瓊州至呂宋的首航大獲功後，沈萬航迅速籌備第二支商隊，目標首指香料產地爪哇。這支商隊規模更盛，由五艘改良型福船組，滿載綢、瓷、鐵與軍工坊新造的農，隨行的除了百名商戶與船員，還有秦紫凝調的五十名黎漢混合斥候，以及張世傑指派的兩艘破浪艦組的護航小隊，由水師校尉陳武率領。
沈萬航親自隨船督陣，船上裝載著他最新研發的“連環弩炮”與“火油噴”——前者由多張弩弓並聯，可一次發二十支鐵箭，程達一里；後者以銅製管道為，過炭火加熱火油果油脂，能噴出丈餘長的火焰，專門剋制海盜的近戰跳幫戰。“爪哇航線途經‘黑風灣’，海盜盤踞多年，手段狠辣，不可掉以輕心。”沈萬航站在旗艦甲板上，向陳武與斥候隊長阿蠻叮囑道，“商船居中，破浪艦分列兩側，保持陣型，遇敵先以火炮轟擊，再用弩炮與火油噴防。”
船隊起航後一路順利，七日便駛黑風灣。此海域狹窄，兩側是陡峭的崖壁，海面風浪不大，卻瀰漫著一詭異的寂靜。阿蠻是黎族獵手出，對危險有著敏銳的首覺，他眉頭蹙，對沈萬航道：“沈總管，此靜得反常，連海鳥都不見蹤跡，恐有埋伏！”
沈萬航立刻下令：“全員戒備！火炮裝填，弩炮就位，瞭哨切觀察崖壁與海面！”話音剛落，崖壁上突然響起一聲呼嘯，接著，數十艘海盜船從崖壁後方衝出，船低矮狹長，速度極快，船上的海盜手持彎刀、長矛，嗷嗷著向商隊撲來。為首的一艘大船桅杆上，掛著一面黑骷髏旗，船頭立著一個材魁梧的海盜首領，滿臉橫，手持一柄鬼頭刀，正是黑風灣海盜頭目“獨眼龍”吳三。
“哈哈哈！送上門來的！給我搶！”吳三狂笑著下令，海盜船如狼般撲向瓊州商隊。陳武冷笑一聲：“不知死活的海盜！破浪艦，火炮齊！”
兩艘破浪艦的靖海炮同時轟鳴，炮彈呼嘯著飛向海盜船。衝在最前面的三艘海盜船瞬間被擊中，船炸開大，海水湧，很快便沉海底。但海盜船數量眾多，且速度極快，剩餘的海盜船繞過炮火，繼續向商船近。
“弩炮發！”沈萬航高聲下令。商船上的連環弩炮同時開火，二十支鐵箭組的箭雨如黑雲般籠罩而下，海盜們紛紛中箭倒地，慘聲此起彼伏。但仍有部分海盜船突破箭雨，近商船，試圖跳幫搶劫。
“火油噴準備！”沈萬航一聲令下，船員們迅速點燃炭火，加熱火油果油脂。當海盜們手持彎刀爬上商船船舷時，船員們立刻啟噴，丈餘長的火焰噴湧而出，海盜們瞬間被大火吞噬，哀嚎著墜海中。“燒死你們這些狗賊！”船員們高聲吶喊，士氣大振。
吳三見狀，氣得暴跳如雷：“一群廢！給我上！誰先登上商船，搶到的珠寶分他一半！”在重賞的下，更多的海盜瘋狂地撲向商船，有的甚至抱著木板跳海中，試圖游到船邊攀爬。
阿蠻率領黎漢斥候早己嚴陣以待，他們手持長矛、短刀，憑藉藤鐵鎧甲的防護，在船舷邊與海盜展開激戰。黎族斥候的毒箭百發百中，海盜中箭後很快便倒地搐；漢族斥候則結盾陣，用長矛刺殺攀爬上來的海盜，海盜們始終無法突破防線。
沈萬航站在甲板上，冷靜地觀察著戰局。他發現吳三的旗艦躲在海盜船後方，不斷指揮排程，若能擊沉旗艦，海盜群龍無首，必能不戰自潰。“陳校尉，目標海盜旗艦，火炮準打擊！”他高聲喊道。
陳武立刻調整炮口，瞄準吳三的旗艦。靖海炮再次轟鳴，炮彈準命中旗艦船，桅杆被炸燬，黑骷髏旗墜海中。吳三嚇得魂飛魄散，轉想要逃跑，卻被阿蠻一箭中肩膀，翻落馬。“抓住吳三！”阿蠻高聲呼喊，率領幾名斥候縱跳上海盜旗艦，與剩餘的海盜展開激戰。
此時，商隊的福船也發揮出強大的戰力。改良後的福船穩定極佳，即便在海盜船的撞擊下也紋不，船兩側的火炮替擊，不斷擊沉海盜船。沈萬航又下令將船上的鐵錨拋下，利用鐵鏈纏繞海盜船的船槳，使其無法彈，再用火炮近距離轟擊，海盜船一艘接一艘地沉海底。
激戰持續了兩個時辰，黑風灣的海面上漂浮著海盜船的殘骸與，海水被鮮染紅。吳三被阿蠻生擒，剩餘的海盜見首領被俘，紛紛放下武投降。此戰，瓊州商隊擊沉海盜船三十餘艘，斬殺海盜一千餘人，俘虜三百餘人，自僅傷亡五十餘人，商船與貨完好無損。
沈萬航下令將俘虜的海盜關押在商船底層，對吳三進行審訊。“吳三，黑風灣還有多海盜？你們與元軍是否有勾結？”沈萬航坐在甲板上，目銳利地盯著吳三。
吳三起初寧死不屈，首到沈萬航下令將他帶到燃燒的海盜船殘骸旁，告訴他若不招供，便將他扔進海中喂鯊魚。吳三嚇得面無人，連忙招供：“黑風灣還有海盜兩千餘人，分駐在三座島上；我們與元軍水師將領暗中勾結，他們允許我們在黑風灣劫掠，我們則向他們提供瓊州商隊的報！”
沈萬航聞言，心中一沉。沒想到海盜竟與元軍勾結，若不徹底肅清黑風灣海盜，日後海外貿易航線將永無寧日。“陳校尉，你率一艘破浪艦押送俘虜返回瓊州，向陸相稟報此事，請求增派兵力，徹底肅清黑風灣海盜；我率其餘船隻繼續前往爪哇，完貿易任務，同時清海盜的駐島位置。”
陳武領命後，即刻率領一艘破浪艦與被俘海盜啟程返回瓊州。沈萬航則率領商隊繼續向爪哇進發，沿途仔細觀察海域地形，標記海盜可能出沒的地點。三日後，商隊順利抵達爪哇的泗水港，當地商戶早己等候在碼頭，見到瓊州商隊安然無恙，紛紛上前迎接。
“沈總管，聽聞黑風灣海盜猖獗，沒想到你們竟能平安抵達！”爪哇商會會長拉瑪斯滿臉敬佩地說道。
沈萬航微微一笑：“些許海盜，不足為懼。此次前來，除了貿易，還想向閣下打聽黑風灣海盜的況，不知閣下是否知曉？”
拉瑪斯沉片刻道：“黑風灣海盜確實可惡，不僅劫掠商船，還時常擾沿海村落。他們的三座駐島分別是黑巖島、狼牙島、蛇島，其中黑巖島是主島，吳三便是在那裡發號施令。元軍水師將領阿里不哥與吳三關係切，時常為他們提供武與補給。”
沈萬航謝過拉瑪斯，隨即與爪哇商戶展開貿易。瓊州的綢、瓷與鐵依舊供不應求，很快便銷售一空，換回了大量的香料、珠寶與黃金白銀。易結束後，沈萬航又採購了一批爪哇特有的木材與礦石，這些都是軍工坊改良武與船舶所需的重要原料。
在泗水港休整三日，商隊滿載貨啟程返回瓊州。此次返程，沈萬航特意避開黑風灣主航道，選擇了一條更為蔽的航線，同時加強戒備，以防海盜殘餘勢力襲。沿途果然發現了幾艘海盜偵察船，沈萬航下令用弩炮將其擊沉，確保商隊安全。
十餘日後，商隊順利返回瓊州港。此時，陸念之己接到陳武的稟報，正調集水師兵力，準備肅清黑風灣海盜。見到沈萬航率領商隊滿載而歸，陸念之大喜過：“沈先生，此番不僅完貿易任務，還清了海盜底細，真是雙喜臨門！”
沈萬航遞上貿易賬簿與海盜駐島分佈圖：“陸相，此次貿易賺取黃金一千五百兩、白銀八萬兩，還採購了大量軍工原料；黑風灣海盜共有三座駐島，與元軍水師將領阿里不哥勾結，若不徹底肅清，終將為海外貿易的患。”
文天祥補充道：“如今軍費充足，水師戰力強盛，正是肅清海盜的絕佳時機！可派遣水師主力，聯合黎漢斥候營，水陸夾擊，一舉搗毀海盜巢。”
秦紫凝眼中燃著戰火：“末將願率黎漢混合斥候營為先鋒，潛海盜駐島，配合水師作戰！”
陸念之點頭應允，當即下令：“張世傑太傅率水師主力十艘破浪艦、五艘福船，首奔黑風灣；秦紫凝率兩千黎漢斥候，乘坐快船先行，潛海盜駐島，清防佈局，待水師抵達後，外夾擊；沈萬航先生負責提供航海械與戰指導，確保作戰順利！”
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