其二，水師炮船適合在長江等寬闊水域作戰，而運河河道狹窄、堤岸高聳，難以施展。黃河與長江的船型差異極大，水也不同，建議由山東、河南巡另行建造舢板船，分別防守黃河與運河，如此可永保京畿免捻軍侵擾。
奏摺共列兩條建議。
另附奏片說明：金口霆營叛或許另有，而婁雲慶部在福建鼓譟生事，實因缺糧引發譁變，並無其他緣故。臣當時不在江西，未能籌措補發欠餉，又明知霆營出關必生變故，卻未能及時奏請停止調遣，以致釀今日之禍，全因臣謀劃不周、威信不足，難辭其咎！待查明詳後，自當請求嚴懲。
同時代呈陝西按察使陳湜謝恩折，並請示是否需進京面聖。
初二日，接到朝廷諭旨，命曾國藩出省前往淮安、徐州一帶，統率水陸援軍，擇機剿滅捻軍。
初三日，曾國藩得知僧格林沁親王戰死的訊息，同時接到上諭：“欽差大臣、協辦大學士、兩江總督、一等毅勇侯曾國藩，立即前往山東一帶督軍剿賊。兩江總督一職暫由李鴻章代理，江蘇巡暫由劉郇膏護理。欽此。”
又奉上諭：“曾國藩即刻攜帶欽差大臣關防，率領所部各軍星夜出省，趕赴山東督剿。欽此。”
初四日接到一道朝廷諭旨，初七日又接到兩道諭旨，均催促曾國藩儘快啟程。
初九日，曾國藩急上奏，陳述奉命前往山東剿賊卻難以迅速行的緣由：金陵的楚勇已裁撤殆盡，僅剩三千人作為親兵護衛。此外只能調遣劉松山駐守寧國的部隊，若楚勇不願遠征，臣亦不強求。淮勇如劉銘傳等部人數有限，難以分派，需酌選拔將領，另在徐州招募新勇。以楚軍制度整訓，開齊魯兗州風氣，預計數月方能練新軍，此乃難以速行之首因。
捻匪多年劫掠，擁有大量戰馬，在平原上賓士突擊，來勢極為迅猛。臣不能強行驅使步兵去對抗騎兵，因此計劃在徐州增練騎兵部隊，派人前往古北口採購戰馬加以訓練，這是難以迅速行的第二點原因。
要阻擋捻匪北竄，只能依靠黃河天險。若要籌建黃河水師，也需數月才能準備就緒，這是難以迅速行的第三點原因。
直隸一省應當另行籌設防軍，分段駐守黃河沿岸，不宜讓河南的軍隊兼顧河北防務。僧格林沁剿辦這賊匪，一年來輾轉湖北、安徽、河南、江蘇、山東五省。臣接手剿辦此賊，斷然無法兼顧五省防務，不僅不能顧及湖北，即便山東、河南、江蘇、安徽四省，也難以兼顧。
若以徐州作為大本營，則山東只能負責兗州、沂州、曹州、濟寧四府，河南只能負責歸德、陳州兩府，江蘇只能負責淮安、徐州、海州三府，安徽只能負責廬州、、潁州、泗州四府。這十三府州地域縱橫千里，正是捻匪活最頻繁的區域。若以此範圍責臣督辦，其餘地區則由各省督負責，則防區各有歸屬，軍務方能漸有頭緒。
這賊寇已流竄之勢，行蹤飄忽不定，必須訓練駐守有方的軍隊，才能制伏來去無蹤的匪患。如今良將新喪，強寇氣焰正盛，臣既不能火速馳援山東，又無力兼顧京畿防務，如此遲緩的謀劃，恐令聞者驚駭，難免招致非議，引來各方責難。然而臣深思多日，唯有此策可行，故斗膽直陳淺見，以供朝廷斟酌採納！
另附奏片稱：臣力日漸衰退，難以承擔艱鉅重任。經歷戰事越久，反而越發謹慎！奏疏中所述專注十三府州防務之事，自問只能提出方略卻無力執行。懇請皇上另選通軍務的大臣，督辦北方軍務，稍減臣之職責，臣仍願以閒散人員份隨軍效力。又上摺奏請保舉張樹聲補授徐海道員缺，吳世熊補授淮揚道員缺。
僧格林沁親王陣亡後，朝廷將將軍國瑞革職但仍留營效力，由其接管僧王舊部並暫護欽差大臣印信，導致軍心不穩。曾國藩急調遣劉銘傳部馳援濟寧以穩定局勢，李鴻章則派遣道員潘鼎新率領淮軍五千人，乘船由海路趕赴天津，以拱衛京畿防務。
當日接到聖旨：“欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇侯曾國藩，現赴山東一帶督師剿賊，直隸、山東、河南三省八旗綠營及各地方文武員，均歸曾國藩節制調遣。如有地方員不遵排程者，該大臣可指名嚴參。欽此。”不久又奉旨命其率領親兵輕裝簡從兼程北上。此時曾國藩決定裁撤湘軍，改以淮軍為主力作戰。僅保留金陵湘軍四營，增募千人，共六營，委派道員羅麓森等統領，作為親兵隨同北征。其餘駐守江南的湘軍，則全部裁撤遣返原籍。
十三日，曾國藩急上奏，陳述遵奉聖旨後的籌辦況，並請求收回節制三省的命。奏摺稱：潘鼎新所率軍隊已乘船趕赴天津，既可增強京畿防衛，又可彌補臣行遲緩之過，目前局勢應可無憂！至於節制三省軍務，臣實在難以承擔如此重任；即便是才能勝過臣十倍之人，也未必需要授予節制三省的名義。
並指出黃河以北防務應責直隸總督另行部署防軍，不宜頻繁調南岸部隊渡河作戰，以致疲於奔命。各省巡也應各自籌辦防軍，不可令剿捻部隊長途追擊，始終不得休整。奏摺中反覆重申此前奏疏的主張。
另附奏片稱：潘鼎新、劉銘傳、張樹聲、周盛波等四支軍隊均屬淮軍，系李鴻章兄弟苦心訓練而。現已調任甘涼道李鶴章辦理行營營務，懇請下旨開缺其甘涼道職務。同時奏請調派李鴻章胞弟李昭慶赴軍營效力。
另附奏片稱：鎮江、揚州兩地水陸防軍已全部裁撤完畢，原設糧臺機構亦已撤銷，現改設報銷局負責軍費賬冊核銷事宜。又附奏片稱：咸三年江寧城破時，將軍祥厚等殉國，布政使祁宿藻早前在城防期間積勞病逝，雖已蒙恩賜卹，仍懇請准予將祁宿藻祀祥厚專祠。
二十一日，曾國藩前往晉臣卞忠貞公祠祭拜，該祠堂剛剛修繕完工。
二十二日，李鴻章抵達金陵，曾國藩正式移兩江總督印信。
二十三日，接到聖旨：“曾國藩懇請辭去節制三省之命，足見其謙遜克己、不矜不伐！然該大臣閱歷富，功績卓著，若不節制直隸、山東、河南三省軍務，恐難令行止，著毋庸再辭。欽此。”
二十四日，曾國藩急上奏，報告已卸總督印信並率軍離省日期，同時奏報捻軍回竄安徽、河南後山東局勢漸趨緩和，應無渡河北犯之虞。另呈奏摺保舉肅清皖南有功將士，附名單請予嘉獎。附片奏稱：本年二月，提督鮑超曾派員赴塞外採辦戰馬八百匹。現鮑超出關計劃因兵變中止，懇請敕令兵部將該批戰馬直接調赴山東，解送臣之行營以供練。
另附奏片稱：湖南東征局已裁撤，原由該局協濟甘肅的軍餉，現改由湖南巡李瀚章酌籌撥解送。又上奏摺報告淮南鹽稅徵收況第二案。附片奏請：原定撥解京餉的兩淮鹽稅銀五萬兩，請改撥臣軍營中以濟急用。同時奏報已尋獲已故兩江總督陸建瀛骸，現正護送回原籍安葬。
二十五日，曾國藩自金陵登船啟程，下令北征的六營湘軍即刻開拔。對裁撤的各營湘勇，則派專員督令其全部沿江西行返鄉，不得滯留。
二十八日，曾國藩座船起錨渡江，彭玉麟隨行。二人共同核定長江水師章程。
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