駐守臺灣城的荷蘭司令揆一，在得知此訊息後，妄圖憑藉其船堅炮利和城堡堅固，分三路嚮明軍實施反撲：
第一路派出當時最先進的戰艦，向停泊在臺江的中國船隻進攻。
第二路由貝德爾上尉率兵二百四十人，進攻從北線尾登陸的明軍。
第三路由阿爾多普上尉，率兵力二百名，乘船增援赤嵌城。
看到荷蘭人這些陸上佈置，朱功簡直快要笑出聲來。
他隨即在北線和赤嵌城外分別部署了軍隊。
六月初三，兩軍率先在北路發生了北線尾陸戰。
北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與臺灣城相對，北端臨鹿耳門航道。
荷軍貝德爾上尉趁明軍剛剛登陸，立足未穩，他率領著多達二百四十名士兵，乘船沿臺江岸邊急駛北線尾，上岸後還分兩路嚮明軍反撲。
貝德爾指揮荷軍以十二人為一排，擺開戰鬥隊形一邊放著排槍，一邊近明軍。
面對此景，參將陳澤率大部兵力從正面放箭迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊荷軍。
事實證明，陳澤還是太高看這些荷蘭紅髮夷人了，僅僅一個照面，荷蘭軍隊就被箭雨給擊潰了。
後來據荷蘭文獻記載：明軍直接“箭如驟雨，連天空似乎都昏黑起來”。
貝德爾發現自己腹背敵，頓時變得手足無措。
而且他所指揮的那些荷軍士兵，平日裡拿著槍，欺負欺負手無寸鐵的百姓尚可，這時哪見過這等大的陣仗啊！
僅僅一箭雨過後，這些荷蘭兵此時的傲慢，則完全被恐懼所代替，許多荷蘭士兵，手中的火繩槍，甚至還沒有開火便把槍丟掉，抱頭鼠竄，落荒而逃了。
在對面指揮的軍陳澤也傻眼了，這些紅髮夷人平日裡囂的很厲害，實際上了戰場，就這？
呆愣了片刻，陳澤才猛然反應過來，隨即嘹亮的天鵝音響起，明軍乘勝猛攻，將荷軍“一鼓而殲”，“夷將拔鬼子(貝德爾)戰死陣中，餘夷被殺殆盡”。(徐鼒：《小腆紀年附考》卷20)
南路增援赤嵌城的荷軍，也被明軍戰敗。
這支二百人組的援軍由阿爾多普上尉率領，乘船沿臺江南岸駛往赤嵌城，企圖為赤嵌城的荷軍解圍。
朱功發現後，立即出“鐵人”軍還擊。
他們雙手揮舞大刀（荷蘭人稱為“豆腐刀”），爭先恐後的勇向荷軍砍去。
經過短暫的戰鬥，二百名荷軍士兵只有六十名荷蘭士兵逃，其餘人等當即被“鐵人”軍消滅。
阿爾多普上尉，屁滾尿流率著跑得快的六十人逃回臺灣城，再也不敢出來了。
在臺灣城的荷蘭海軍司令揆一·費裡第裡克，為荷蘭國王之弟，聞言暴跳如雷，為了一雪前恥，立馬派出當時最先進的荷蘭戰艦“赫克託”號戰艦和其他四艘艦船，組艦隊，從海上對大明水師發了攻擊。
六月十二號，荷蘭艦隊以鉅艦“赫克託號”為箭頭，構一個鋒利的楔形陣。
