四月初五日，水師部隊向金柱關發起進攻。
四月初六日，曾國藩外出檢閱湘軍練。
四月初七日，曾國藩巡視穀米局和火藥局。
四月十五日，曾國藩急上奏，報告水陸各軍聯合攻克魯港，陸軍收復南陵縣城，彭玉麟趕赴下游銅陵、西梁山一帶勘察進軍形勢。同時上奏徽州防軍收復旌德縣城一事。另奏報江南鄉試目前難以舉行，仍請延期酌辦理。附片奏請恢復餘述祖被革職的分。
多隆阿率軍攻克廬州府城，敵軍潰逃至壽州。多隆阿率部追擊，大敗敵軍。賊首陳玉逃至壽州，被苗沛霖擒獲，押送至勝保軍前斬。
四月二十日，曾國藩之弟曾國荃率軍渡過長江南岸，會同水陸各軍攻克太平府城。二十一日，攻佔金柱關、東梁山敵軍據點。二十二日，收復蕪湖縣城，水師繼續進攻沿江敵軍堡壘，向南推進至大勝關。
曾國藩審定了賑濟災民的章程，確保向民發放錢糧時公平無偏。同時釋出告示安城外的居民，維持秩序並加以約束。
李鴻章聯合外國軍隊收復了青浦、奉賢兩座城池。
四月三十日，接到皇帝諭旨：“該大臣排程有方，實堪嘉獎！曾國荃等效力軍旅，連克要隘，確實足以震懾賊寇而大快人心！若不予以恩賞，如何彰顯朝廷激勵之意？頭品頂戴江蘇布政使曾國荃著吏部從優議敘。候選同知直隸州知州曾貞幹，著賞給迅勇圖魯名號，以示鼓勵！朝廷賞功罰罪，一秉至公，並非獨厚於該大臣！該大臣應當督率曾國荃等乘勝進攻，盡殲賊寇，同重賞，不必再行推辭。欽此。”
本月，都興阿率軍在揚州擊敗賊軍，李世忠追擊逃竄之敵，將其擊潰。江北地區得以肅清。浙江軍收復台州府城，上海的外國軍隊從海路收復寧波府城，浙東的賊軍勢力有所削弱。皖北的賊軍從河南流竄進陝西境，陝西局勢盪，回民趁機作。朝廷下詔命多隆阿率軍進陝西。曾國藩與文商議後，決定留下多隆阿部將石清吉等十營兵力，繼續駐守廬州。
五月初三日，曾國藩急上奏，報告水陸各軍收復太平府城、蕪湖縣城、金柱關、東梁山等要隘，並附名單保舉王明山、李謀、李朝斌等二十七人。另附片保舉道員黃冕、李瀚章、趙煥聯等九人，派往廣東協助晏端書辦理厘金分卡徵收事務。又附片回覆聖旨，建議江蘇巡應駐鎮江，地適中，佔據形勝要地，並責新任巡李鴻章負責辦理。另附片奏結莫祥芝被參劾一案，仍留其在軍營差遣委用。同日，又上摺陳述勝保、袁甲三辦理軍務的優劣況，建議責李續宜專辦安徽軍務。此前曾接到諭，命其籌議此事。
湖州失陷，趙景賢（諡忠節）被俘後寧死不屈，後來在蘇州遇害。
曾國藩之弟曾國荃率軍攻佔大勝關、秣陵關、三汊河等的敵軍堡壘，聯合水師攻克頭關、江心洲、包洲的敵軍據點，隨即進軍至金陵城外，在雨花臺紮營駐守。
五月初四日，鮑超在寒亭、管家橋等地與敵軍戰，大獲全勝。
五月初五日，核定削減江西丁漕規費，制定永久章程。
五月初十日，核定皖南茶引捐釐章程，釋出告示曉諭茶商，要求統一執行。
五月十三日，對在安徽任職的員進行考核測試。
曾國藩之弟曾國荃在六郎橋擊敗敵軍。
五月十五日，鮑超在抱龍崗擊潰敵軍，隨後越過敬亭山，向寧國府發起進攻。
五月十七日，曾國藩急上奏，報告軍水陸並進，接連收復秣陵關、江心洲等六要隘，軍已進駐金陵雨花臺。另附片奏報浙江、徽州、寧國等地軍，並稱曾國荃所部進金陵，駐紮城南一隅，洪秀全叛軍對此習以為常，並未表現出驚慌畏懼之態。
此時應當集中力量會剿江南，先收復財賦重地，其餘各省便可依次剿平。又上奏專折彈劾擅自離營的將領以整肅軍紀。鮑超所部營陳由立、餘大勝、鄭和雖已保舉至總兵銜，卻擅自遠逃，請將這些人革職。並請下旨令湖南巡派員將他們押回皖南原營，同時通令各軍，不得擅自收留投效的將弁，以懲治驕橫跋扈之風，杜絕效仿之患。另附片陳述軍營積弊，建議嚴加懲，並請將分統霆字營的宋國永實授總兵職務。又附片奏報查核馮子材所部兵勇鬧事的況。
五月十九日，曾國藩急上奏，報告鮑超所部進攻寧國府，在寒亭、管家橋等地擊敗敵軍，掃平所有敵壘，陣亡將弁鄭永福等十八人請予卹。另附片奏請淮揚鎮總兵黃翼升統領水師戰船，已於本月十二日駛過金陵，前往鎮江、上海一帶，建議命其暫代江南水師提督職務，統轄松江、上海各軍。又附片彈劾江西河口釐務委員向紹先舞弊巧取，請即革職。另上奏遵旨核查克復沿江兩岸城隘的六起戰事中出力員弁，並附名單請予獎賞。
五月二十日，釋出告示曉諭江西全省軍民，並下發公文命令各府州縣，永久執行統一制定的丁漕徵收章程。
五月二十三日，楊載福（諡號公）休假期滿返回軍營，到安慶拜見曾國藩，隨後前往金陵視察水師。
李世忠歸降的部眾共計數萬人，不領取朝廷糧餉，專靠兩淮鹽利維持。他派員到安慶請求補給，曾國藩調撥軍火、銀兩和糧米供給，李世忠激喜悅。
五月二十八日，曾國藩呈遞慶賀皇帝萬壽的奏摺，並專折代弟弟曾國荃、曾貞幹叩謝皇恩。
本月，李鴻章率軍收復南匯縣、川沙廳。太平軍大舉進犯青浦、嘉定，外國軍隊戰敗撤退，上海宣佈戒嚴。李鴻章在虹橋迎擊敵軍，取得大勝，松江之圍解除，上海防務也隨之解除警戒。李鴻章多次接到移駐鎮江的諭旨，因上海軍急，最終上奏請求直接進攻蘇州，不再移師鎮江。
六月初三日，曾國藩與彭玉麟（諡號公）共同修繕元朝名臣餘闕（諡號忠宣公）的陵墓。工程完後，親自前往墓前祭奠。
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