項都是當前的要任務，如果力量不足以同時兼顧，就優先組建淮揚、寧國兩支水師；若仍力有不逮，則集中力量先組建淮揚一支。江蘇本是財稅重地，如今幾乎全境淪陷，若不設法保全，東南地區的財源將盡數喪失。
。務事釐牙省全西江理辦同共桓李使政布理署與，用即缺遇，西江調改份員道以其準請，練幹明事辦，誠忠實樸、直正潔廉章瀚李員道南湖；派委廷朝請奏行再將，師水辦興需如，範風的士之烈忠有確，苦清志立，敢果事辦麟玉彭舉保片奏附另
。務任要首為區地河下裡全保以，竄北江渡船賊防嚴，應策互相軍陸州揚與，面江帶一洲瓜、山焦、山福、山狼守駐別分，船戰率所麟德李、全吳兵總師水游下派調請奏又。劃籌善妥，急緩況據便以，臣知告文行，目數糧米存現倉糧城京明查部戶求請片奏附另
。幸大下天乃實，轍覆陵金蹈重免避，持維力勉以得人等翼林胡、文使，勇兵省該調再不後今廷朝請懇。支難竭力已現北湖，兩萬數餉軍、人餘萬勇兵撥調省該從已阿興都與臣。城京達送法無便報奏省六方南，失有旦一。危安域全係關，勢地要險游上江長據佔，衝要事軍乃省北湖：稱奏另
。見拜來前麟玉彭，鎮華於泊停船乘藩國曾。務事局釐牙理辦西江往前章瀚李，日十二
