六月十六日，金陵太平軍大舉進攻湘軍營壘，曾國藩的弟弟曾國荃率軍將其擊退。
曾國藩正式回覆總理衙門，極力陳述借用印度軍隊協助剿匪的危害，建議應當婉言謝絕這一提議。
六月二十二日，曾國藩上奏摺稱：近日傳聞洋人計劃調遣印度軍隊於秋季大舉來華助剿，臣就此致函與左宗棠、李鴻章商議，二人均認為洋人未必真會採取此行。然既有此傳聞，應由總理衙門向駐京公使核實確認，而後以道義為由婉拒，並陳明利害關係加以勸阻。若洋人執意不聽，則須重申此前約定，宣告我軍進攻時無需外援助剿，克復城池後亦不留外兵駐守。
我們正全力與太平軍作戰，不宜再樹強敵，應當以謙遜退讓、忠誠信義的態度與洋人相，避免猜疑，防止節外生枝，如此方能忍辱負重、就大事。另附片奏報寧國府收復及各路軍隊況。又附片奏報浙江失守後，投降太平軍的員林福祥、劉齊昂、米興朝等人，請由左宗棠審訊後依法決。又附片奏報提督江長貴請假回鄉安葬親人，其所屬各營暫由唐義訓兼管，並酌裁撤部分兵力，以節省軍餉開支。又上奏採訪忠義事蹟第七案的奏摺。另附片奏報湖、休寧等縣紳士楊錫嘉、汪念祖、胡澤順等人殉難況，彙總第七案，分別請求朝廷賜予表彰和卹。
這個月，曾國藩的次子曾紀鴻以縣試第一名的績考縣學。
七月初二日，曾國藩急上奏：金陵陸軍多次擊退強悍敵軍，陣亡總兵張勝祿請從優卹，陣亡軍劉永祥、鄢蘭亭二人請予卹。又奏報鮑超一軍圍攻寧國、克復府城詳細戰況，並開列立功人員名單請獎。陣亡軍馬勝奎、楚訓武等十一人請予卹。附片奏報太平軍將領洪容海率部歸降，建議妥善安置。另上奏摺請求核查江西災州縣，減免錢糧賦稅。附片奏請朝廷特旨豁免江西各州縣歷年攤派捐稅款項，使地方員免於虧累，百姓免苛徵之苦，以整頓吏治。又附奏遵旨推薦西北各省布政使、按察使人選。另奏請暫緩江南、江西三省軍政考核。
七月初四日，曾國藩視察船機裝置。
七月初六日，李續宜接到喪報回鄉守制，曾國藩暫時代理安徽巡職務。李續宜將其麾下大吉、蕭慶衍、蔣凝學、有銘等部軍隊由曾國藩統一調遣。
七月初十日，曾國藩急上奏：安徽巡李續宜因喪母請求回鄉守制，請朝廷參照此前胡林翼丁憂之例，准予數月假期，仍令其假滿後回安徽署理巡事務。附片奏報近期軍概況。又上奏採訪忠義事蹟第八案。同時奏請暫緩江南武舉鄉試。另附片奏報水師將領楊載福更名為楊嶽斌。
夏秋之際，氣候異常，暑熱多雨，導致瘟疫大規模發，各路軍營中染病者眾多。其中皖南各軍疫最為嚴重，死亡人數極多；浙江大營次之；金陵大營也到瘟疫侵襲。各軍被迫暫停軍事行，休整調養，暫時無法繼續進攻剿匪。
七月十七日，左宗棠率軍在油埠與敵軍戰，大獲全勝。
七月二十一日，曾國藩上奏摺代李續宜陳請假回鄉治喪，仍請求參照胡林翼舊例理。同時奏請袁甲三暫緩移軍務。附片奏報接到朝廷諭令要求查報軍，說明袁甲三、李續宜駐地距離較近，軍奏報較快；而自己奏報需繞道湖北、河南，路途阻滯較慢。現呈上此前三次所發奏摺副本以備核查，並說明各路軍營因疫病嚴重，近期難以展開軍事行的況。
袁甲三派員押解已被革職的鹽運使金安清等人到安慶，由曾國藩審訊理。同時，李世忠所部全軍也歸曾國藩統一節制調遣。
李續宜奏報母親去世請求回鄉守制的奏疏尚未送達朝廷，就接到督辦軍務的諭旨，而當時李續宜已病重一個多月。本月朝廷下諭：“該巡現遭母喪，著令在軍營中穿孝服守制，改為署理巡職務，不必賞假回鄉。欽此。”又下諭：“欽差大臣科爾沁博多勒噶臺親王僧格林沁著統轄山東、河南兩省軍務，並排程直隸、山西兩省防兵。所有剿匪事宜，著即與欽差大臣李續宜會商妥善辦理。欽此。”還下諭：“勝保著以欽差大臣份督辦陝西軍務。欽此。”於是多隆阿所部軍隊，朝廷命曾國藩酌排程江北里下河一帶防務；鎮江馮子材所部軍隊，朝廷也命曾國藩統籌兼顧。
李鴻章率軍攻克青浦城，分兵會同外國軍隊渡海進浙江境，收復餘姚縣。蔣益澧率領湘軍五千人，從長沙出發，經江西前往浙江。
八月初二日，曾國藩釋出告示，命令鄉民捕殺蝗蟲。
八月初三日，李續宜抵達安慶。苗沛霖率部撤出壽州城及正關，李續宜派蔣凝學率軍進駐壽州駐防，蕭慶衍部駐守霍邱縣。大吉、有銘兩軍分別駐守三河尖和固始縣。總兵王戴駟留守六安州城，而李續宜抱病返回省城，與曾國藩商議上奏事宜，堅持請求回鄉守制。此時捻軍進犯潁州境，各軍連續出擊，將其擊退。
八月十二日，曾國藩急上奏，就接連收到的諭旨逐條回覆：第一，多隆阿部原定增援陝西的計劃中途變更，現返回湖北，應駐紮在南一帶，此為湖北、河南、陝西三省界，可作為機部隊使用。第一，裡下河防務，請責都興阿嚴防守。現正商議讓楊嶽斌親赴下游視察防務部署，同時計劃加建造太湖水師戰船，用於蘇州、松江地區的防和清剿，以便騰出黃翼升水軍專門負責淮揚防務，以符合原先的部署方案。
第一，李世忠所部五六萬軍隊佔據城池，自一派，獨攬淮鹽厘金的厚利益，難以用常規法令約束。況且他擊退敵軍有功，不可抹殺。現擬暫時維持現狀，不對其耍弄心機，不限制其獲利，也不拒絕其請求，但不過分藉助其力量，也不輕易調其兵馬，暗中消解其驕矜之氣，或許將來不至於釀禍端。
第一，李鴻章不能離開上海移駐鎮江，應責馮子材堅守鎮江，暫不出兵進攻。共四條。另附片奏報：曾國荃、鮑超、左宗棠各營因士兵患病者眾多，未能展開攻勢。李續宜患病未愈，又因母喪哀痛過度，消瘦，若強令其留營而不準回籍守制，恐難迅速康復。因此該巡自行上奏陳，不便勸阻。
又上奏籌辦廣德州降事宜一折。洪容海部投降人數達數萬，現僅令其挑選三千人保留，編為五營，其餘全部遣散回鄉。奏請授予洪容海游擊虛銜，其部下頭目則分別賞給頂戴。另附片奏請停止河南省招募湘勇一事，以節省軍費開支。
另附片奏請朝廷下旨，命江西按先前定例，每月撥付漕折銀四萬兩，協濟徽州、寧國軍餉。又上奏彙報第九批忠義事蹟採訪結果。同時附奏將烈婦焦王氏等案例彙總，請予旌表。
李續宜上疏陳後，朝廷下旨準其休假百日回鄉，期滿後仍須回營督師，期間由唐訓方暫代安徽巡一職，袁甲三繼續留守督防臨淮軍務。
廣德州降卒發生叛，洪容海率其部眾萬人突圍投奔寧國。
二十九日，曾國藩急上奏，回覆朝廷關於湖北巡嚴樹森被彈劾各事項的調查結果。同時附奏回覆江蘇巡薛煥被彈劾事項的調查況。此前何桂清審時，曾出示司道員聯名呈文，主張退守蘇州。朝廷下旨要求查辦薛煥、查文經等人。曾國藩在奏摺中表示，總督、巡權力過重由來已久，司道以下員迎合上司意旨，不敢違抗，此類況不必深究。封疆大吏應以守城為重，不應因下屬言論而搖；朝廷判定大臣罪責應考察其本心，不應以聯名呈文作為依據。
另附片奏報廣德州降卒再次叛及當前置況。賊軍主力正大舉進犯皖南，而鮑超、張運蘭、朱品隆等部軍中疫病肆，張運桂已病故，左宗棠所部病員過半，曾國荃金陵大營染病士兵亦超萬人。臣深恐疲弱之師難擋強敵。此皆因臣才疏學淺而忝居高位，招致鬼神責罰，無力挽回厄運，深夜思及此事，不勝憂心如焚！
曾國藩每日將政務、軍務、糧餉、文書等事務分門別類，按時間順序依次理，定為日常功課。
本月，太平軍進犯上海，李鴻章率軍力戰，在七寶街大敗敵軍。外國軍隊攻克慈谿縣。浙江軍收復州府。左宗棠在龍游縣迎擊太平軍，取得大勝。
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