此次軍制改革的的另一個目標，便是徹底治明代營兵編制混，“一營人數從數千到上萬不等”的長期積弊，實現軍隊在補給、排程、戰力等各方面的標準化與準化。
就從三大營來講，每個的名字聽起來那都是如雷貫耳，結果呢？整個京營最後連三萬能打的都挑不出來。
就連朱由校剛看到京營的編制的時候，他腦瓜子都是嗡嗡的，更不要提那些個大頭兵，只認識自己的小旗、或者總旗，出了門連直屬將領都認不清楚，一旦戰事失利，自然兵敗如山倒，潰散難收。
不止如此，隨著系統鍊鋼廠的產量飆升，他還參考後世的經驗，準備為每個士兵配發份銘牌，軍的銘牌則依等級區分型狀、制式，並燒錄編號。
這樣既便於統計戰功、收殮，也可以明確在不同部隊混合作戰時的指揮權歸屬。有助於朝廷核實員額，從本上杜絕吃空餉的腐敗的痼疾，提升在複雜戰場環境下的指揮效率與應變能力。
同時，現有軍事單位的指揮系也頗為雜，諸如衛所軍的“軍、都司、千戶、百戶、總旗、小旗”與京營、邊軍系中的“千總、把總”等稱謂並存，系錯，權責不清。必須藉此改革之機，予以統一規範。
他心中已有一套完整的整編方案：將天樞軍、天策軍、天武軍、天威軍授予衛軍的正式番號，經過上述擴充之後，分別為衛軍第一軍至第四軍。
原京營的六萬人，則由補充三萬系統兵員，進行混編改組，形第五軍和第六軍。原本直屬皇帝的衛軍六萬人，亦照此模式擴充整編為第七軍和第八軍。
整編後，系統出計程車兵將在全新衛軍中保持約六的穩定比例，如此足以牢牢掌握部隊、徹底貫徹他的意志。
在編制系上，將進行徹底革新，衛軍，與各都督府下屬戰兵統一劃分為軍、師、營、連、隊、伍這清淅的六級結構。
衛軍的一個軍，定額五萬餘人，下轄三個齊裝滿員的師；
而一個標準師，定員一萬五千人，下轄一個師直屬營、五個帝國燧發火槍營、一個刀盾擲彈兵營、兩個甲騎兵營、帝國陸軍炮兵營；
一個營定員一千兩百人，下轄五個隊；
隨著他的整頓軍隊編制的想法逐漸清淅，系統的介面上立刻出來了相應的反饋：
【叮！】
【檢測到宿主須求，新增最佳化編制方案】
【大明帝國軍建制】
【人數：45300人】
【所需資金：300萬】
朱由校毫不尤豫，先斥資二百萬兩，按新制為現有部隊補充滿額；再投三百萬兩，訓練一支完整的系統軍，作為京城核心衛戍力量，才停下了手。
可以想見，當整整十個齊裝滿員、裝備良、紀律嚴明的衛軍，加之三萬餘訓練有素、職能多樣的銳錦衛，如同天羅地網般撒向帝國的四方。
這支徹底告別舊明軍的一切積弊，以全新的編制、統一的指揮、絕對的忠誠的軍隊，將為他橫掃沉痾、開創萬世太平的最堅實基石。
有此強兵在手，任何改革阻礙，都將在鐵與火中化為塵埃。
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朝堂之上，諸公還在為改革細節爭論不休之際，在朱由校的授意下，前秘書司已經迅速行起來。
從系統翰林院的員中調了一批通稅務的員，又從北直隸的胥吏中選拔了一批幹之人，共同組了‘大明海關稅務總局’的首批班底。
天啟元年，十一月初三，“大明海關稅務總局”在京城的承天門外的臨時衙署，召開了第一次部會議。
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