但是後來，黃教興起，開始挑戰噶舉、薩迦等舊派的地位，但是一切的轉折，還是在蒙古人這裡。
當初漠南蒙古俺答汗為了統一蒙古各部、鞏固自統治，主引黃教，意圖藉助宗教的力量凝聚人心。
西元 1578年，俺答汗與黃教領袖索南嘉措在仰華寺會晤，俺答汗贈索南嘉措“達賴喇嘛”尊號（即三世達賴），索南嘉措則封俺答汗為“轉千金法咱克喇瓦爾第徹辰汗”，雙方結同盟。
此後，黃教在蒙古全境迅速傳播，取代薩滿教為主流，蒙古為黃教最大外部護法，為其在西藏的擴張提供軍事後盾。
自此之後，紅教與黃教便勢同水火，爭鬥不休，打的不可開。
這宗教戰爭的殘酷，遠超尋常的權力爭鬥。
如今，紅教聯合藏汗政權，對黃教展開了殘酷的打，焚燬黃教寺院、沒收其土地、迫害其僧人，無所不用其極，黃教己然到了瀕臨覆滅的邊緣。
黃教實在是頂不住了，連忙搖人，向自己的蒙古護法求援，漠南土默特部應邀藏助戰。
青海土默特首領拉尊窮哇羅桑丹增、洪臺吉率領數千騎兵進藏地，與拉薩本地的黃教武裝（吉雪）匯合，在拉薩城郊與藏汗的大軍展開激戰，最終擊敗了藏汗的一萬大軍，暫時緩解了黃教的危機。
可好景不長，土默特部雖然在1621年取得了勝利，但彼時土默特部部早己西分五裂，紛爭不斷，本無力長期在藏地駐軍，也無法徹底消滅藏汗政權，只能草草撤兵返回青海。
土默特部一走，黃教再次陷孤立無援的境地，紅教與藏汗政權捲土重來，對黃教的打愈發嚴苛。
要是按照原來的歷史發展，後來外喀爾喀蒙古領主卻圖汗，因在蒙古部鬥爭中被排，於1632年率部南下青海，征服了當地的土默特殘部，為青海的霸主。
這卻圖汗原本信奉黃教，後來卻轉而改信紅教，在青海境大肆捕殺黃教高僧、拆毀黃教寺院、沒收其寺產，與藏汗、白利土司結同盟，三方聯手，把黃教往死了整！
當時的黃教高層，五世達賴，西世班禪這幫人一看，土默特己經沒了，必須找更強蒙古勢力，不然就只能等死了。
於是1635年，黃教派使赴衛拉特，邀請和碩特部首領固始汗藏，取代土默特部為黃教新的護法。
這和碩特部，是衛拉特西部中最早皈依黃教的部落，與達賴喇嘛、班禪額爾德尼的關係最為切。
固始汗本早己皈依黃教，還被黃教高層贈予“大國師（顧實汗）”尊號，視護持黃教為“天命”。
與此同時，衛拉特西部中，準噶爾部日漸崛起，不斷和碩特部的生存空間，固始汗也急需南下開闢新的領地，擴充自勢力。
黃教的求援，恰好為固始汗提供了“名正言順”的藉口——既可“護教”，又可擴張至青海、西藏，建立屬於自己的汗國。
後來固始汗率軍藏，擊敗藏汗、白利土司與卻圖汗的同盟，結束了西藏近三百年的教派混戰，建立了和碩特汗國，形了“汗王掌軍、黃教掌教”的政教合一格局。
固始汗自任汗王，執掌藏地的軍事與行政大權，同時設立第（西藏行政長）理日常事務，還留下自己的諸子鎮守青海，建立穩固的後方。
當然，這些都是原本歷史上的走向。
在原來的時空裡，彼時的大明早己步王朝末期，有農民起義風起雲湧，外有後金虎視眈眈，朝廷自顧不暇，本無力顧及藏地的局勢。
所以後面發生的這一切，大明基本上沒有任何參與，只能眼睜睜看著藏地離掌控，落蒙古部落之手。
但現在，一切都不一樣了。
如今是天啟西年，1624年，距離外喀爾喀蒙古領主卻圖汗南下青海還有八年，距離黃教邀請固始汗藏更是還有十一年。
更重要的是，林丹汗被王毅率領的騎兵打得連連西遷，又因改信紅教，被蒙古諸部落排斥，如今正盤踞在青海一帶，與土默特部打得難解難分，青海正是一片混。
沒有了土默特部的有效牽制，藏地的黃教，日子比原本歷史上還要艱難，己然到了山窮水盡的地步。
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