孫權又曾怪罪校尉殷模，定的罪名很重。大臣們大多為殷模說話，孫權卻更加生氣，和眾人反覆爭辯，只有諸葛瑾沉默不語。孫權說：“子瑜為什麼偏偏不說話？” 諸葛瑾起離座說：“我和殷模等人遭遇本州戰，百姓幾乎死，我們拋棄祖墳，扶老攜，撥開荒草荒野，歸順您的聖明教化，在流亡的臣民中，蒙您保全生命的恩德。我們卻不能親自互相督促勉勵，來報答您萬分之一的恩，以至於讓殷模辜負您的恩惠，自己陷罪過。我認罪都來不及，實在不敢多說什麼。” 孫權聽了這話很傷，就說：“我特意為您赦免他。”
後來諸葛瑾跟隨孫權討伐關羽，因功被封為宣城侯，以綏南將軍的份接替呂蒙兼任南郡太守，駐守公安。劉備向東討伐吳國時，吳王孫權派人求和，諸葛瑾給劉備寫信說：“突然聽說大軍已到白帝城，我猜想朝中大臣可能會認為吳王侵佔荊州、害死關羽，怨恨太深、災禍太大，不該答應講和，這是隻看重小事，沒留意大局啊。請允許我為陛下分析其中的輕重大小。陛下如果能放下威嚴、平息怒氣，暫且聽聽我的話，就能立刻做出決斷，不必再徵求大臣們的意見了。陛下覺得關羽和先帝（指漢獻帝）哪個更親近？荊州和全國疆土哪個更重要？都該報仇的話，誰該先誰該後？要是想清楚這些，決策就像翻手掌一樣容易。”（臣松之認為：劉備把蜀地當作關隘山河，把荊楚當作重要屏障，關羽在沔水、漢水一帶用兵，志向是震懾中原，雖然輔佐君主就霸業的功勞未必能，但確實威名遠揚，有自己的謀劃策略。孫權暗藏禍心，幫助魏國除掉關羽，這是在剪除輔佐漢朝的軍隊，執行曹遷都的計謀，拯救漢朝的規劃，到這裡就中斷了。正義之師的進攻目標，本該是孫氏。諸葛瑾用大義來責備劉備，劉備回應時不愁沒有說辭；況且劉備和關羽的關係，就像四肢一樣不可分，臂膀被斬斷，悲憤痛苦已經很深，難道這種空泛的書信能讓大軍停下嗎！把這段記載在史書裡，實在是浪費筆墨。）
當時有人傳言諸葛瑾暗中派親信和劉備聯絡，孫權說：“我和子瑜有生死不變的誓言，子瑜不會辜負我，就像我不會辜負子瑜一樣。”（《江表傳》記載：諸葛瑾駐守南郡時，有人秘誣陷他。這話傳到外面，陸遜上奏擔保諸葛瑾沒有這事，希能消除孫權的疑慮。孫權回覆說：“子瑜和我共事多年，恩像骨一樣深厚，我非常瞭解他，他的為人是不合道義的事不做，不合理的話不說。從前劉備派諸葛亮到吳國，我曾對子瑜說：‘你和孔明是親兄弟，弟弟跟隨哥哥，從道義上講是合理的，為什麼不留住孔明？孔明如果留下來跟著你，我會寫信向劉備解釋，他想必會尊重個人意願。’子瑜回答我說：‘弟弟諸葛亮已經投靠別人，立下君臣名分，從道義上講不能有二心。弟弟不留下，就像我不會去蜀國一樣。’他的話足以神明。現在怎麼會有這種事呢？我之前收到誣告他的文書，就封存起來給子瑜看，還親手寫信給他，很快就收到他的回信，信中論述了天下君臣之間名分已定的大節。我和子瑜可以說是神相通的朋友，不是外人的話能離間的。知道你心意懇切，就把你的奏表封存好給子瑜看，讓他明白你的意思。”）
黃武元年，諸葛瑾升任左將軍，督守公安，被授予符節，封為宛陵侯。（《吳錄》記載：曹真、夏侯尚等人在江陵圍攻朱然，又分兵佔據中州，諸葛瑾率領大軍前去救援。諸葛瑾格寬和遲緩，做事講究道理、依靠計謀，沒有應對急況的應變之，戰事久拖不決，孫權因此對他有些失。到了春天江水上漲，潘璋等人在上游建造水城，諸葛瑾趁機進攻浮橋，曹真等人被迫退走。雖然沒有立下大功，但也保全了軍隊、守住了邊境，算是有功。）
虞翻因為狂放直率被流放，只有諸葛瑾多次為他說。虞翻給親友寫信說：“諸葛瑾為人敦厚仁，像上天一樣救活萬，最近承蒙他公正議論，我才得以保住名分。我罪惡深重，被猜忌得厲害，雖然有祁奚那樣的人救援，但我的德行比不上羊舌肸，想得到赦免恐怕很難。”
諸葛瑾容貌端莊、有氣度見識，當時的人都佩服他的寬宏文雅。孫權也很敬重他，遇有大事就諮詢他的意見。孫權又曾單獨諮詢諸葛瑾說：“最近收到伯言（陸遜）的奏表，他認為曹丕已死，遭戰的百姓會著我們的旌旗就瓦解潰散，可實際況卻更平靜。聽說魏國都選用忠良之士，放寬刑罰，廣施恩惠，減輕賦稅徭役，來取悅民心，這樣的禍患比曹時期更嚴重。我認為不是這樣。曹的作為，只是殺伐稍微過分，以及離間別人骨，顯得殘酷而已。至於駕馭將領的能力，自古以來有。曹丕比起曹，差得遠了。現在曹叡不如曹丕，就像曹丕不如曹一樣。他之所以致力於施行小恩小惠，一定是因為父親剛去世，自己覺得勢力衰弱，擔心困苦的百姓會突然崩潰，所以勉強委屈自己來爭取民心，想借此安穩立足罷了，難道這是興盛的跡象嗎！聽說他任用陳長文（陳群）、曹子丹（曹真）等人，有的是文人儒生，有的是宗室外戚，他們難道能駕馭雄才虎將平定天下嗎？權力不集中，事就會出錯，就像從前張耳、陳餘，並非不和睦，到了掌握權勢時，卻自相殘殺，這是事理髮展的必然。再說陳長文這類人，從前之所以能堅守善道，是因為曹著他們，畏懼曹的威嚴，所以才盡心竭力，不敢作惡。到曹丕繼承大業時，已經長大人，在曹之後用恩籠絡他們，才能讓他們恩戴德。現在曹叡年弱小，任人擺佈，這些人必定會趁機耍弄手段、故作姿態，結黨營私，各自扶持依附自己的人。到那時候，邪讒言四起，互相陷害怨恨，漸漸產生猜忌隔閡。一旦這樣，大臣們爭權奪利，君主年無法控制，國家敗亡還能長久嗎？之所以知道會這樣，是因為從古到今，哪有四五個人把持朝政大權，卻不會互相攻擊傾軋的呢！強者欺凌弱者，弱者尋求外援，這是導致滅亡的道路啊。子瑜，你只管仔細聽著，伯言在謀劃算計方面常常很出，恐怕在這件事上稍有欠缺。”（臣松之認為魏明帝曹叡是一代賢明君主，政令由自己發出，孫權這番議論，最終沒有應驗，而史書記載下來，是因為君主年國家不安定、權力不集中時，滅亡的跡象就會像孫權說的那樣，應當留存下來作為借鑑。或許雖然對明帝來說不準確，但在齊王曹芳時期卻得到驗證，齊王在位時，難道不能說應驗了嗎！史書不敢明確指責，卻足以用含蓄的言辭來表明。）
孫權稱帝后，任命諸葛瑾為大將軍、左都護，兼任豫州牧。等到呂壹被誅殺，孫權又下詔讓諸葛瑾等人反思朝政得失，相關容記載在《孫權傳》中。諸葛瑾總是結合事務回應，言辭順理章、持論公正恰當。他的兒子諸葛恪，在當時名氣很大，孫權非常重他，認為他不同尋常；但諸葛瑾卻常常嫌棄這個兒子，說他不是能保全家族的人，常常為此憂愁不安。（《吳書》記載：起初，諸葛瑾擔任大將軍，而弟弟諸葛亮在蜀國做丞相，兩個兒子諸葛恪、諸葛融都掌管軍事，統領將帥，族弟諸葛誕又在魏國聲名顯赫，一家人在魏、蜀、吳三國都居高位，天下人都認為這是很榮耀的事。諸葛瑾的才能謀略雖然比不上弟弟，但品德更加純正。妻子去世後他沒有再娶，有個寵的妾生下兒子，他卻不養，他的篤實謹慎都像這樣。）赤烏四年，諸葛瑾去世，年六十八歲。他留下囑，要求用不加修飾的素棺，穿著平時的服殮，喪事一切從簡。當時諸葛恪已經自己封了侯，所以由弟弟諸葛融繼承爵位，統領軍隊駐守公安。（《吳書》記載：諸葛融，字叔長，生長在富貴人家，從小就驕縱樂，學習儒家章句之學，涉獵廣泛卻不深。他格寬容，掌握多種技藝，多次以平民份奉朝請，後來被任命為騎都尉。赤烏年間，各郡徵調軍隊，新都都尉陳表、吳郡都尉顧承各自率領部下在毗陵屯田，參與屯田的男各有幾萬口。陳表生病去世後，孫權讓諸葛融接替陳表，後來又代替父親諸葛瑾統領軍隊。）
