二十一日，船隊停泊在黃石磯。曾國藩的弟弟曾國荃、曾貞幹以及楊載福都前來會面。曾國藩派遣員勘察皖南山區的道路況。
二十三日，曾國藩發公文給江西糧臺，撥付白銀數千兩，委派守備名標前往廣東採購西洋火炮。
二十六日，曾國藩向巡捕、門印、簽押等各級屬員釋出訓令，訂立三條令：一不準欺地方員，二不準收賄賂禮品，三不準舉薦私人關係。全文共計六百餘字。二十七日，曾國藩離船登岸，抵達東流縣。
二十八日，曾國藩抵達建德縣，視察普承堯所部軍營，並接見各營哨。
當月，張玉良被革職但仍留營效力，由瑞昌公統率江南各路軍隊。江蘇巡薛煥駐守上海，暫時代理兩江總督職務。松江府一度失守，軍隨即收復該地。
六月初三日，曾國藩駐守建德縣。他急上奏稱：安慶圍城之軍不可調，此舉意在形以上游制下游的戰略態勢。臣所率南岸部隊當先固守徽州、寧國等要地，暫不深敵境，以免賊軍包抄我軍後路。至於地方政務，亦不可視為次要之事而延誤置。
臣在皖南設立行營駐紮，同時在安慶江畔設立老營，其規制與行省署相仿。歷年文書檔案均存放於江畔署，專門委派司道級員負責管理。地方日常事務即由該署代為理，重要事項則彙總封送至行營稽核辦理。此乃臣為兼顧軍務與地方政務所採取的權宜之計。
另附奏片：請求恢復已革職守備名標的原職。又附片奏請：水師各營候補候選員，請依照咸六年奏準的先例，按各自晉升的階給予封典。再附片奏請：調四川萬縣知縣馮卓懷來營任職。又上奏副將發翔恢復原姓歸宗一事。初四日，拔營啟程。
初九日，行軍途中接到聖旨：曾國藩現已調集兵勇萬人，由宿松進駐祁門，待鮑超、張運蘭、李元度到齊後，即刻分路進兵。足見其有竹，謀定後。但江蘇軍急，該署督應催促鮑超等速來會師，共商進剿。援軍早到一日，百姓便早一日離苦難，朕甚為期盼。該署督現統兵力尚顯單薄，不可輕率冒進，務必持重行事。欽此。
十一日，曾國藩率部抵達祁門縣。各路軍馬陸續集結，他親自調派兵力擇要地駐防。
十三日，曾國藩專門委派員管理地方文書檔案。由於當時公文日益增多，便仿照常規署制度，分設吏、戶、禮、兵、刑、工六科，選派書吏分類收存，最終彙總至安慶老營統一保管。
十六日，上奏報告抵達祁門日期的奏摺。同時奏明：鮑超、張運蘭都難以按期到達安徽，左宗棠、李元度新招募的兵勇，要到七八月間才能陸續前來。臣目前兵力過於單薄，不敢貿然進軍。
另奏摺稱：楊載福、彭玉麟原為臣之舊部，現又奉旨歸臣調遣，自當遵旨辦理。但軍瞬息萬變，奏報不可延誤。楊載福統領水師，其謀略、勇略、識均遠超諸將。所有江面戰守事宜，仍令該提督自行折上奏。
另附奏片：臣奉到諭旨，徽州、寧國等府本屬臣兼轄範圍，該軍務亦由臣督辦，以統一事權。經查徽、寧兩地兵勇戰力不足。臣初至祁門，對當地形尚不悉，兵將尚未到齊，不便立即接管皖南軍務。張芾所轄各軍，應暫由該副都史繼續統籌排程。
同日，又與文、胡林翼聯名上奏，請求調派左宗棠率軍來皖。當時張芾在徽州遭人彈劾，而左宗棠此前已奉旨前往四川督辦軍務。
曾國藩統兵八年，轉戰兩湖、江西、安徽等省，與地方大員形主客分治之勢。此時兼任封疆大吏，政務紛繁。於是以安慶江畔為總營，設立行營衙門，奏請派遣要員統管地方文書，委任員分管銀錢、軍械、司法等事務，頒佈軍營制度條例，整訓各營將士。
刊印《居要語》一書，用以訓誡下屬員，並秘行文各司道員，要求舉薦或彈劾屬員；同時發文各營統領，要求舉薦或彈劾營哨弁，均可用信直接上報。又行文命令道府州縣員，查訪地方利弊、山川險要，留意轄境有才幹計程車紳百姓及農桑畜牧況。對於當前急需辦理的事務，均以書面函件形式批覆理。
釋出告示曉諭江南江北士民共六條：第一，止民奢侈之風。指出吳地民風本善，而遭禍患的源在於過於繁華。第二，命士紳百姓舉薦人才。認為以兩江本地人才，足以平定兩江之。第三，妥善安置流民。凡世家大族、飽學儒士與為國殉難者家屬，均令地方特別卹，貧困者發放口糧。
第四，徵求批評意見。凡本人過失及軍中弊端，允許據實直言舉報。第五，表彰忠義節烈。在行營設立忠義局，委派專員查訪核實，詳細記錄事蹟，或由地方上報，或由家屬鄰里直接呈報，定期彙總奏請朝廷。申請建立總祠總坊，對殉難尤為壯烈者，另建專祠專坊，以告忠魂，匡正風氣。
第六，止擅自辦團練。自戰事興起以來，各省團練從未見守城殺敵之功，反多有斂財擾民之害。此後若非指定地區、特定人員，不得擅自組建。凡此前各地練丁支領口糧者，一律予以裁撤。又釋出告示曉諭軍中兵勇，嚴擾百姓，三令五申，措辭極為懇切。
接見各地方員時，教導他們要以廉潔沉靜為本，以善於聽訟斷案為要務。即使在軍務繁忙之際，各項事務依然井然有序。
二十日，其子曾紀澤來軍營探。
江蘇境城池幾乎全遭賊軍侵擾攻陷，百姓紛紛逃往上海避難。賊軍又攻陷松江，進犯上海，薛煥率軍堅守。進浙江的賊軍包圍湖州，近杭州，並分兵攻佔周邊州縣。皖南賊軍加圍攻寧國，形勢危急。紳紛紛請求曾國藩率軍救援，每日收到的公函私信多達數十封。但因軍隊尚未集結完畢，曾國藩無法立即出兵增援。
曾國藩在軍營時，天未亮就起，黎明時分便出巡營壘，檢閱練。正午時分理公文，接見幕僚賓客，剩餘時間則研讀經史典籍，不讓自己有片刻安逸。他常說時局艱難，唯有勤勉勞心者方能補救。數十年來，無論是治軍還是為，即便困苦險境，乃至功名就之時，始終保持著這樣的作風。
二十四日，接到皇帝諭旨：任命曾國藩為兩江總督，並授予欽差大臣銜，督辦江南軍務。欽此。
七月初三日，曾國藩急上奏，就奉旨斟酌進兵併兼顧皖南軍務一事呈遞奏摺。奏摺稱：臣自抵達祁門後，瑞昌、王有齡多次催促臣增援浙江，張芾也催促調兵救援寧國。臣奉諭旨，奉命權衡理。因鮑超尚未從湖北返回，張運蘭部雖已進江西境，又被江西巡毓科留下駐防。
袁州新招募的軍隊尚未集結完畢，統兵將領也還未到任，若此時往返商議調兵之事，不過是空談而已。不如等兵將齊備後，觀察敵軍勢力最盛之，迅速進兵全力圍剿。至於徽州、寧國兩防軍，多年來支取浙江軍餉累計約千萬兩，浙江方面視其為重要屏障。如今該省自並無其他防守兵力，一旦防線盡失，任由敵軍長驅直，致使杭州百姓慘遭劫難，周天、張芾二人難辭其咎。
皖南地域廣闊，與江蘇、浙江接壤，如今賊寇肆，幾乎全境淪陷。但此地既屬臣兼轄範圍，自當竭力統籌兼顧。若奉旨由臣督辦皖南軍務，則實在無力再顧及浙江防務。另折保舉道員李鴻章，懇請朝廷授予其江北地方實職，負責籌建淮揚水師。
。奠祭行舉季兩秋春年每員方地命並，典祀家國列其將請，士將亡陣祀祭中集，祠義忠建修資捐縣江平南湖報奏片附又。務職兵總鎮揚淮其予授廷朝請，升翼黃將副營師水舉保此特，員一兵總設增擬，撤裁旨奉職一督總道河南江：片奏附另
。例案報呈批首為作人十男家一枚程士紳難殉縣國寧以現。卹彰表以予別分，廷朝報奏時隨，士紳的難遇及亡陣賊剿年歷省等徽安、蘇江訪查責負，局義忠立設營行在臣：片奏附另
。此欽。託重廷朝負不以，賊逆清掃速迅，域全籌統必務，任重此如負肩臣大該。促倉事臨免避，當妥劃籌前提須也，程排排安何如應，要為尤務防區地北江。地等州常、州蘇復收，軍進路分德廣、州池從，結集部率領將等蘭運張、超鮑、度元李、棠宗左促催即立其命廷朝。署部善妥需均岸兩北南江長，卸推可無任責，一統於歸權大政軍，臣大差欽為命任被已現藩國曾。手棘加更將辦剿時屆，竄北寇賊恐深朕，揮指一統人無軍清部各北江。山英守駐仍阿興都，剿進兵重乏缺帶一州常、南蘇前目。敵剿效有難恐，弱薄力兵，隅一海上居偏煥薛：諭上到接日同。旨諭的督總江兩授補達送遞驛急過部兵，日七初
。務事述陳信書遞投等人民軍許允，箱見意製木定設外門營軍在，日十初
。摺奏的域全劃籌盤通了奏上又藩國曾。此欽。見主乏缺可不也但，濟共衷和僚同與，人用心虛必務，見己執固可不但。深已驗經，練歷營軍在年多卿：示批批硃帝皇。折恩謝遞呈藩國曾，日二十
。顧兼以難加更地等興嘉、海上使致，州常、州蘇軍進接直境徽安過繞法無，國寧援救，德廣取攻先須必，後畢完結集隊軍部所臣待。危可岌岌勢局南皖前目。援無立孤，困圍面四眾賊被現城府國寧。守失經已城州，德廣攻回匪賊的州杭竄流聞聽日近。徽安達抵未均領將等蘭運張、超鮑、度元李、棠宗左：述陳中摺奏
。赴趕行先人千軍楚領率酌們他請，議商阿興都、文與函致即立備準臣。領將的素有練訓乏缺愁只，勇兵到不募招愁不，悍強風民州徐、安淮，見之臣依。行能未今至但，州揚赴速阿興都促催旨聖到接次多雖，務軍北江於至。域全顧兼以難在實，阻遞傳書文於由
。摺奏的職一道南皖授補任調度元李道溫江浙授新舉保奏上又另。飾掩瞞欺敢不絕也，逮不有力若，事行勉勤能所盡竭當定臣。師之楚三於亞不將威聲其，隊部銳的區地淮兩麼那，領將出傑名兩一出養培中從能若倘。勇兵的州徐、安淮練訓來制營的軍楚用採將，後北江達抵
。旨聖的省江浙援救兵派到接又，日一十二。旨聖的縣郡等州常、州蘇復收下南隊部帥統到接，日七十。旨聖的江浙援馳進東戰轉州嚴從求要到接，日五十。旨聖的國寧援增兵派其命廷朝到接，日四十。援增求請藩國曾向紛紛，張囂焰氣寇賊區地浙江
？州常、州蘇復收論遑更？江浙護保能何如，危可岌岌且尚隊軍的臣，盪勢局南皖，獗猖寇賊地等國寧、州徽。先優為國寧援救力全以則，顧兼法無力兵若。務任要首為德廣取攻速迅、國寧援救急以，軍進南皖從臣：稱奏，摺奏的旨諭次四覆回奏上急藩國曾，日三十二
。防強加可尚，卡關立設、堡碉築修能若，雜複路道區山南皖，害大方地為實事一練團：述陳片奏附另。極至恐惶，疚愧深心臣，願的盼期首翹姓百南江足滿法無下對，慮憂的勞夜日上皇擔分能不上對，畢完結集未尚力兵前目
。況戰的城州德廣復收貴長江報奏又，職之使政布蘇江任勝以足賓鴻使察按徽安保奏片附另。堡碉築修姓百紳士導督其命，銜講侍加賞廷朝請，讚稱人眾深，蘭夢宋修編籍在
。國寧援增往前，發出德旌、州徽從軍率，日八十二。營大門祁達抵蘭運張，日四十二。旨聖的國寧援增兵派令命到接又。旨聖的急危海上援救法設求要廷朝到接，天當
。丹攻進材子馮督提派，府江鎮守駐阿棟軍將口京。酷殘為極殺屠寇賊。死戰領將等孚天周，縣壇金陷攻寇賊。態狀備戒進州杭，敗潰軍全，克攻能未興嘉打攻良玉張。嚴戒除解海上，寇賊退擊軍率煥薛，月本
。此欽。因等軍賊制牽以，陵金攻先可或，況際實據藩國曾著。語等巢老救回定必寇賊，陵金取直兵重用有只，制控以難延蔓力勢寇賊南江報奏煥薛：旨聖到接又。此欽。遣調藩國曾由天周，辦督藩國曾歸統務軍南皖有所，京進即立芾張：旨聖到接。營軍視巡亭漁往前藩國曾，日一初月八
。匪剿合會州徽來前其調即立藩國曾，溪貴西江達抵勇江平的募招新度元李。國寧援增以縣涇攻進，軍全營字霆領統超鮑代暫永國宋將副派調藩國曾
。希線一有能許或，蘇江攻進並江浙援救以，量力部全的西江、湖兩合集，徽安來趕程兼夜日棠宗左讓，蜀緩暫章秉駱令下上皇請懇。行能未棠宗左，慌恐心人，虛空省本南湖致導，蜀棠宗左請奏，務軍川四辦督命奉章秉駱。匪剿援增州杭往前能才，人萬一足配，後達到軍新的棠宗左等須必。的援救夠能人千幾是不，大龐力勢寇賊江浙，急危州杭：報奏片附又。陵金攻進即立法無時暫隊軍的臣，解緩經已勢形海上：報奏片附。期日的軍進路分永國宋、蘭運張奏上急，日三初
。門祁達抵軍率度元李，日七初
