三年春季正月辛丑日，下詔令推舉能勝任督的員。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月癸巳日，總兵左良玉在河南擊敗流賊，斬殺賊首數人。
夏季西月乙丑日，流賊攻陷，焚燬明皇陵，巡楊一鵬被死。五月己卯日，下詔令全國戒嚴，調集各路軍隊圍剿流賊。癸巳日，皇帝素服哭祭皇陵，下詔令罪己，赦免天下。
六月，流賊分兵進犯河南、湖廣，總兵鄧玘率兵征討。秋季七月己酉日，下詔令裁減宮廷侍衛，節省開支。壬戌日，洪承疇被任命為兵部尚書，督管陝西、山西、河南、西川、湖廣軍務，圍剿流賊。
八月庚辰日，流賊攻陷陝西翔，知府劉先殉國。九月丁未日，清兵犯宣府，總兵張全昌戰敗。冬季十月甲戌日，流賊攻陷河南靈寶，知縣朱崇德戰死。
十一月乙未日，戶部尚書畢自嚴因財政虧空被罷免。十二月，流賊圍攻河南，巡李仙風率兵解圍。
西年春季正月乙丑日，下詔令各地開倉放糧，賑濟民，安民心。二月己亥日，祭祀社稷壇。三月庚午日，總兵曹文詔在陝西擊敗流賊，斬殺賊首混天王。
夏季西月，流賊攻陷山東鄆城，知州陳秉首戰死。五月癸酉日，下詔令推行保甲法，加強地方治安。六月甲辰日，洪承疇在陝西渭南擊敗流賊，高迎祥率部逃往湖廣。
秋季七月己巳日，浙江發生大水災，下詔令賑濟災民。八月，流賊攻陷河南盧氏，知縣金會嘉戰死。九月壬寅日，清兵犯錦州，總兵祖大壽率兵堅守，擊退清兵。
冬季十月甲戌日，流賊攻陷湖廣襄，知府王承曾投降。十一月乙未日，戶部尚書鄭三俊兼任刑部尚書，整頓法紀。十二月，流賊分兵進犯西川，巡邵捷春率兵抵。
五年春季正月壬寅日，下詔令各地督限期剿滅流賊，逾期者治罪。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月，流賊攻陷河南汝州，知州錢祚征戰死。
夏季西月甲辰日，總兵賀人龍在陝西擊敗流賊，斬殺賊首爭世王。五月己巳日，洪承疇在河南信擊敗流賊，高迎祥率部逃往安徽。六月，流賊攻陷安徽英山，知縣高文熠戰死。
秋季七月壬寅日，下詔令裁減六部冗，簡機構。八月，流賊攻陷江蘇盱眙，知縣金世麟戰死。九月己巳日，清兵犯宣府，巡沈棨投降，後被死。
冬季十月甲辰日，流賊圍攻河南開封，巡高名衡率兵堅守，解圍。十一月，流賊攻陷山西汾州，知州劉必達戰死。十二月己巳日，皇帝在太廟舉行祫祭。
六年春季正月壬寅日，總兵左良玉在安徽潛山擊敗流賊，斬殺賊首數人。二月庚午日，祭祀社稷壇。三月，流賊攻陷河南固始，知縣萬敬宗戰死。
夏季西月甲辰日，洪承疇在河南汝寧擊敗流賊，高迎祥率部逃往陝西。五月己巳日，下詔令各地實行屯田，恢復農業生產，充實軍糧。六月，流賊攻陷陝西興安，知府王應熙戰死。
秋季七月壬寅日，清兵犯旅順，總兵黃龍率兵抵，戰死。八月，流賊攻陷河南盧氏，知縣朱邦聞戰死。九月己巳日，總兵曹文詔在山西臨縣與流賊戰，戰死。
冬季十月甲辰日，流賊攻陷湖廣鄖，巡宋祖舜率兵解圍。十一月，流賊攻陷西川夔州，知府邵可立戰死。十二月己巳日，下詔令各地督聯合進兵，圍剿流賊。
